NHÂN BẢN CÁC PHÂN ĐOẠN DNA BẰNG PHẢN ỨNG PCR-SSR- 123docz.net

3. Nội dung nghiên cứu

3.1. NHÂN BẢN CÁC PHÂN ĐOẠN DNA BẰNG PHẢN ỨNG PCR-SSR

3.1.1. Kết quả tách chiết DNA tổng số từ lá chè

DNA tổng số của các mẫu giống/dòng chè thu đƣợc sau khi tách đƣợc điện di kiểm tra trên gel agarose 1%, hình ảnh điện di cho thấy ở tất cả các giếng điện di đều cho một phân đoạn DNA sắc nét, rõ ràng và ít bị đứt gãy thể hiện qua hình 3.1.

Hình 3.1: Hình ảnh điện di DNA tổng số tách từ lá của các giống/dòng chè nghiên cứu.

Kết quả đo OD260 /OD280 đều nằm trong khoảng 1,8 – 2,0 chứng tỏ các mẫu DNA tổng số đảm bảo độ tinh sạch và có thể sử dụng cho các nghiên cứu tiếp theo.

3.1.2. Kết quả của phản ứng PCR-SSR

Từ việc thu thập thông tin về các chỉ thị phân tử SSR sử dụng trong nghiên cứu hệ genome cây chè chúng tôi đã lựa chọn đƣợc 6 cặp mồi có trình tự nucleotide và một số thông tin đƣợc trình bày ở bảng 3.1.

Trong số 6 chỉ thị SSR sử dụng trong nghiên cứu nhận thấy cả 6 chỉ thị đều cho tính đa hình cao. Thống kê các phân đoạn DNA đƣợc nhân bản chúng tôi đã phát hiện 21 phân đoạn DNA tại 6 locus. Số phân đoạn DNA đa hình tại mỗi locus biến động từ 1 đến 5 phân đoạn DNA (bảng 3.2). Trong đó các chỉ thị TMSE-11D02T và TMSE-31E06S cho tính đa hình cao nhất với tổng số 5 phân đoạn DNA đƣợc khuếch đại và cả 5 phân đoạn DNA đều đa hình.

Tiếp theo là chỉ thị TMSE-18A10T với 4 phân đoạn DNA đa hình. Sau đó là đến chỉ thị TMSE-10H08S với 3 phân đoạn DNA đa hình và cuối cùng là 2 chỉ thị có tính đa hình thấp nhất với 2 phân đoạn DNA đƣợc nhân lên trong đó có 1 phân đoạn

DNA đa hình là TMSE-11H07S và TMSE-4C08S.

Bảng 3.1: Các cặp mồi SSR sử dụng trong nghiên cứu (Fumiko Kato và cs, 2008) [30].

Riêng với chỉ thị TMSE-11H07S, kết quả điện di kiểm tra sản phẩm PCR-SSR cho thấy xuất hiện 2 phân đoạn DNA đƣợc nhân lên có kích thƣớc khoảng 300bp và 350bp. Kích thƣớc phân đoạn DNA nhân lên này lớn hơn rất nhiều lần so với công bố trong nghiên cứu củaFumiko Kato và cs (2008) là 188bp.

Bảng 3.2: Số phân đoạn DNA được nhân bản bằng phản ứng PCR-SRR từ 6 cặp mồi.

STT Tên cặp mồi Dạng SSR Số phân đoạn DNA

1 TMSE-11D02T (AT)3GT(AG)14AC(AG)3 5

2 TMSE-10H08S (TC)19(TA)9T(AC)5 3

3 TMSE-11H07S (TC)14, (TC)3 2

4 TMSE-31E06S (TC)3CATCC(TC)10G(CG)3 5

5 TMSE-18A10T (CA)3, (TA)13 4

6 TMSE-4C08S (TC)10, (CTC)10, (AGA)3, (AG)3 2

Tổng 21

Sản phẩm PCR-SSR với các mồi khác nhau đƣợc điện di trên gel agarose 4% với thang macker chuẩn 0,5kb để phân tích tính đa hình DNA của 30 mẫu giống/dòng chè nghiên cứu. Số lƣợng các phân đoạn DNA đƣợc nhân bản với mỗi cặp mồi dao

