Sau khi được mua bán trên thị trường sơ cấp, chứng khoán tiếp tục được mua bán giữa các nhà đầu tư trên thị trường thứ cấp. Khác biệt cơ bản giữa thị trường sơ cấp và thị trường thứ cấp là, trong thị trường thứ cấp, nhà phát hành chứng khốn khơng nhận thêm được bất cứ khoản tiền nào từ người mua. Thay vào đó, trên thị trường thứ cấp, tiền vốn
được lưu chuyển từ người mua sang người bán và người mua mới. So với thị trường sơ cấp, thị trường thứ cấp có tầm quan trọng đặc biệt đối với các nhà phát hành lẫn nhà đầu tư vì thị trường cấp hai thực hiện hai chức năng cơ bản sau đây:
Thứ nhất, thông qua các giao dịch định kỳ, thị trường thứ cấp cung cấp các dòng thông
tin đều đặn để phát triển giá trị và mức lợi tức tối thiểu của chứng khốn có sẵn trên thị trường. Qua những dịng thơng tin này, các nhà đầu tư có thể phát hiện ra giá trị của các cơng ty có cổ phiếu trên thị trường, các nhà phát hành có thể nhận biết giá cả của các trái phiếu và lợi suất mà các nhà đầu tư kỳ vọng và địi hỏi đối với các loại trái phiếu. Những thơng tin như vậy cũng giúp nhà phát hành trên thị trường sơ cấp trước đây cũng như cho biết các nhà đầu tư sẽ sẵn sàng đón nhận các đợt phát hành mới như thế nào.
Thứ hai, thị trường thứ cấp gia tăng tính lưu chuyển cho các chứng khốn. Chức năng
này mang lại lợi ích rõ rệt cho các nhà đầu tư vì nó cho phép các nhà đầu tư hủy bỏ hoặc hoán chuyển một khoản đầu tư vào một loại chứng khoán nhất định bằng cách bán các chứng khoán đang nắm giữ để lấy tiền mặt. Trừ khi hoàn tồn tin tưởng rằng bất cứ lúc nào cũng có thể hoán chuyển từ việc đầu tư một chứng khoán này sang một chứng khoán khác, hiển nhiên, nhà đầu tư sẽ lưỡng lự và miễn cưỡng khi quyết định đầu tư vào bất kỳ các chứng khoán nào. Sự miễn cưỡng này dẫn đến các bất lợi cho các nhà phát triển tiềm năng trên hai phương diện: hoặc là nhà phát hành khơng thể bán được các chứng khốn mới được phát hành hoặc là để bán được, nhà phát hành phải chịu một mức lãi suất cao hơn để bù lại cho sự kẹt vốn do các chứng khoán được nắm giữ khơng có tính lưu chuyển. Như vậy, bằng cách cho nhà phát hành quyền lựa chọn để bán các chứng khoán, một thị trường thứ cấp vận hành tốt cũng giúp nhà phát hành giảm chi phí cho các đợt phát hành chứng khốn ra công chúng.
Để thực hiện các chức năng trên, trong thực tế, thị trường thứ cấp thường được tổ chức dưới hình thức thị trường mua bán trực tiếp, thị trường giao dịch thông qua các nhà môi giới, thị trường giao dịch thơng qua các nhà kinh doanh chứng khốn và thị trường đấu giá.
Trong thị trường mua bán trực tiếp, các nhà đầu tư tự tìm đến với nhau thơng qua các thông tin bằng miệng, quảng cáo, internet hoặc thư điện tử. Các chứng khoán được mua bán trên thị trường trực tiếp khơng có sự tham gia của bên thứ ba như các nhà môi giới, các nhà bn chứng khốn. Với sự xuất hiện của mạng internet, trong tương lai, có lẽ hình thức giao dịch này ngày càng tỏ ra có ưu thế.
Trên thị trường giao dịch thông qua các nhà môi giới, khi khối lượng giao dịch tăng lên đủ lớn, khi khơng tìm thấy mức giá đặt mua hợp lý trên thị trường, người bán có thể sử dụng người mơi giới để tìm kiếm người mua thích hợp. Với các dịch vụ tìm kiếm có tính chất chun mơn hố của người mơi giới, người bán có thể u cầu người mơi giới
tìm trong danh sách các nhà đầu tư tiềm năng của mình để cho nhà đầu tư thích hợp và thương lượng giá có thể chấp nhận được cho các khách hàng của mình. Một chức năng khác của nhà mơi giới là duy trì tình trạng ẩn danh của các đối tác tham gia giao dịch. Cho dù có thể dễ dàng phát hiện một đối tác có mức giá giao dịch thích hợp, người mua và người bán là các cá nhân bao giờ cũng thích che dấu vị thế chứng khoán của mình trước các đối thủ cạnh tranh. Thị trường trái phiếu chính quyền địa phương là thị trường
giao dịch thơng qua các nhà môi giới.
