CHƯƠNG 4. KẾT QUẢ-BIỆN LUẬN
4.1 Đánh giá kiểu gen
4.1.2 Tuyển chọn các SSR primer cho phản ứng PCR
Các chỉ thị phân tử SSR được tuyển chọn dựa vào cơ sở dữ liệu của cây lúa được công bố trên trang web http://www.gramene.org, các chỉ thị phân tử SSR được tìm kiếm theo tên, vị trí trên NST, quần thể lập bản đồ.
Cơ sở dữ liệu gramene là nơi lưu trữ dữ liệu genome, protein, các bản đồ di truyền, các chỉ thị phân tử, tính trạng số lượng QTL (quantitative trait loci) của lúa gạo, lúa mì và một số loài thực vật khác. Nơi đây tập trung hầu hết các thông tin di truyền liên quan đến thực vật thuộc họ gramene. Ngoài ra, cơ sở dữ liệu gramene không ngừng được mở rộng và bổ sung thêm thông tin từ các phòng thí nghiệm, các học viện, các viện nghiên cứu và các cơ sở dữ liệu di truyền uy tín trên thế giới nên dữ liệu tại đây rất đáng tin cậy. Các thành phần trong trang gramene chứa các thông tin di truyền liên quan trực tiếp với các đối tượng sau: lúa, lúa mì, bắp, và một số thực vật khác, bao gồm:
Genomes: Chứa thông tin về bộ gen của thực vật như lúa, lúa mỳ, bắp và các
loại thực vật khác
Proteins: Cho phép tìm kiếm các thông tin về protein
Comparative Maps: Cho phép tìm kiếm các thông tin liên quan đến bản đồ di truyền và bản đồ vật lý. Mục này cho phép so sánh giữa các bản đồ di truyền, QTL và trình tự của các loại thực vật
Marker: chứa các thông tin về các chỉ thị phân tử, các DNA probe, chuỗi
trình tự, vùng di truyền, v.v…
Traits: Cho phép nghiên cứu thông tin về các gen và các QTL đã được định
vị trên các bản đồ cây lúa, bắp và nhiều cây khác
Ngoài ra, còn có nhiều thành phần khác liên quan.
Kết quả nghiên cứu của Bùi Chí Bửu và ctv năm 2012 kết luận nguồn gen
qtlHT của N22 liên quan đến kiểu hình chống, chịu nóng tập trung ở vùng giả định
thuộc nhiễm sắc thể 3 và 4.
Hình 4.2. QTL giả định trên nhiễm sắc thể số 3 của quần thể BC2F2
(OM5930/N22) (Bùi Chí Bửu và ctv, 2012).
Công trình nghiên cứu của Zhu và ctv (2005) đã tiến hành nghiên cứu ở giai đoạn vào chắc cho kết quả có 3 QTL nằm trên nhiễm sắc thể số 1, 4, 7 kiểm soát tính trạng chống, chịu stress do nhiệt độ cao. Chuyên biệt hơn, QTL định vị tại quãng giữa hai marker C1100-R1783 trên nhiễm sắc thể số 4 cho thấy: không bị sự tác động của môi trường (QTL x enviroment interaction) và không có tương tác không alen (epistatic effect). Điều đó chứng tỏ QTL này biểu hiện được tính ổn định trong các môi trường khác nhau và nền tảng di truyền khác nhau (genetic background). Tác giả đề xuất thực hiện fine mapping trong quãng giữa hai marker
này để xác định những chỉ thị phân tử mới giúp chọn giống lúa chịu stress do nhiệt độ cao.
Khai thác QTL định vị tại quãng giữa hai marker C1100-R1783 trên nhiễm sắc thể số 4, lựa chọn được các SSR marker: RM5320, RM6089, RM6148, RM6057 nằm trong vùng 87.1 cM đến 97.7 cM.
Lựa chọn RM1278 và RM3586 trên NST số 3 dựa theo công trình nghiên cứu của Zhang và ctv, 2009 ở giai đoạn trổ bông của lúa. Ở nghiên cứu này, phân tích QTL được tiến hành khảo sát với 200 cặp chỉ thị phân tử SSR, cho thấy chỉ thị phân tử SSR (simple sequence reapeat) RM3586 trên nhiễm sắc thể số 3 tương tác chặt chẽ với tính trạng chống, chịu stress do nhiệt độ cao.
Như vậy, tham khảo các công trình nghiên cứu đã được công bố, tập trung lựa chọn các chỉ thị phân tử nằm trên NST số 3 và số 4 để khảo sát tính đa hình giữa giống chịu nhiệt và giống nhạy nhiệt.
Bảng 4.2: Trình tự các mồi SSR sử dụng trong thí nghiệm
STT Tên Trình tự mồi Trình tự
lặp lại
Kích thước khuếch đại
(bp)
Nhiệt độ bắt
cặp
NST
1 RM3586
Gaagagagagccagagccag
Acacgatcgagctagaagacg (GA)12 118 55 3
2 RM1278 Ccatagcaatttagcatat
Tctaattctccccaacacta (AG)17 131 55 3
3 RM5320 Tgagctgtacaagcaaacgc
Gggagaaatcctcgaattgg (TC)12 137 55 4
4 RM6089
Ccaccgaatcgaataaccac Atggccagcgtgatctcc
(CCT)10 170 61 4
5 RM6148
Tcttcttgccttcgttctac Ttcttcccctcacaaacc
(CGC)9 179 55 4
6 RM6507
Cggatgattcgtatgtgcag Aacacgatgttggcaaggac
(GCG)8 174 55 4