II. Từ khi có Luật Khuyến khích đầu t trong nớc đến nay
2. Những hạn chế trong quá trình triển khai thực hiện Luật KKĐTTN giai đoạn thực hiện Nghị định số 29/CP
2.3. Về thủ tục hành chính:
Luật KKĐTTN đã bắt đầu cố gắng thể hiện tinh thần "một dấu, một cửa “ trong các quan hệ về thủ tục hành chính giữa các cơ quan Nhà nớc và nhà đầu t. Tuy nhiên trên thực tế việc hớng dẫn thi hành vẫn còn nhiều thủ tục phiền hà, một mặt là do mỗi ngành địa phơng tự ban hành cơ chế riêng cho mình; mặt khác một số Luật có liên quan khác cha đợc sửa đổi, bổ sung kịp thời.
Trên thực tế các dự án đầu đợc u đãi chủ yếu rơi vào hai loại: thuế và tín dụng (vay từ Quỹ hỗ trợ đầu t Quốc gia và vay ở các Ngân hàng thơng mại) trong đó thuế là loại u đãi phổ biến. Trong quy trình thực hiện u đãi đầu t, khoản 2 Điều 25 của Nghị định 29/CP giao cho Uỷ ban Kế hoạch nhà nớc (nay là Bộ Kế hoạch và Đầu t) giúp Chính phủ thực hiện chức năng Quản lý Nhà nớc về KKĐTTN thông qua bốn nhiệm vụ và quyền hạn, trong đó có trình tự quy định trình tự thủ tục, mẫu đơn và giấy chứng nhận u đãi đầu t áp dụng thống nhất trong cả nớc; quyết định cấp Giấy chứng nhận u đãi đầu t cho các doanh nghiệp do Chính phủ cho phép thành lập, đồng thời điều 24 của Nghị định 29/CP cũng quy định: Bộ Tài chính hớng dẫn trình tự, thủ tục để xét đợc hởng u đãi về thuế. Với điều này Bộ Tài chính đã ban hành Thơng t số 94 TC/TCT hớng dẫn thủ tục, trình tự, thẩm quyền xét miễn giảm thuế theo Luật KKĐTTN và Nghị định 29/CP quy định hồ sơ xin miễn, giảm thuế gửi đến cơ quan thuế có thẩm quyền gồm: Quyết định hay giấy phép đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, giấy chứng nhận u đãi đầu t, đơn trình bày của cơ sở kèm theo xác nhận và ý kiến đề nghị cụ thể của cơ quan thuế có thẩm quyền, biên bản kiểm tra quyết toán thuế kèm theo quyết định của năm xét miễn giảm thuế, và những tài liệu liên quan đến dự án đầu t... Nhiều doanh nghiệp và địa phơng phàn nàn về thủ tục quy định nh vậy là quá phức tạp về thủ tục hành chính và có tình trạng chồng chéo giữa các cơ quan nhà nớc có thẩm quyền.
Nhằm thực hiện cải cách thủ tục hành chính trong việc thành lập doanh nghiệp, Điều 27 của Nghị định 29/CP đã quy định thủ tục xin phép thành lập doanh nghiệp theo chế độ "một cửa", xem đó nh một biện pháp khuyến khích thành lập mới doanh nghiệp. Nhng điều 26 của Nghị định lại chỉ giới hạn đối
với các doanh nghiệp thuộc diện đợc khuyến khích đầu t. Cần khẳng định thủ tục này đợc áp dụng cho việc thành lập mới doanh nghiệp cho tất cả các doanh nghiệp, không phân biệt dự án thành lập doanh nghiệp thuộc diện đợc khuyến khích đầu t hay khơng. Trờng hợp thuộc diện đợc khuyến khích đầu t, việc cấp Giấy phép thành lập doanh nghiệp đợc thực hiện đồng thời với việc cấp giấy chứng nhận u đãi đầu t.