Mặc dự việc tỏi cấu trỳc lại thị trường bước đầu được thực hiện để khắc phục sự thiếu đồng bộ và tạo sự phõn định của thị trường, nhưng đõy vẫn là hạn chế lớn nhất của TTCK Việt Nam trong giai đoạn hiện nay. Về cơ cấu tổ chức, việc tỏch cỏc SGDCK và TTLKCK trở thành phỏp nhõn độc lập khỏi UBCKNN đó đạt được kết quả nhất định trong việc tỏch bạch chức năng quản lý nhà nước trong hoạt động chứng khoỏn và chức năng tổ chức vận hành TTCK.
Việc phõn chia thị trường tập trung thành hai thị trường bộ phận với cựng một phương thức giao dịch dựa trờn cỏc điều kiện niờm yết về lợi nhuận và vốn điều lệ trong giai đoạn vừa qua đó gúp phần quan trọng mở rộng thị trường cú tổ chức, phỏt huy tớnh năng động của cỏc TTGDCK/SGDCK trong việc thu hỳt cỏc doanh nghiệp vào niờm yết, đăng ký giao dịch. Tuy nhiờn, mụ hỡnh này đó và đang làm tăng chi phớ xó hội, chưa phự hợp với xu thế quốc tế là sỏp nhập, hợp nhất để tăng sức cạnh tranh và gõy khú khăn cho cụng tỏc phỏt triển chiều sõu để khai thỏc tối đa hệ thống cụng nghệ và đa dạng húa cỏc loại hỡnh dịch vụ, sản phẩm, đỏp ứng nhu cầu khỏc nhau của thị trường.
Thị trường giao dịch cổ phiếu chưa niờm yết mới được hỡnh thành dưới hỡnh thức hệ thống giao dịch Upcom, chưa phỏt huy được vai trũ tạo lập thị trường theo kiểu thị trường phi tập trung. Ngoài ra, số lượng cổ phiếu đưa vào giao dịch so với số lượng cụng ty đại chỳng chiếm tỷ trọng quỏ thấp và thiếu hấp dẫn đối với doanh nghiệp cũng như cụng chỳng đầu tư. Hiện tại, vẫn cũn
tồn tại một bộ phận thị trường cổ phiếu được đăng ký với TTLKCK nhưng chưa cú cơ chế giao dịch và chuyển quyền sở hữu.