Khu mậu dịch tự do được thành lập không chỉ đơn thuần mang lại những tác động tích cực tới sự phát triển của nền kinh tế, sự ổn đinh về an ninh chính trị của các nước ASEAN mà nó cịn có một số tác động bất lợi đối với sự phát triển chung của các nước ASEAN.
Thứ nhất, ASEAN sẽ gặp phải sự cạnh tranh gay gắt của hàng hoá
Trung Quốc ngay trong thị trường nội khối. Thế kỷ 21 được coi là thế kỷ của Trung Quốc, với lợi thế hàng hoá giá rẻ và sức cạnh tranh cao, sau khi
ACFTA ta được hình thành, với việc giảm thuế hầu hết các mặt hàng, tạo điều kiện cho hàng hoá Trung Quốc cạnh tranh ngay trong thị trường các nước ASEAN. Trong đó, một số thị trường của ASEAN là nơi tiêu thụ hàng hoá của Trung Quốc. Mặt khác, một số nước ASEAN trở thành điểm trung chuyển hàng hoá của Trung Quốc sang một nước thứ 3.
Thứ hai, các nước ASEAN ở vào thế bất lợi so với Trung Quốc trong
cạnh tranh thu hút FDI, Khu vực mậu dịch tự do ASEAN - Trung Quốc là một thị trường rộng lớn, môi trường kinh tế xã hội ổn định, nền kinh tế tăng trưởng cao, do vậy, trong thời gian qua, khu vực này đã thu hút được một lượng lớn FDI từ nước ngồi, tuy nhiên phần lớn dịng đầu tư trực tiếp nước ngoài lại đổ vào Trung Quốc, trong khi đó, đầu tư nước ngồi vào ASEAN lại có xu hướng giảm.
Đối với các nước ASEAN, trong giai đoạn 1985 - 1990 đầu tư nước ngồi trung bình đạt 6 tỷ USD, giai đoạn 1991 - 1996 đạt 20,32 tỷ USD và đạt mức cao nhất là 34 tỷ USD vào năm 1997. Sau khủng hoảng tài chính ở Đơng Nam Á, FDI vào ASEAN giảm đáng kể, năm 2002 đạt 14,7 tỷ USD. Ngược lại, giai đoạn 1985 - 1990, đầu tư nước ngoài vào Trung Quốc chỉ đạt 2,6 tỷ USD, nhưng từ năm 90 thế kỷ 20 đến nay, lượng vốn đầu tư nước ngoài trực tiếp mà Trung Quốc thu hút liên tục đạt mức tăng trưởng cao, giai đoạn 1996 - 2001 đã tăng lên 40 tỷ USD, năm 2002 đạt 52,7 tỷ USD, mức chênh lệch trong thu hút đầu tư giữa Trung Quốc và ASEAN đã lên tới trên 38 tỷ USD, tổng kim ngạch thu hút FDI của Trung Quốc gấp 3,77 lần so với tổng kim ngạch thu hút FDI của các nước ASEAN [75;tr.93]. Lý do là vì các nhà đầu tư nước ngồi khơng chỉ bị hấp dẫn bởi thị trường lao động giá rẻ của Trung Quốc mà cịn bởi mơi trường đầu tư thơng thống, các ngàch cơng nghiệp kỹ thuật hiện đại cũng dần xuất hiện, trong khi các nước ASEAN đã trở nên kém
hấp dẫn hơn đối với các nhà đầu tư nước ngồi từ sau cuộc khủng hoảng tài chính khu vực năm 1997.
Trong những năm gần đây, các nhà đầu tư Nhật Bản - nhà đầu tư chính thức vào ASEAN đã chuyển dần đầu tư sang Trung Quốc, trong khi đó đầu tư vào ASEAN giảm mạnh ở tất cả các nước thành viên. Một cuộc điều tra của Nhật Bản tiến hành năm 2003 cho thấy, các nhà sản xuất bị lôi cuốn bởi thị trường Trung Quốc hơn so với thị trường ASEAN và các doanh nghiệp Nhật Bản đang đầu tư vào các nước ASEAN cũng đang quan tâm tới việc chuyển dịch đầu tư sang Trung Quốc. Trong số các doanh nghiệp Nhật Bản đầu tư trực tiếp vào Trung Quốc có 73,9% dự định tiếp tục mở rộng đầu tư ở Trung Quốc dài hạn, trong khi đó con số này đối với các nước ASEAN chỉ chiếm 42,7% [75;tr. 93]. Hiện nay đang có nhiều doanh nghiệp Nhật Bản chuyển dây chuyền sản xuất sang Trung Quốc, trong số đó bao gồm cả những tập đoàn lớn như những tập đoàn sản xuất máy tính, máy quay kỹ thuật số… Sự chuyển dịch dòng đầu tư trực tiếp của các tập đồn đầu tư cơng nghệ cao như trên Trung Quốc, cho phép nước này tiếp cận được với công nghệ kỹ thuật cao nhanh hơn và sâu hơn so với các nước ASEAN.
Thứ 3, sự phát triển kinh tế không đồng đều của các nước thành viên
ASEAN đã ảnh hưởng đến tiến trình khu vực mậu dịch tự do, có thể thấy ASEAN là tập hợp 10 quốc gia có sự chênh lệch lớn về thể chế kinh tế, chính trị, trình độ phát triển và quy mơ kinh tế. Nếu xét về GDP, các nước ASEAN chia thành 3 nhóm, nhóm đầu gồm các quốc gia Xingapo, Brunây, nhóm thứ 2 gồm Malaisia, Thái Lan, Philippin, Inđơnêxia, nhóm thứ 3 gồm Việt Nam, Lào, Campuchia, Myanma, đây cũng là một nhân tố bên trong có vai trị quyết định quan trọng ảnh hưởng tới các quyết sách về phát triển kinh tế và chính trị của khu vực do đó, lợi hại do tác động của ACFTA đối với các nền kinh tế trong cộng đồng ASEAN là khác nhau.
Trong số các nước ASEAN, GDP bình quân đầu người của các nước chênh lệch rất lớn, tổng kim ngạch xuất nhập khẩu của Xingapo là hơn 200 tỷ USD, trong khi đó kim ngạch xuất nhập khẩu của Lào chỉ có vài trăm triệu; có nước xuất khẩu hàng cơng nghiệp là chính, có nước lại xuất khẩu hàng nơng nghiệp là chính, có nước lại đầu tư ra nước ngồi là chủ yếu, nhưng cũng có nước lại thu hút đầu tư nước ngồi. Do có sự chênh lệch về trình độ phát triển nên khi hoạch định các kế hoạch của khu mậu dịch tự do, rất khó để đưa ra một kế hoạch chung, gây ảnh hưởng khơng nhỏ đến tiến trình thành lập Khu mậu dịch tự do ASEAN - Trung Quốc, điều này có tác động bất lợi đến sự phát triển của các nền kinh tế ASEAN.