Chƣơng 2 : ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.3. Xử lý số liệu
- Các số liệu thu đƣợc đƣợc xử lý theo chƣơng trình SPSS 16.0; excel với các phần mềm thống kê tin học.
So sánh độ trung bình giữa hai nhóm nghiên cứu sử dụng T - test; Chi square...
Xác định mối liên quan giữa đa hình gen CYP1A1; GSTP1 và NAT2 với vô sinh nam nguyên phát bằng Odds ratio, (kí hiệu: OR) và khoảng tin cậy 95% (95%CI). Ý nghĩa của chỉ số OR:
OR > 1: yếu tố khảo sát làm tăng nguy cơ vô sinh.
OR = 1: yếu tố khảo sát không tác động tới nguy cơ vô sinh.
OR < 1: yếu tố khảo sát không gây ảnh hƣởng tới vô sinh.
Để so sánh sự phân bố kiểu gen với phân bố trong quần thể theo định luật Hardy-Weinberg và so sánh tần số xuất hiện kiểu gen chúng tôi sử dụng kiểm định Chi bình phƣơng Pearson và hiệu chỉnh Yates trên biến liên tục. Giá trị dị hợp tử lý thuyết đƣợc tính theo Nei. Độ lệch tƣơng đối giữa dị hợp tử lý thuyết (He) và dị hợp tử thực nghiệm (H0) đƣợc tính theo cơng thức:
D = (H0 - He)/He, Trong đó:
- H0 là mức độ dị hợp tử thực nghiệm. - He mức độ dị hợp tử lý thuyết.
Để xây dựng mơ hình tƣơng tác giữa các gen chúng tôi sử dụng 2 phƣơng pháp:
- Phƣơng pháp truyền thống để xác định tƣơng tác giữa 2 gen và phƣơng pháp dùng phần mềm MDR (Ritchie, 2003) [133] để xác định tƣơng tác của nhiều gen mà không thể xác định đƣợc bằng các phƣơng pháp thống kê truyền thống (Moore J.H., 2004; Motshinger 2006, Moore 2006) [134], [135].
- Phƣơng pháp MDR cho phép giảm số lƣợng cỡ mẫu khi xác định các tƣơng tác gen bằng cách tổng hợp tất cả các tổ hợp gen có nguy cơ cao và
61
nguy cơ thấp gây vô sinh nam. Bằng phƣơng pháp MDR có thể xác định đƣợc tổ hợp 2, 3, 4, 5… alen tƣơng tác. Giá trị p trong xây dựng mơ hình tƣơng tác gen với n-locus đƣợc đánh giá bằng kiểm định Monte-Carlo (1000 tổ hợp).
Phƣơng pháp thống kê này bao gồm 10 lần kiểm định chéo và kiểm tra các hoán vị tổ hợp gen để giảm thiểu kết quả dƣơng tính giả bằng kiểm tra giữ liệu đa chiều. Với kiểm định chéo 10 lần, dữ liệu đƣợc chia thành 10 phần bằng nhau và mơ hình tƣơng tác gen đƣợc xây dựng từ 9/10 tập dữ liệu (bộ dữ liệu thử nghiệm) và sau đó đƣợc kiểm tra lại từ 1/10 dữ liệu còn lại (bộ dữ liệu kiểm tra). Điều này đƣợc thử nghiệm lặp lại cho mỗi bộ dữ liệu thử nghiệm (9/10) và bộ dữ liệu kiểm tra (1/10), từ đó tính trung bình 10 lỗi dự đốn kết quả để xác định các tổ hợp có độ tái lập cao và lỗi dự đoán thấp nhất. Cuối cùng, sử dụng thử nghiệm Monte-Carlo để đánh giá sự nhất quán của mơ hình tƣơng tác gen trên các tập dữ liệu chéo đƣợc xác nhận hợp lệ. Giả định theo thuật tốn Monte-Carlo thì khơng có mối liên kết nào giữa 1000 tổ hợp hoán vị gen và chứng minh các tổ hợp này độc lập (không liên quan nhau) khi p ≤ 0,05.