Song song với việc cho vay thì việc thu nợ cũng là một vấn đề mà bất cứ một Ngân hàng nào cũng phải đặt biệt quan tâm. Như đã biết DSCV phản ảnh số lượng, quy mô tín dụng, còn DSTN phản ảnh hiệu quả sử dụng vốn của Ngân hàng và khả năng đánh giá khách hàng của CBTD. Nó còn là cơ sở đảm bảo vốn hiện có và tăng số vòng quay của đồng vốn mà Ngân hàng bỏ ra đầu tư. Như vậy, DSCV cao chưa hẳn là đạt hiểu quả mà còn phải so sánh với DSTN, đảm bảo nợ xấu ở mức tối thiểu.
Công tác thu nợ đặc biệt được NHNo&PTNT chi nhánh tỉnh Cà Mau chú trọng vì từ đó mà nguồn vốn Ngân hàng được tái đầu tư, đảm bảo đồng vốn bỏ ra được thu hồi lại nhanh chóng, tránh thất thoát và đạt hiệu quả cao. Cụ thể, năm 2010 DSTN trung và dài hạn là 299.171 triệu đồng giảm đến 21,11% so với năm 2009, trong khi đó DSCV lại tăng lên nguyên nhân là do các khoản nợ cho vay năm 2010 vẫn chưa đến thời hạn thu nợ, các khoản nợ được thu về trong năm 2010 chủ yếu là các khoản nợ được cho vay trong những năm trước đã đến hạn thu về trong năm. Đến năm 2011 DSTN trung và dài hạn đạt 459.280 triệu đồng tăng 53,52% so với năm 2010, nguyên nhân là do trong năm 2011 Ngân hàng đã thu hồi được các khoản nợ đã cho vay trong năm 2010.
2.4.2.3 Dư nợ
Dư nợ là kết quả có được từ diễn biến của tình hình cho vay và thu nợ tại Ngân hàng, nó thể hiện số vốn đã cho vay nhưng chưa thu hồi được tại thời điểm báo cáo. Dư nợ thấp hơn doanh số thu nợ thì chứng tò công tác thu hồi nợ của Ngân hàng có hiệu quả. Cụ thể, năm 2010 dư nợ trung dài hạn là 691.273 triệu đồng tăng 61,93% so với năm 2009. Nguyên nhân do trong năm 2009 , khi tình hình tài chính Việt Nam đã ổn định trở lại, thì Ngân hàng đã đầu tư trở lại vào khoản tín dụng này, từ đó làm cho DSCV tăng mạnh trong năm 2010. Đến năm 2011 thì dư nợ trung dài hạn đã giảm dần, năm 2011 dư nợ đạt 603.612 triệu đồng giảm 12,68% so với năm 2010. Từ đó cho thấy Ngân hàng đã có những giải pháp để khắc phục rủi ro khi cho vay trung dài hạn.
2.4.2.4 Nợ xấu
Chỉ tiêu này phản ánh tình trạng không trả được nợ của khách hàng các khoản cho vay đến hạn, chỉ tiêu này càng cao thể hiện chất lượng hoạt động tín dụng tại Ngân hàng không đạt hiệu quả. Tuy nhiên, NHNo&PTNT đã có những chính sách hợp lý trong kinh doanh và những biện pháp phòng ngừa rủi ro hiệu quả nên tình hình nợ xấu qua các năm đều giảm. Cụ thể năm 2009 nợ xấu trung dài hạn là 150,312 triệu đồng. Đến năm 2010 đạt 46,360 triệu đồng giảm 103,952 triệu đồng. Nguyên nhân là do trong năm 2010 tình hình kinh tế trong tỉnh đã có nhiều tiến triển tốt và cuộc sống của người dân được tốt hơn nên nợ xấu tại Ngân hàng đã giảm xuống rất nhiều so với năm 2009. Năm 2011 tình hình nợ xấu trung dài hạn còn 27.913 triệu đồng vẫn tiếp tục giảm, đó là 18,447 triệu đồng so với năm 2010, đó tín hiệu vui đối với NHNo&PTNT chi nhánh tỉnh Cà Mau, cùng với đó là sự hiệu quả trong công tác thu hồi nợ trung dài hạn của Ngân hàng.