Nội dung phương án phục hồi cũng có thể bị thay đổi trong quá trình thực hiện. Theo quy định tại Điều 75 Luật phá sản 2004 thì:
“1. Trong quá trình thực hiện phương án phục hồi hoạt động kinh doanh, các chủ nợ và doanh nghiệp, hợp tác xã có quyền thoả thuận về việc sửa đổi, bổ sung phương án phục hồi hoạt động kinh doanh.
2. Thoả thuận về việc sửa đổi, bổ sung phương án phục hồi hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp, hợp tác xã được chấp nhận khi có qúa nửa số chủ nợ khơng có bảo đảm đại diện cho từ hai phần ba tổng số nợ khơng có bảo đảm trở lên đồng ý.
3. Thẩm phán ra quyết định công nhận sự thoả thuận của các bên và gửi quyết định đó cho doanh nghiệp, hợp tác xã lâm vào tình trạng phá sản và các chủ nợ trong thời hạn bảy ngày, kể từ ngày ra quyết định”.
Như vậy, phương án phục hồi hoạt động kinh doanh cũng có thể được các chủ nợ, doanh nghiệp, hợp tác xã thoả thuận để sửa đổi, bổ sung trong quá trình thực hiện và cũng phải được thẩm phán ra quyết định cơng nhận thì mới có giá trị thi hành. Các bên có quyền thoả thuận thay đổi phương án phục hồi bởi lẽ, thủ tục giải quyết phá sản nói chung và thủ tục phục hồi hoạt động kinh doanh nói riêng có mục đích cứu giúp con nợ khi cịn có thể và tối đa việc thanh tốn nợ. Trong quá trình thực hiện, nếu thấy phương án phục hồi đã khơng phù hợp thì việc thay đổi là điều cần thiết nhằm mang lại hiệu quả cao trong việc phục hồi con nợ. Trong quá trình thực hiện phương án phục hồi có thể sẽ phát sinh thêm nhiều yếu tố làm thay đổi kế hoạch mà các chủ thể trước đó đã đưa ra do khơng dự tính được những yếu tố xen ngang đó. Vì thế, nhất thiết các chủ thể phải xem xét để sửa đổi, bổ sung cho thích hợp thì việc
phục hồi hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp, hợp tác xã mới có thể đạt kết quả tốt. Có thể nhận thấy sự cần thiết hay khơng cần thiết phải thay đổi nội dung phương án phục hồi cũng là nói lên sự nhanh nhạy của chủ nợ và con nợ khi nhận biết nhu cầu thực tế trước những khó khăn mà doanh nghiệp đang mắc phải, đó cũng là nhằm hướng tới việc cứu giúp con nợ và bảo đảm trọn vẹn quyền lợi của chủ nợ.