ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.3.1. Dụng cụ, trang thiết bị
- Tủ lạnh : 40C, -20 ºC, -80 ºC
- Dụng cụ thủy tinh: Ống nghiệm pha hóa chất, cốc thủy tinh, ống đong, bình nón, cốc thủy tinh.
- Pipet định mức và đầu côn các loại 1000µl, 200µl, 100µl, 20µl, 10µl, 2.5µl
- Ống Eppendorf
- Găng tay, giấy thấm vô trùng
- Tủ sấy, tủ ấm
- Khay đổ gel
- Cân điện tử
- Lò vi sóng (Saiko)
- Máy ly tâm để bàn Eppendorf (Đức): Centrifuge 5424R và Hitachi (Nhật).
- Máy rung lắc nhiệt: Thermomixer 5437 và Thermomixer comfort cho ống 1,5ml và Mixmate cho ống 2ml.
- Máy điện di: Mupid (Nhật Bản)
- Máy soi gel và chụp ảnh tự động: EC3 Imaging system
- Máy đọc huỳnh quang
- Máy đo OD: Nanodrop 1000
- Máy PCR: Eppendorf
- Máy giải trình tự gen tự động: ABI-3100
2.3.2. Hóa chất
- Hóa chất tách chiết DNA:
+ Dung dịch Lysis buffer gồm: Succarose 0.3M, Trisbase-HCl (pH7.5) 0.01M, MgCl2 0.05M, Trixton X-100 1% và nước cất.
+ Dung dịch K gồm: NaCl 0.075M, EDTA (Ethylendiamin Tetraacetic Acid) 0.024M (pH 8.0)
+ Dung dịch SDS (Sodium dodecyl sulfate) 10%
+ Proteinase K (10mg/ml)
+ Dung dịch Phenol : Chloroform : Isoamyl (25 : 24 :1)
+ Dung dịch Chloroform : Isoamyl (24 : 1)
+ Ethanol 100%, ethanol 70% bảo quản lạnh
+ Sodium acetate CH3COONa 3M (pH=5.2).
+ Dung dịch hòa tan DNA: đệm TE (Tris - EDTA)
- Hóa chất cho PCR:
+ Thành phần của PCR Master Mix gồm:
+ 10 X Buffer
+ GOLTAQ chứa: dNTPs, Taq polymerase, MgCl2
- Hóa chất chạy điện di:
+ Dung dịch đệm TBE (Tris Borate EDTA) 1X gồm: Tris base, boric acid và EDTA (pH 8.0)
+ Agarose 1%
+ DNA thang chuẩn (marker)
- Hóa chất cho giải trình tự:
+ Ethanol 95%
+ Hi - Di™ Formamide (bảo quản lạnh -20oC)
+ Big dye
+ Cột lọc