động trong khoảng 40 – 51 phân đoạn. Kích thƣớc các phân đoạn DNA đƣợc nhân bản nằm trong khoảng 120 – 350bp. Tổng số phân đoạn DNA đƣợc nhân bản với 6 cặp mồi SSR khi phân tích 30 mẫu giống/dòng chè là 271 phân đoạn. Kết quả đƣợc thể hiện trong bảng 3.3.

Bảng 3.3 cho thấy trong số 6 cặp mồi phân tích, số phân đoạn DNA đƣợc nhân bản của 30 giống/dòng chè ở cặp mồi TMSE-11D02T là nhiều nhất (51 phân đoạn) và ít nhất là cặp mồi TMSE-11H07S (38 phân đoạn). Tuy nhiên, tổng số phân đoạn của các giống/dòng chè trong nghiên cứu khi sử dụng 6 mồi phân tích có biến động nhỏ, giao động từ 7 – 11 phân đoạn. Trong đó, có 4 giống/dòng thu đƣợc 11 phân đoạn (gồm: Amp(DT); HBB(SC); JBK(SC); PT95(SC)), 6 giống/dòng thu đƣợc 10 phân đoạn (gồm: LDT2(SC); Shan(SL); PH8(SC); Amp(SC); LDT1(DT); LDT(DH)), 10 giống/dòng thu đƣợc 9 phân đoạn (gồm: HNK(DT); DT1(DT); Tri- 777(DT); KT(DT); PVT(SC); CH(DH); LDT1(TC); CH(TC); KT(DH); LDT1(LS)), 7 giống/dòng thu đƣợc 8 phân đoạn (gồm: CH(DT); DT1(TC); PVT(TC); PH1(TQ); KT(TC); Tri-777(DH); Shan(YB)), 3 giống/dòng thu đƣợc 7 phân đoạn (gồm: BT(SC); TD(SC); LDT1(TQ)).

Bảng 3.3: Tổng số phân đoạn DNA thu được khi thực hiện phản ứng PCR-SSR ở 30 giống/dòng chè với 6 cặp mồi nghiên cứu.

Mồi Giống/dòng TMSE- 11D02T TMSE- 10H08S TMSE- 11H07S TMSE- 31E06S TMSE- 18A10T TMSE- 4C08S Tổng số phân đoạn HNK(DT) 1 2 1 2 2 1 9 DT1(DT) 1 1 1 2 2 2 9 Tri-777(DT) 2 1 1 2 2 1 9 KT(DT) 2 1 1 2 1 2 9 Amp(DT) 3 1 1 3 2 1 11

LDT2(SC) 1 1 1 3 2 2 10 BT(SC) 1 1 1 2 1 1 7 HBB(SC) 2 1 2 2 2 2 11 Shan(SL) 2 1 1 3 2 1 10 JBK(SC) 2 2 2 1 2 2 11 PT95(SC) 2 2 2 1 2 2 11 TD(SC) 2 1 1 1 1 1 7 PH8(SC) 2 2 2 1 2 1 10 Amp(SC) 3 1 1 2 2 1 10 PVT(SC) 2 1 1 1 2 2 9 CH(DT) 2 1 2 1 1 1 8 CH(DH) 2 1 1 2 1 2 9 DT1(TC) 1 1 1 2 1 2 8 LDT1(TC) 1 2 1 2 1 2 9 CH(TC) 2 1 2 2 1 1 9 PVT(TC) 2 1 1 1 1 2 8 LDT1(TQ) 1 2 1 1 1 1 7 PH1(TQ) 1 2 2 1 1 1 8 KT(TC) 2 1 1 1 1 2 8 LDT1(DT) 1 2 1 2 2 2 10 KT(DH) 2 1 2 1 1 2 9 LDT(DH) 1 2 1 2 2 2 10 Tri-777(DH) 2 1 1 1 2 1 8

