Cơng tác kiểm tra có vai trị rất lớn trong cơng tác quản lý thuế GTGT. Cơng tác có vai trị đảm bảo cơng bằng trong xã hội và sự cơng minh của pháp luật. Nó làm tăng ý thức chấp hành nghĩa vụ nộp thuế của đối tượng nộp thuế cũng như ý thức trách nhiệm của cán bộ thuế, góp phần ngăn chặn tình trạng tiêu cực, gian lận.
Do đó Nhà nước cần xây dựng kế hoạch kiểm tra trình lãnh đạo phê duyệt theo đúng quy định, kiểm tra quyết tốn thuế, hồn thuế, tiếp tục xử lý nghiêm các trường hợp dây dưa, nợ đọng, trốn thuế. Tăng cường kiểm tra và xử lý nghiêm khắc trường hợp vi phạm, nhằm khơng ngừng nâng cao trình độ quản lý thuế tại Chi cục cũng như ý thức chấp hành nghĩa vụ nộp thuế của đối tượng nộp thuế. Việc xử lý nghiêm những trường hợp vi phạm sẽ góp phần phát huy tinh thần tự chủ, giám chịu trách nhiệm trước pháp luật của cán bộ thuế cũng như doanh nghiệp trong việc chấp hành thực hiện luật thuế GTGT.
Duy trì đẩy mạnh cơng tác kiểm tra nội bộ ngành về việc chấp hành kỉ cương, kỉ luật và thực hiện các quy trình nghiệp vụ trong công tác quản lý thuế GTGT, thực hiện đồng bộ, nghiêm túc các biện pháp kinh tế, hành chính trong cơng tác thu thuế.
Việc gian lận trốn lậu thuế luôn là vấn đề bức xúc trong công tác quản lý thuế, và đang ngày một gia tăng. Việc thực hiện quy trình tự kê khai, tự tính thuế, tự nộp tạo điều kiện cho các đối tượng xấu gian lận. Do đó cần tập trung lực lượng cán bộ thuế để đẩy mạnh công tác kiểm tra đối tượng nộp thuế nhằm chặn đứng các gian lận về thuế, chống thất thu ngân sách, đảm bảo công bằng về nghĩa vụ thuế giữa các thành phần kinh tế.
Để nâng cao hiệu quả công tác kiểm tra thuế GTGT với các DN NQD khắc phục những tồn tại hạn chế trong công tác kiểm tra tại trụ sở NNT nhằm thực hiện đúng tiến độ kiểm tra. Chi cục Thuế huyện Tiền Hải cần phải thực hiện tốt công tác thẩm định, kiểm tra kỹ, nghiên cứu sâu hồ sơ của các DN trong giai đoạn kiểm tra tại bàn. Lập nhật ký, sổ tay kiểm tra lưu lại những trường hợp thường có nhiều sai phạm
hay các sai phạm mới nghiêm trọng được phát hiện trong quá trình kiểm tra tạo điều kiện thuận lợi cho những lần kiểm tra sau.
Tăng cường cán bộ làm công tác kiểm tra và khơng ngững nâng cao trình độ của cán bộ.
Phối hợp với các cơ quan, phòng ban khác hay các cơ quan thuế các tỉnh khác, các cơ quan liên quan như Hải quan, Công an để thực hiện công tác kiểm tra được thuận lợi hơn.