Thủ tục hải quan điện tử được coi là “chìa khóa” của quá trình thông quan nhanh chóng, tạo thông thoáng cho hoạt động xuất nhập khẩu và cũng là “cuộc cách mạng về phương thức quản lý hải quan”. Thủ tục hải quan điện tử không chỉ đổi mới cơ bản phương thức quản lý hải quan theo hướng hiện đại, phù hợp với thông lệ hải quan quốc tế, mà còn có ý nghĩa quan trọng để thúc đẩy sự phát triển kinh tế đối ngoại, đẩy mạnh XNK và thu hút đầu tư nước ngoài.
Việc triển khai thủ tục hải quan điện tử có những lợi ích rõ rệt như sau: Doanh nghiệp không phải đến trụ sở của cơ quan Hải quan mà có thể khai hải quan tại bất cứ địa điểm nào có máy tính kết nối mạng internet và được thông quan ngay đối với lô hàng thuộc diện được miễn kiểm tra hồ sơ giấy và miễn kiểm tra thực tế hàng hóa.
Doanh nghiệp được sử dụng tờ khai điện tử in từ hệ thống của doanh nghiệp, có chữ ký và đóng dấu của doanh nghiệp thay cho tờ khai giấy và các chứng từ kèm theo để đi nhận hàng và làm chứng từ vận chuyển hàng hóa trên đường (nếu lô hàng thuộc diện được miễn kiểm tra hồ sơ giấy và miễn kiểm tra thực tế hàng hóa).
Doanh nghiệp có thể khai báo hải quan bất kỳ lúc nào thay cho việc chỉ có thể khai trong giờ hành chính như trước đây và được cơ quan hải quan tiếp nhận khai báo trong giờ hành chính.
Doanh nghiệp thực hiện thủ tục hải quan điện tử sẽ được quyền ưu tiên thứ tự kiểm tra đối với các lô hàng phải kiểm tra chi tiết hồ sơ hoặc kiểm tra thực tế hàng hóa.
Doanh nghiệp thực hiện thủ tục hải quan điện tử sẽ được cơ quan hải quan cung cấp thông tin về quá trình xử lý hồ sơ hải quan điện tử thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
Doanh nghiệp thực hiện thủ tục hải quan điện tử sẽ được cơ quan hải quan hỗ trợ đào tạo, cung cấp phần mềm khai báo hải quan điện tử và tư vấn trực tiếp miễn phí.
Doanh nghiệp được lựa chọn hình thức nộp lệ phí (theo tháng hoặc theo từng tờ khai) thay vì chỉ có thể nộp theo từng tờ khai như thủ tục hải quan truyền thống.
Hồ sơ thanh khoản hợp đồng gia công và nhập nguyên liệu sản xuất xuất khẩu đơn giản hơn, thay vì phải nộp hoặc xuất trình tờ khai, báo
cáo thanh khoản và chứng từ bằng giấy thì doanh nghiệp được sử dụng hồ sơ điện tử để thanh khoản.
Thực hiện thủ tục hải quan điện tử giúp thông tin giữa hệ thống của hải quan và doanh nghiệp được quản lý đồng bộ trên máy tính, tạo điều kiện thuận lợi cho việc tra cứu, tìm kiếm thông tin.
Doanh nghiệp có thể đăng ký thực hiện thủ tục hải quan điện tử tại bất kỳ Chi cục Hải quan điện tử nào và được chấp nhận làm thủ tục hải quan điện tử ở các Chi cục khác thay vì việc phải làm đăng ký tại từng Chi cục hải quan điện tử như trước đây.
Thực hiện thủ tục hải quan điện tử giúp doanh nghiệp giảm thời gian, chi phí làm thủ tục hải quan do doanh nghiệp có thể chủ động trong quá trình khai báo hải quan và sắp xếp thời gian đi nhận hàng và xuất hàng.
Nếu doanh nghiệp là doanh nghiệp chế xuất ưu tiên, còn được hưởng những lợi ích sau:
- Được khai hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài và xuất khẩu ra nước ngoài trên tờ khai điện tử rút gọn theo mẫu "Tờ khai điện tử rút gọn/ tờ khai điện tử theo tháng"
- Được ưu tiên đăng ký định mức nguyên liệu, vật tư để sản xuất sản phẩm xuất khẩu đối với các nguyên liệu quản lý theo định mức.
- Được cơ quan hải quan thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan tiếp nhận đăng ký, kiểm tra hải quan và chấp nhận ngay trên cơ sở tờ khai điện tử đơn giản, tờ khai tháng, định mức nguyên liệu, vật tư đăng ký.
- Được ưu tiên kiểm tra hồ sơ hoặc kiểm tra thực tế hàng hóa tại trụ sở của doanh nghiệp hoặc tại địa điểm khác do doanh nghiệp đăng ký và được cơ quan hải quan chấp nhận.
- Được sử dụng Lệnh thông quan in ra từ hệ thống khai hải quan điện tử theo Mẫu phiếu giải phóng hàng hóa đã đăng ký với cơ quan hải quan (không cần đóng dấu, chữ ký của đại diện doanh nghiệp) đối với những lô hàng đã được cơ quan chấp nhận thông quan.
- Được sử dụng hóa đơn in ra từ hệ thống, đóng dấu, ký tên của đại diện doanh nghiệp để thông quan hàng hóa trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan có sự cố, tạm dừng hoạt động.