LDT1(LS) 1 2 1 2 1 2 9

Shan(YB) 2 1 1 1 2 1 8

Tổng 51 40 38 50 46 46 271

3.1.2.1. Kết quả phản ứng PCR-SSR với chỉ thị TMSE-11D02T

Kết quả điện di sản phẩm PCR-SSR với cặp mồi TMSE-11D02T đƣợc thể hiện trên hình 3.2. Phân tích hình 3.2 cho thấy số lƣợng phân đoạn DNA đa hình là 5. Mẫu cho số lƣợng phân đoạn DNA nhiều nhất là 3 phân đoạn DNA nằm ở các giếng số 5 và 14 tƣơng ứng với các giống/dòng: Amp(SC) và Amp(DT). Các giếng số 3, 4, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 15, 16, 17, 20, 21, 24, 26, 28, 30 cho 2 phân đoạn DNA tƣơng ứng với các giống/dòng: Tri-777(DT), KT(DT), HBB(SC), Shan(SL), JBK(SC), PT95(SC), TD(SC), PH8(SC), PVT(SC), CH(DT), CH(DH), CH(TC), PVT(TC), KT(TC), KT(DH), Tri-777(DH), Shan(YB). Các giếng còn lại chỉ cho 1 phân đoạn DNA duy nhất bao gồm giếng 1, 2, 6, 7, 18, 19, 22, 23, 25, 27, 29 tƣơng ứng với các giống/dòng: HNK(DT), DT1(DT), LDT2(SC), BT(SC), DT1(TC), LDT1(TC), LDT1(TQ), PH1(TQ), LDT1(DT), LDT(DH), LDT1(LS). Phân đoạn DNA lớn nhất có kích thƣớc vào khoảng 280bp, phân đoạn DNA có kích thƣớc nhỏ nhất khoảng 210bp.

Hình 3.2: Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-SSR với chỉ thị TMSE-11D02T.

Ký hiệu: MK. Marker 0,5kb; 1. HNK(DT); 2. DT1(DT); 3. Tri-777(DT); 4. KT(DT);

5. Amp(DT); 6. LDT2(SC); 7. BT(SC); 8. HBB(SC); 9. Shan(SL); 10. JBK(SC); 11. PT95(SC); 12. TD(SC); 13. PH8(SC); 14. Amp(SC); 15. PVT(SC); 16. CH(DT); 1000 500 300 100

17. CH(DH); 18. DT1(TC); 19. LDT1(TC); 20. CH(TC); 21. PVT(TC); 22. LDT1(TQ); 23. PH1(TQ); 24. KT(TC); 25. LDT1(DT); 26. KT(DH); 27. LDT(DH); 28. Tri-777(DH);

29. LDT1(LS); 30. Shan(YB).

3.1.2.2. Kết quả phản ứng PCR-SSR với chỉ thị TMSE-10H08S

Kết quả điện di sản phẩm PCR-SSR với cặp mồi TMSE-10H08S đƣợc thể hiện trên hình 3.3. Phân tích hình 3.3 cho thấy số lƣợng phân đoạn DNA đa hình là 3. Mẫu cho số lƣợng phân đoạn DNA nhiều nhất là 2 phân đoạn DNA ở các giếng số 1, 10, 11, 13, 19, 22, 23, 25, 27, 29 tƣơng ứng với các giống/dòng: HNK(DT), JBK(SC), PT95(SC), PH8(SC), LDT1(TC), LDT1(TQ), PH1(TQ), LDT1(DT), LDT(DH), LDT1(LS). Các giếng còn lại chỉ cho 1 phân đoạn DNA duy nhất là giếng số 2, 3, 4, ,5, 6, 7, 8, 9, 12, 14, 15, 16, 17, 18, 20, 21, 24, 26, 28, 30 tƣơng ứng với các giống/dòng: DT1(DT), Tri-777(DT), KT(DT), Amp(DT), LDT2(SC), BT(SC), HBB(SC), Shan(SL), TD(SC), Amp(SC), PVT(SC), CH(DT), CH(DH), DT1(TC), CH(TC), PVT(TC), KT(TC), KT(DH), Tri-777(DH), Shan(YB). Phân đoạn DNA lớn nhất có kích thƣớc khoảng 230bp, phân đoạn DNA nhỏ nhất có kích thƣớc khoảng 190 bp.