So với thị trường mua bán trực tiếp, thị trường giao dịch thông qua các nhà mơi giới có những lợi điểm chung khơng phải là khơng có những nhược điểm. Nhược điểm có thể thấy rõ nhất là khơng có gì bảo đảm rằng lệnh của các nhà đầu tư có thể được thực hiện ngay lập tức. Trong khoảng thời gian đang tìm kiếm các đối tác thích hợp do khách hàng của mình, một tin tức mới được tiết lộ có thể làm thay đổi mức giá cân bằng trên thị trường của các chứng khoán. Sự chậm trễ trong việc thực hiện lệnh có thể là nguyên nhân dẫn đến các rủi ro do giá và khách hàng có thể bị tổn thất. Vì vây, sẽ là có lợi hơn nếu có một tác nhân đứng ra duy trì thị trường bằng cách đặt mua liên tục các chứng khoán mà các nhà đầu tư muốn bán và bán các chứng khoán mà nhà đầu tư muốn mua. Chủ thể duy trì tính liên tục của thị trường được gọi là các nhà kinh doanh chứng khoán hoặc là các nhà tạo thi trường (market - marker).
Trong thị trường giao dịch thông qua các nhà kinh doanh chứng khốn, và kinh
doanh mua chứng khốn cho chính mình khi có người bán nhưng khơng có người mua và bán chứng khốn của chính mình khi có người mua nhưng khơng có người bán. Khác với các nhà mơi giới, các nhà kinh doanh chứng khốn sử dụng vốn của mình vào quá trình duy trì thị trường và vì vậy, khi tăng hoặc giảm số lượng chứng khốn sẵn có, nhà kinh doanh chứng khoán nhận lấy các rủi ro xảy ra nếu có khi có sự thay đổi giá cả cân bằng. Đổi lại, nhà kinh doanh có thể kiếm lời bằng cách luôn luôn yết giá mua thấp hơn giá bán. Tại nhiều nước, có 3 loại thị trường của các nhà kinh doanh chứng khoán là: thị
trường các trái phiếu chính phủ, thị trường trái phiếu cơng ty và thị trường khơng chính thức của các cổ phiếu không được niêm yết.
Mặc dù, so với thị trường giao dịch thông qua các nhà môi giới, thị trường giao dịch thơng qua các nhà kinh doanh chứng khốn cung cấp cho các nhà đầu tư cơ hội để tìm kiếm các đối tác giao dịch nhanh hơn, rẻ hơn và do đó có thể thức hiện các lệnh nhanh hơn so với thị trường giao dịch trực tiếp hoặc thị trường giao dịch thông qua môi giới nhưng thị trường này vẫn có một số nhược điểm. Nhược điểm thứ nhất là khơng ai có thể bảo đảm rằng giá do các nhà buôn riêng rẽ đưa ra không thể là giá tốt hơn nếu nhà đầu tư tiến hành tiếp xúc với các nhà buôn khác. Trong trường hợp này, để có mức giá tốt nhất, nhà giao dịch thông qua các nhà bn phải mất thêm các khoản chi phí giao dịch. Nhược
điểm thứ hai trong mua bán thông qua nhà buôn là nhà đầu tư phải chịu thêm một khoản chi phí tính trong khoảng chênh lệch giữa giá đặt mua và giá chào bán của nhà bn chứng khốn. Thị trường đấu giá ra đời để khắc phục những hạn chế này. Thay vì mua các chứng khốn từ người bán, giữ chúng và đợi cho đến khi có người mua, người bán (hoặc đại diện của người bán) và người mua có thể tiếp xúc để mặc cả trực tiếp giá cả của các chứng khốn. Cũng có thể có sự hiện diện của người bán đấu giá - nhà tạo thị trường cho một hoặc nhiều chứng khoán được niêm yết trên sàn giao dịch (tức là các chuyên gia) - nhưng họ chỉ có mặt để ghi chép một cách thụ động giá đặt mua và giá chào bán bởi các nhà đầu tư tiềm năng. Đặc tính quan trọng nhất của thị trường đấu giá là các lệnh mua bán được tập trung hoá tại một địa điểm nhất định trên sàn giao dịch để có thể phát hiện và ghép các lệnh đặt mua với cao nhất và các lệnh bán với giá thấp nhất với nhau. Các sở
giao dịch chứng khoán là các thị trường đấu giá.