Bên cạnh những tác động tích cực trong quan hệ giữa Mỹ và ASEAN khi Mỹ có những tính tốn chiến lược như vậy, cũng đem đến nhiều tác động tiêu cực đối với quan hệ giữa hai bên trong gần thập kỉ qua đó là:
Thứ nhất trong giai đoạn chính quyền Obama, do Trung Quốc vẫn đóng một vai trò quan trọng nhất định đối với những mục tiêu lợi ích của Mỹ, chính vì vậy mặc dù có Mỹ gia tăng hiện diện quân sự trong khu vực và kêu gọi hòa giải các mâu thuẫn giữa Trung Quốc và ASEAN trên biển Đông dựa trên các biện pháp hịa bình, nhưng gần như Mỹ vẫn để cho Trung Quốc lấn lướt tới các khu vực của biển của các nước như Việt Nam, Philippines và khơng có lập trường cứng rắn. Do đó trong nhiều mối quan hệ căng thẳng trên biển Đông, các nước ASEAN nhiều khi phải tự giải quyết một cách rất khó khăn với Trung Quốc cộng thêm những tính tốn chính trị của Trung Quốc khiến cho việc đạt được kết quả để duy trì hịa bình trên khu vực biển Đơng như COC vẫn cịn nhiều hạn chế. Sang giai đoạn tổng thống Trump, do chính sách tăng cường quân sự tại khu vực biển để nhằm răn đe Trung Quốc trong việc mở rộng ra biển khiến cho mối lo ngại về an ninh tại khu vực này gia tăng ảnh hưởng tới các tiên chỉ về việc duy trì, hịa bình và ổn định khu vực của ASEAN.
Đặc biệt trước cuộc cạnh tranh gay gắt về cả địa chính trị và kinh tế của Mỹ và Trung Quốc khiến cho các nước ASEAN rơi vào tình thế tiến thoái lưỡng lan khi phải đưa ra sự lựa chọn giữa hai bên Mỹ và Trung Quốc, nhiều khi Mỹ khơng có lập trường nhất quán khiến cho một số nước trong ASEAN lo ngại về mức độ cam kết của Mỹ đối với khu vực và dẫn tới sự mất tin tưởng trong quan hệ giữa hai bên. Điển hình như quan hệ giữa Philippines và Mỹ rất mập mờ do sự mất tin tưởng giữa hai bên và từ đó dẫn tới việc Philippines ngày càng có xu hướng dần nghiêng về Trung Quốc hơn. Bên cạnh đó Mỹ cũng nhiều lần đi vào vùng lãnh hải của các quốc gia như Việt
Nam trong khi chưa được sự cho phép dẫn tới đe dọa an ninh của các nước trong ASEAN.
Thứ hai về thương mại, việc tổng thống Trump rút khỏi TPP đã khiến cho rất nhiều quốc gia trong ASEAN nghi ngờ về sự giảm cam kết tại khu vực của Mỹ. Đứng trước sự trỗi dậy ngày càng mạnh mẽ của nền kinh tế Trung Quốc khi một loạt các sáng kiến như BRI và AIIB đang đáp ứng nhu cầu của các nước ASEAN trong mục tiêu xây dựng và phát triển cơ sở hạ tầng, trong khi đó Mỹ lại rút khỏi TPP một hiệp định hứa hẹn mang lại nhiều lợi ích cho các bên liên quan và là công cụ để kiềm chế Trung Quốc Mỹ lại tập trung hỗ trợ phát triển cơ sở hạ tầng cho các nước ASEAN theo những khoản trợ cấp nhỏ lẻ, điều này làm cho mối quan hệ giữa ASEAN và Mỹ càng bị tổn thương hơn nữa. Cho tới nay Mỹ vẫn chưa có những chính sách thay thế TPP để tiếp tục duy trì vị thế của mình tại khu vực cũng như thúc đẩy quan hệ kinh tế sâu rộng giữa Mỹ và ASEAN. Thêm vào đó, do chủ nghĩa bảo hộ hay dân tộc kinh tế của Mỹ ngày càng gia tăng đã ảnh hưởng lớn tới thương mại hai chiều giữa hai bên. Tác động của cuộc chiến tranh thương mại Mỹ - Trung dẫn tới một loạt các hành động bảo hộ hàng hóa gây ra tác động tiêu cực ảnh hưởng tới thương mại của Mỹ và các quốc gia khác trong khu vực trong đó có các nước ASEAN.
Thứ ba do sự khác biệt về các giá trị tự do, dân chủ, nhân quyền giữa Mỹ
và ASEAN cũng đã ảnh hưởng không nhỏ tới mối quan hệ giữa các nước trong ASEAN và Mỹ. Từ trước đến nay, Mỹ thường xuyên thể hiện sự quan ngại liên quan đến các vấn đề tự do, dân chủ, nhân quyền của một số quốc gia Đông Nam Á. Trong khi đó, ASEAN lại hoạt động trên nguyên tắc đồng thuận, không can thiệp công việc nội bộ của nhau và có những quan điểm, lập trường riêng về vấn đề dân chủ, nhân quyền ở khu vực (Lê Thị Thúy 2020). Trong giai đoạn tổng thống Mỹ Obama, Mỹđã can thiệp vào việc điều
chỉnh các chính sách về dân chủ nhân quyền của các quốc gia ASEAN khi đưa ra góp ý đối với bản Tuyên bố về nhân quyền của ASEAN trong năm 2012. Dưới giai đoạn chính quyền tổng thống Trump, sự căng thẳng ngày càng được tăng cao khi Mỹ đánh giá mức độ dân chủ tại các nước Campuchia và Myanmar đang giảm đi và khuyến khích các nước này minh bạch hơn trong vấn đề về dân chủ nhân quyền. Điều này tạo ra những sự căng thẳng trong quan hệ giữa Mỹ và một số nước trong ASEAN khi Mỹ đang cố can thiệp vào công việc nội bộ của các nước trong ASEAN vi phạm các nguyên tắc chung của ASEAN.
Thứ tư đó là vấn đề Triều Tiên, khi tổng thống Trump chủ trưởng đàm phán song phương với Triều Tiên khiến cho vai trò và vị thế của ASEAN và các tổ chức trong khuôn khổ ASEAN như ARF bị suy giảm trong việc giải quyết các vấn đề liên quan tới hịa bình, an ninh và ổn định trong khu vực từ đó cũng khiến cho mối quan hệ giữa ASEAN và Mỹ trở nên xa cách. Trong khi đó một số nước trong ASEAN lại được chọn làm địa điểm để tổ chức cuộc gặp cấp cao này sẽ khiến cho sự cạnh tranh trong khối tăng cao và điều này rất có thể ảnh hưởng tới nội bộ của khối ASEAN.
Tóm lại, từ thời kỳ chính quyền tổng thống Obama cho tới chính quyền tổng thống Trump quan hệ giữa ASEAN và Mỹ có sự giảm đi rõ rệt, mặc dù trên một số khía cạnh có sự song trùng lợi ích như sự đảm bảo an ninh và an tồn trên biển Đơng được duy trì và thúc đẩy mạnh mẽ hơn nhưng trong các vấn đề khác như kinh tế, ngoại giao khi chỉ chú trọng song phương hơn đa phương và các vấn đề về dân chủ nhân quyền khiến cho mối quan hệ này đã có sự tổn hại hơn so với thời kỳ trước.