Hình 3.3: Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-SSR với chỉ thị TMSE-10H08S.

Ký hiệu: MK. Marker 0,5kb; 1. HNK(DT); 2. DT1(DT); 3. Tri-777(DT); 4. KT(DT);

5. Amp(DT); 6. LDT2(SC); 7. BT(SC); 8. HBB(SC); 9. Shan(SL); 10. JBK(SC); 11. PT95(SC); 12. TD(SC); 13. PH8(SC); 14. Amp(SC); 15. PVT(SC); 16. CH(DT); 17. CH(DH); 18. DT1(TC); 19. LDT1(TC); 20. CH(TC); 21. PVT(TC); 22. LDT1(TQ); 23. PH1(TQ); 24. KT(TC); 25. LDT1(DT); 26. KT(DH); 27. LDT(DH); 28. Tri-777(DH); 29. LDT1(LS); 30. Shan(YB). 1000 500 300 100

3.1.2.3. Kết quả phản ứng PCR-SSR với chỉ thị TMSE-11H07S

Kết quả điện di sản phẩm PCR-SSR với cặp mồi TMSE-11H07S đƣợc thể hiện trên hình 3.4. Phân tích hình 3.4 cho thấy số lƣợng phân đoạn DNA đa hình là 2. Mẫu cho số lƣợng phân đoạn DNA nhiều nhất là 2 phân đoạn DNA ở các giếng số 8, 10, 11, 13, 16, 20, 23, 26 tƣơng ứng với các giống/dòng: HBB(SC), JBK(SC), PT95(SC), PH8(SC), CH(DT), CH(TC), PH1(TQ), KT(DH).

Các giếng còn lại chỉ cho 1 phân đoạn DNA duy nhất là giếng số 1, 2, 3, 4, ,5, 6, 7, 9, 12, 14, 15, 17, 18, 19, 21, 22, 24, 25, 27, 28, 29, 30 tƣơng ứng với các giống/dòng: HNK(DT), DT1(DT), Tri-777(DT), KT(DT), Amp(DT), LDT2(SC), BT(SC), Shan(SL), TD(SC), Amp(SC), PVT(SC), CH(DH), DT1(TC), LDT1(TC), PVT(TC), LDT1(TQ), KT(TC), LDT1(DT), LDT(DH), Tri-777(DH), LDT1(LS), Shan(YB). phân đoạn DNA lớn nhất có kích thƣớc khoảng 350bp, phân đoạn DNA nhỏ nhất có kích thƣớc khoảng 300 bp.

Hình 3.4: Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-SSR với chỉ thị TMSE-11H07S.

Ký hiệu: MK. Marker 0,5kb; 1. HNK(DT); 2. DT1(DT); 3. Tri-777(DT); 4. KT(DT);

29. LDT1(LS); 30. Shan(YB).

3.1.2.4. Kết quả phản ứng PCR-SSR với chỉ thị TMSE-31E06S

Kết quả điện di sản phẩm PCR-SSR với cặp mồi TMSE-31E06S đƣợc thể hiện trên hình 3.5. Phân tích hình 3.5 cho thấy số lƣợng phân đoạn DNA đa hình là 5. Mẫu

1000

500

300

cho số lƣợng phân đoạn DNA nhiều nhất là 3 phân đoạn DNA nằm ở các giếng số 5, 6 và 9 tƣơng ứng với các giống/dòng: Amp(DT), LDT2(SC) và Shan(SL). Các giếng số 1, 2, 3, 4, 7, 8, 14, 17, 18, 19, 20, 25, 27, 29 cho 2 phân đoạn DNA tƣơng ứng với các giống/dòng: HNK(DT), DT1(DT), Tri-777(DT), KT(DT), BT(SC), HBB(SC), Amp(SC), CH(DH), DT1(TC), LDT1(TC), CH(TC), LDT1(DT), LDT(DH), LDT1(LS).

