L ời cảm ơn
3.2. Xác định giá trị IC50 ngưỡng của các phân típ vi rút cú mA
Sử dụng phần mềm JASPR và Graphpad prism chúng tôi xác định giá trị IC50 trung bình và sự phân bố của các giá trị qua biểu đồ hình hộp và tia (box&whiskers), biểu đồ phân bố độ tập trung. Biểu đồ 1 dạng box&whiskers thể hiện giá trị nhỏ nhất, giá trị lớn nhất và khoảng liên tứ phân vị của các giá trị IC50 được quy ra log10. Toàn bộ vi rút sử dụng trong nghiên cứu được sử dụng để xác định giá trịngưỡng cho từng phân típ, tuy nhiên phần mềm Graphad prism tựđộng
loại bỏ các cá thể có những giá trị vượt ngoài khoảng liên tứ phân vị (IQR) vì vậy số vi rút sử dụng trong xây dựng giá trịngưỡng không tương đồng với tổng số vi rút sử dụng trong nghiên cứu, cụ thể: số vi rút cúm A/H1N1 sử dụng là 30/42 vi rút; A/H1N1pdm09 là 152/157 vi rút; riêng vi rút A/H5N1 số lượng là 21/28 vi rút do có 4 chủng không đủ điều kiện thực hiện thử nghiệm ức chế neuraminidase và 3 chủng có giá trị IC50 vượt ngoài khoảng liên tứ phân vị (Bảng 3.2).
Quan sát biểu đồ cho thấy phần lớn các giá trị IC50 của các vi rút tập trung trong khoảng giữa tứ phân vị thứ 1 (Q1) và tứ phân vị thứ 3 (Q3).
Biểu đồ 3.1. Sự phân bố giá trị IC50 của toàn bộ các chủng cúm A, 2001-2012 (biểu đồ box and whiskers - giá trị trung vị và 2 giá trị lớn nhất, nhỏ nhất - GraphPad Prism)
Giá tr l n nh t
Giá tr nh nh t
Trung vị (Q2) Q3
Cho dù có sự phân tán lẻ tẻ của giá trị IC50 trong mỗi biểu đồ của từng phân típ vi rút nhưng độ tập trung của số đông vẫn được ghi nhận, vì vậy, kết hợp với phân tích tứ phân vị, chúng tôi có thể xác định được giá trị IC50 ngưỡng của các vi rút tương đương với giá trị trung bình IC50 và giá trị trung vị (Q2).
Bảng 3.2. Giá trị IC50 trung bình của các phân típ cúm A thực hiện trong nghiên cứu và giá trị IC50 của các vi rút trong bộ chứng chuẩn [114].
Vi rút Số vi rút Giá trị IC50 trung bình (nM) A/H1N1 30/42 0,413 A/H1N1pdm09 152/157 0,334 A/H3N2 115/115 0,164 A/H5N1 21/28 2,947 Vi rút chứng Giá trị IC50 (nM) A/Mississippi/03/2001 (A/H1N1) 0,5 A/Perth/265/2009 (A/H1N1pdm09) 0,6 A/Fukui/20/2004 (A/H3N2) 0,2 A/Vietnam/1194/2004# (A/H5N1) 1,3
# : Bộ chứng chuẩn không bao gồm H5N1, chủng chứng được sử dụng là chủng nằm trong nghiên cứu
3.2.1. Xác định giá trịngưỡng của vi rút cúm A/H1N1
