Trong năm 2018, Vinalines cùng 4 Tổng công ty lớn nhất thuộc Bộ Giao thông vận tải (GTVT) đã đƣợc chuyển giao sang Ủy ban Quản lý vốn Nhà nƣớc tại doanh nghiệp, theo quy định tại Nghị định số 131 ngày 29 9 2018. Bộ GTVT chỉ thực hiện công tác quản lý chuyên ngành về mặt Nhà nƣớc đối với Vinalines.
Xét về nguyên tắc, Ủy ban sẽ chịu trách nhiệm theo quy định về tình hình lỗ lãi của DN. Hay nói một cách chính xác, hiệu quả sản xuất kinh doanh
từ việc sử dụng đồng vốn là do Hội đồng quản trị, Tổng Giám đốc và bộ máy trực tiếp quản lý nguồn vốn chịu trách nhiệm, còn Ủy ban quản lý vốn nhà nƣớc với tƣ cách chủ sở hữu sẽ phải chịu trách nhiệm trƣớc Chính phủ về tổng giá trị danh mục tài sản nhà nƣớc đã giao cho Uỷ ban quản lý, ít nhất là về nguyên tắc bảo toàn và phát triển.
Ủy ban sẽ thay mặt Nhà nƣớc giám sát khối tài sản, vốn Nhà nƣớc tại các DNNN, Uỷ ban không can thiệp vào hoạt động sản xuất kinh doanh trực tiếp của các doanh nghiệp mà chỉ tập trung giám sát vốn đó các doanh nghiệp dùng hiệu có quả khơng, có khả năng, nguy cơ thất thốt hay khơng và sẽ triển khai các biện pháp can thiệp.
Để có thể giám sát, kiểm sốt các hoạt động của Vinalines thì điều quan trọng là luôn xác định mục tiêu chiến lƣợc của đơn vị. Khi đã xác định đƣợc mục tiêu thì tất cả các dự án đầu tƣ và kế hoạch đều phải hƣớng tới mục tiêu này. Đó chính là sự phát triển giá trị cốt lõi của Vinlines, giá trị làm nên thƣơng hiệu của đơn vị và có tính bền vững.
Nếu chỉ dựa vào các công cụ giám sát, kiểm sốt bằng con ngƣời thì khơng thể tránh khỏi những sai sót có thể xẩy ra khi có sự thơng đồng giữa ngƣời quản lý và nhân viên, giữa ngƣời ra chỉ đạo và ngƣời thực hiện do đó cần phát triển các cơng cụ quản trị bằng phần mềm. Hiện nay Vinalines đã ứng dụng phần mềm quản lý và dữ liệu phần mềm này đƣợc liên kết với cả Ủy ban Quản lý vốn Nhà nƣớc. Đây là một cơ sở quan trọng để Uỷ ban có thơng tin chính xác, kịp thời phục vụ cơng tác quản lý và giám sát Vinalines.
Công cụ để giam sát hoạt động Vinalines bao gồm báo cáo tài chính doanh nghiệp, báo cáo quản trị và báo cáo hoạt động KSNB, quy trình kiểm sốt rủi ro của đơn vị.