Các giếng còn lại chỉ cho 1 phân đoạn DNA duy nhất bao gồm giếng 10, 11, 12, 13, 15, 16, 21, 22, 23, 24, 26, 28, 30 tƣơng ứng với các giống/dòng: JBK(SC), PT95(SC), TD(SC), PH8(SC), PVT(SC), CH(DT), PVT(TC), LDT1(TQ), PH1(TQ), KT(TC), KT(DH), Tri-777(DH), Shan(YB). Phân đoạn DNA lớn nhất có kích thƣớc vào khoảng 170bp, phân đoạn DNA có kích thƣớc nhỏ nhất khoảng 120bp.

Hình 3.5: Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-SSR với chỉ thị TMSE-31E06S.

Ký hiệu: MK. Marker 0,5kb; 1. HNK(DT); 2. DT1(DT); 3. Tri-777(DT); 4. KT(DT);

29. LDT1(LS); 30. Shan(YB).

3.1.2.5. Kết quả phản ứng PCR-SSR với chỉ thị TMSE-18A10T

Kết quả điện di sản phẩm PCR-SSR với cặp mồi TMSE-18A10T đƣợc thể hiện trên hình 3.6. Phân tích hình 3.6 cho thấy số lƣợng phân đoạn DNA đa hình là 4. Có sự chênh lệch nhau về kích thƣớc các đoạn nhân lên ở các mẫu. Mẫu cho số lƣợng phân đoạn DNA nhiều nhất là 2 phân đoạn DNA ở các giếng số 1, 2, 3, 5, 6, 8, 9, 10,

1000

500

300

11, 13, 14, 15, 25, 27, 28, 30 tƣơng ứng với các giống/dòng: HNK(DT), DT1(DT), Tri-777(DT), Amp(DT), LDT2(SC), HBB(SC), Shan(SL), JBK(SC), PT95(SC), PH8(SC), Amp(SC), PVT(SC), LDT1(DT), LDT(DH), Tri-777(DH), Shan(YB).

Các giếng còn lại chỉ cho 1 phân đoạn DNA duy nhất là giếng số 4, 7, 12, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 29 tƣơng ứng với các giống/dòng: KT(DT), BT(SC), TD(SC), CH(DT), CH(DH), DT1(TC) LDT1(TC) CH(TC) PVT(TC) LDT1(TQ) PH1(TQ) KT(TC) KT(DH), LDT1(LS). Phân đoạn DNA lớn nhất có kích thƣớc khoảng 160bp, phân đoạn DNA nhỏ nhất có kích thƣớc khoảng 130bp.

Hình 3.6: Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-SSR với chỉ thị TMSE-18A10T.

Ký hiệu: MK. Marker 0,5kb; 1. HNK(DT); 2. DT1(DT); 3. Tri-777(DT); 4. KT(DT);

29. LDT1(LS); 30. Shan(YB).

3.1.2.6. Kết quả phản ứng PCR-SSR với chỉ thị TMSE-4C08S

Kết quả điện di sản phẩm PCR-SSR với cặp mồi TMSE-4C08S đƣợc thể hiện trên hình 3.7. Phân tích hình 3.7 cho thấy số lƣợng phân đoạn DNA đa hình là 2. Ở tất cả các giếng chứa sản phẩm PCR-SSR đều có 1 phân đoạn DNA kích thƣớc khoảng 215bp, còn lại ở một số giếng còn thấy xuất hiện 1 phân đoạn DNA DNA kích thƣớc khoảng 240bp. Mẫu cho số lƣợng phân đoạn DNA nhiều nhất là 2 phân đoạn DNA ở các giếng số 2, 4, 6, 8, 9, 10, 15, 17, 18, 19, 21, 24, 25, 26, 27, 29 tƣơng ứng với các giống/dòng: DT1(DT), KT(DT), LDT2(SC), HBB(SC), Shan(SL),

1000

500

300

JBK(SC), PVT(SC), CH(DH), DT1(TC), LDT1(TC), PVT(TC), KT(TC) ,LDT1(DT), KT(DH), LDT(DH), LDT1(LS).