Giá trị ức chế 50% (IC50) của 30 chủng vi rút cúm A/H1N1 trong nghiên cứu có giá trị trung bình dao động trong khoảng 0,061 – 0,765nM. Độ tập trung của giá trị IC50 được biểu thị qua biểu đồ 3.2 với log10 giá trị IC50 cho thấy tổng số 30/42 cá thể có giá trị IC50 nằm dưới giá trị IC50 trung bình (0,413nM) và 12 cá thể còn lại có IC50 lớn hơn giá trị trung bình. Toàn bộ số cá thể này đều nằm trong trong khoảng giữa tứ phân vị thứ 1 (Q1) và tứ phân vị thứ 3 (Q3). So sánh với vi rút chuẩn A/Mississippi/03/2001 (A/H1N1) có giá trị IC50 là 0,5nM cũng nằm trong nhóm đông của vi rút nghiên cứu, vì vậy giá trị IC50 ngưỡng được xác định cho phân típ vi rút A/H1N1 trong nghiên cứu này chính là giá trị IC50 trung bình đã được xác định là 0,413 ± 0.352 nM (Biểu đồ 3.2)
Biểu đồ3.2. Độ tập trung các giá trị IC50 của các chủng A/H1N1 trong nghiên cứu
3.2.2. Xác định giá trịngưỡng của vi rút cúm A/H1N1pdm09
Với các chủng A/H1N1pdm09, sựdao động giá trị IC50 trong tổng số 152 vi rút được phân tích không nhiều, độ tập trung cao của 147/ 152 vi rút xung quanh giá trị IC50 trung bình 0,334nM được ghi nhận tại biểu đồ 3.3, tương tự giá trị IC50 của vi rút tham chiếu chuẩn A/Perth/265/2009 (A/H1N1pdm09) là 0,6nM, vì vậy giá trị ngưỡng của vi rút được xác định là 0,334 ± 0,286 nM.(Biểu đồ 3.3.)
Biểu đồ 3.3. Độ tập trung các giá trị IC50 của các chủng A/H1N1pdm09 trong nghiên cứu
3.2.3. Xác định giá trịngưỡng của vi rút cúm A/H3N2
Tổng số 115 chủng vi rút thuộc phân típ A/H3N2 có giá trị IC50 vi rút trung bình dao động từ0,04 đến 0,29 nM . Biểu đồ 4 cho thấy sự tập trung cao xung quanh giá trị IC50 trung bình 0,164 nM , tương đương với giá trị IC50 0,2 nM của vi rút tham chiếu chuẩn A/Fukui/20/2004 (A/H3N2), vì vậy giá trị IC50ngưỡng của phân típ vi rút cúm A/H3N2 được xác định là 0,164 ± 0,126 nM. (Biểu đồ 3.4.)
Biểu đồ3.4. Độ tập trung các giá trị IC50 của các chủng A/H3N2 trong nghiên cứu Giá trị trung bình
3.2.4. Xác định giá trịngưỡng của vi rút cúm A/H5N1
Tổng số 21/28 chủng vi rút cúm A/H5N1 được chấp nhận phân tích kết quả theo chương trình Graphpad prism. Phân tích cụ thể theo từng cá thể cho thấy giá trị IC50 nhỏ nhất là 0,13 nM, giá trị lớn nhất là 8,98 nM đã được ghi nhận. Khoảng cách giữa các giá trị IC50 đã được biểu hiện trên biểu đồ 3.5 cho thấy số vi rút A/H5N1 có giá trị IC50 tập trung gần hoặc dưới giá trị IC50 trung bình 2,947 nM chiếm đa số (17/21), giá trị IC50 của chủng vi rút tham chiếu chuẩn A/Vietnam/1194/2003 (A/H5N1) là 1,3 nM, thấp hơn giá trị trung bình của các vi rút trong nghiên cứu. Giá trịngưỡng của phân típ cúm A/H5N1 được xác định sẽ là
2,947 ± 2,539 nM (Biểu đồ 3.5)
Biểu đồ3.5. Độ tập trung các giá trị IC50 của các chủng A/H5N1 trong nghiên cứu
Như vậy, chúng tôi đã xác định được giá trịngưỡng của các phân típ vi rút cúm A trong nghiên cứu là:
Phân típ vi rút cúm Giá trị IC50ngưỡng
Vi rút A/H1N1 0,413 ± 0.352 nM
Vi rút A/H1N1pdm09 0,334 ± 0,286 nM
Vi rút A/H3N2 0,164 ± 0,126nM