Hiện tại mô hình triển khai thủ tục hải quan điện tử đang được thực hiện theo quy trình: Trung tâm Dữ liệu&CNTT tiếp nhận thông tin; Chi cục Hải quan điện tử quyết định thông quan, kiểm tra hồ sơ, kiểm tra sau thông quan, quản lý rủi ro...; Chi cục Hải quan cửa khẩu kiểm tra thực tế hàng hóa và giám sát. Trình tự này là chưa thực sự phù hợp, chưa thực sự thuận tiện cho việc làm thủ tục của doanh nghiệp do mô hình hiện tại chưa tạo ra dây chuyền liên hoàn, tách làm 2 khâu do 2 chi cục khác nhau thực hiện: kiểm tra hồ sơ và quyết định thông quan tại Chi cục Hải quan điện tử; kiểm tra hàng hóa,
giám sát tại Chi cục Hải quan cửa khẩu. Vì vậy trường hợp những lô hàng kiểm hóa thường hay bị thông quan chậm, cụ thể:
Khi lô hàng phải kiểm tra thực tế (luồng đỏ) Công ty phải mang bộ hồ sơ đến Hải quan điện tử sau đó lại mang bộ hồ sơ đến văn phòng đội Thủ tục của các Chi cục Hải quan Cửa khẩu để đăng ký kiểm hóa, tại đây do không có sự chủ động trước nên các bộ phận này thường phải giải quyết xong hoặc gần xong các lô hàng, hồ sơ giấy đang làm dở mới có công chức kiểm hóa, chủ hàng phải chờ đợi lâu để được đi kiểm hóa, phải đi lại tìm công chức kiểm hóa mất nhiều thời gian.
Các lô hàng được tạm giải phóng cho về bảo quản, khi được thông quan chính thức nhưng còn rất vất vả khi lấy xác nhận thực xuất, thực nhập, đóng dấu thông quan; Tại một số địa điểm kiểm tra hàng hóa, địa điểm thông quan hàng hóa ngoài Cửa khẩu khi có phát sinh thông quan phải chờ đợi công chức hải quan về trụ sở để đối chiếu, có đôi lúc cảm thấy không thuận lợi như thông quan thủ công.
Có trường hợp tờ khai được phân luồng vàng, công ty xuất trình chứng từ và được Hải quan chấp nhận thông quan. Nhưng khi ra cửa khẩu nhận hàng thì hải quan cửa khẩu chưa được thông tin (do máy tại địa điểm kiểm tra hàng hóa ngoài cửa khẩu chưa được nối mạng) nên không xác nhận thực nhập. Người nhận hàng phải quay về Chi cục để hỏi vì không biết thời điểm đó lô hàng đang được xử lý ở khâu nào.