Các giếng còn lại chỉ cho 1 phân đoạn DNA duy nhất là giếng số 1, 3, 5, 7, 11, 12, 13, 14, 16, 20, 22, 23, 28, 30 tƣơng ứng với các giống/dòng: HNK(DT), Tri- 777(DT), Amp(DT), BT(SC), PT95(SC), TD(SC), PH8(SC), Amp(SC), CH(DT), CH(TC), LDT1(TQ), PH1(TQ), Tri-777(DH), Shan(YB). Phân đoạn DNA lớn nhất có kích thƣớc khoảng 240bp, phân đoạn DNA nhỏ nhất có kích thƣớc khoảng 215bp.

Hình 3.7: Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-SSR với chỉ thị TMSE-4C08S.

Ký hiệu: MK. Marker 0,5kb; 1. HNK(DT); 2. DT1(DT); 3. Tri-777(DT); 4. KT(DT);

29. LDT1(LS); 30. Shan(YB).

3.1.2.7. Tỷ lệ đa hình của các phân đoạn DNA xuất hiện

Với 6 phản ứng PCR-SSR đƣợc thực hiện, điện di kiểm tra sản phẩm trên gel agarose 4%, gel sau điện di đƣợc nhuôm với Ethydium bromide và soi dƣới máy soi gel tia UV để kiểm tra sản phẩm. Kết quả điện di cho thấy thu đƣợc tất cả 271 phân đoạn DNA trong 21 loại phân đoạn DNA từ 30 giống/dòng chè nghiên cứu. Kích thƣớc các phân đoạn DNA đƣợc nhân bản nằm trong khoảng 120bp đến 350bp. Số lƣợng các phân đoạn tƣơng ứng với mỗi mồi nằm trong khoảng tử 2 đến 5 phân đoạn DNA.

1000

500

300

Trong đó cặp mồi TMSE-11H07S và TMSE-4C08S nhân bản đƣợc ít nhất (2 phân đoạn). Cặp mồi TMSE-10H08S nhân bản đƣợc 3 phân đoạn. Sau đó đến cặp mồi TMSE-18A10T nhân bản đƣợc số phân đoạn nhiều hơn (4 phân đoạn). Cặp mồi TMSE-11D02T và TMSE-31E06S nhân bản đƣợc số phân đoạn nhiều nhất (5 phân đoạn).

Qua phân tích sản phẩm điện di của phản ứng PCR-SSR với 6 cặp mồi SSR đặc hiệu cho chè với 30 mẫu chè nghiên cứu nhận thấy cả 6 cặp mồi đều cho tính đa hình với các mức độ đa hình khác nhau thể hiện trong bảng 3.4.

Bảng 3.4: Tỷ lệ phân đoạn đa hình khi sử dụng 6 cặp mồi SSR.

Cặp mồi

Số phân đoạn DNA được nhân

bản Số phân đoạn DNA đa hình Tỷ lệ % các phân đoạn đa hình TMSE-11D02T 5 5 100 TMSE-10H08S 3 3 100 TMSE-11H07S 2 1 50 TMSE-31E06S 5 5 100 TMSE-18A10T 4 4 100 TMSE-4C08S 2 1 50

Qua bảng 3.4 cho thấy tỷ lệ xuất hiện các phân đoạn DNA đa hình khi sử dụng 6 cặp mồi SSR là rất cao. Cả 6 cặp mồi đều cho tỷ lệ đa hình cao của các phân đoạn DNA nhân lên. Trong đó có 4 cặp mồi cho tỷ lệ các phân đoạn DNA đa hình là 100% bao gồm TMSE-11D02T, TMSE-10H08S, TMSE-31E06S và TMSE-18A10T. Hai cặp mồi còn lại cho tỷ lệ các phân đoạn DNA DNA đa hình thấp hơn ở mức 50% là các cặp mồi TMSE-11H07S và TMSE-4C08S.

3.2. PHÂN TÍCH MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA CÁC GIỐNG CHÈ KHÁNG BỆNH PHỒNG LÁ KHÁC NHAU

Sử dụng phần mềm NTSYS version 2.1 phân tích tính đa dạng di truyền giữa 30 giống/dòng chè nghiên cứu dựa trên kết quả phân tích SSR với 6 cặp mồi chúng tôi đã xác định đƣợc hệ số sai khác giữa từng cặp giống/dòng chè nghiên cứu (Bảng 3.5).

Bảng 3.5 cho thấy, hệ số sai khác di truyền của 30 giống/dòng chè giao động trong khoảng 0% đến 9,639%. Trong đó có 5 cặp giống/dòng có hệ số sai khác di truyền nhỏ nhất là các cặp KT(DT) và KT(TC); LDT1(DT) và LDT1(DH); CH(DT) và CH(TC); Shan(SL) và Shan(YB); Tri-777(DT) và Tri-777(DH) với hệ số sai khác là 0%. Các cặp có hệ số sai khác di truyền lớn nhất là Amp(DT) và LDT2(SC), HBB(SC) và LDT2(SC), JBK(SC) LDT2(SC), PT95 (SC) và LDT2(SC) hệ số sai khác di truyền đều là 9,639%.

Sau khi phân tích kết quả, tôi tiến hành xây dựng sơ đồ hình cây (hình 3.8) để chỉ ra mức độ sai khác di truyền của các giống/dòng chè sử dụng trong nghiên cứu. Mức độ khác nhau đƣợc biểu hiện bằng hệ số sai khác giữa các giống/dòng. Các giống/dòng có hệ số tƣơng đồng di truyền cao đƣợc xếp vào một nhóm, giữa các nhóm lại có sự liên kết với nhau thể hiện qua mức độ tƣơng đồng di truyền giữa các nhóm.

Hình 3.8: Sơ đồ hình cây về mối quan hệ di truyền giữa 30 giống/dòng chè có phản ứng khác nhau với bệnh phồng lá dựa trên chỉ thị SSR.

Phân tích sơ đồ hình cây ở hình 3.8 cho thấy 30 giống/dòng chè nghiên cứu đƣợc chia thành hai nhánh lớn, khoảng cách di truyền của hai nhóm này là 42% (1 – 0,58).

Nhánh thứ nhất bao gồm các giống/dòng có tính kháng trung bình với bệnh phồng lá là : Tri-777 (DT); Tri-777 (DH) và LDT2 (SC) với hệ số tƣơng đồng di truyền giao động từ 85,7% đến 100%.

Nhánh thứ hai chia làm hai nhánh phụ với khảng cách di truyền là 35,5%. Trong đó: Nhánh phụ thứ nhất gồm các giống/dòng chè Amp(DT), Amp(SC), Shan(SL), Shan(YB) với hệ số tƣơng đồng di truyền giao động từ 83% - 100%. Nhánh phụ thứ hai lại đƣợc chia thành hai nhóm với khoảng cách di truyền là 30%. Trong đó:

Nhóm 1 bao gồm các giống/dòng chè JBK(SC), PT95(SC), HBB(SC) với hệ số tƣơng đồng di truyền giao động từ 76,5% - 91%. Nhóm 2 lại đƣợc chia làm hai nhóm phụ trong đó: Nhóm phụ 1 gồm các giống/dòng PH1(TQ), CH(TC), CH(DT), PH8(SC), LDT1(DH), LDT1(DT), LDT1(TQ), LDT1(LS), LDT1(TC), CH(DH), PVT(TC), PVT(SC) với hệ số tƣơng đồng di truyền giao động từ 83% - 100%. Nhóm phụ 2 bao

NHÂN BẢN CÁC PHÂN ĐOẠN DNA BẰNG PHẢN ỨNG PCR-SSR

Chỉ thị phân tử SSR