Thực tế hiện nay, bộ máy hành chính nước ta còn cồng kềnh, các thủ tục còn rườm rà. Muốn giúp doanh nghiệp đạt hiệu quả cao hơn nữa trong hoạt động nhập khẩu, Nhà nước cần cải cách bộ máy hành chính, đơn giản hố các thủ tục hành chính. Nhà nước cần chỉ đạo các cơ quan chức năng có sự phối hợp chặt chẽ trong việc quản lý xuất nhập khẩu. Bộ thương mại có trách nhiệm phê duyệt các dự án theo thẩm quyền, Tổng cục Hải quan có trách nhiệm giám sát và kiểm tra hàng hoá nhập khẩu, thu thuế nhập khẩu. Đặc biệt Hải quan phải đổi mới mạnh mẽ phương thức hoạt động của mình vì đây vẫn là nơi gây nhiều phiền hà nhất cho doanh nghiệp. Hơn nữa trình độ của cán bộ Hải quan chưa cao nên hoạt động chưa có hiệu quả. Hải quan và doanh nghiệp cần phải phối hợp cùng nhau để việc giải phóng hàng diễn ra nhanh chóng mà vẫn đảm bảo được sự quản lý giám sát. Muốn vậy, Hải quan cần phải rà sốt lại các bước quy trình thủ tục Hải quan, giảm các đầu mối, các loại giấy tờ, tiêu chí bắt buộc phải kê khai, phối hợp giữa các khâu trong thủ tục Hải quan để vừa đảm bảo sự chặt chẽ trong quản lý hoạt động nhập khẩu của Nhà nước vừa tạo điều kiện thơng quan hàng hố nhanh cho doanh nghiệp.
Để tránh tình trạng cưỡng chế, giám định tràn lan gây thiệt hại cho doanh nghiệp, Hải quan cần phải kiểm tra kĩ thơng tin, cưỡng chế phải chính xác và trước khi ra quyết định cưỡng chế, Hải quan phải thông báo trước cho công ty 01 đến 02 ngày để cơng ty có đủ thời gian kiểm tra, giải trình. Trước khi cưỡng chế, hai bên nên lập bản cam kết để khi cưỡng chế sai, Hải quan phải chịu trách nhiệm bồi thường thiệt hại gây ra cho doanh nghiệp.
Ngồi ra, hiện nay cịn có rất nhiều doanh nghiệp làm ăn khơng trung thực, có hành vi bn lậu và gian lận thương mại trong hoạt động nhập khẩu hàng hố. Các biểu hiện chính của hành vi gian lận thương mại là: khai báo sai về số lượng hàng nhập để giảm thuế nhập khẩu, khai báo sai về đơn giá và tổng giá trị lô hàng để giảm thuế; khai báo sai về chủng loại hàng nhập để giảm thuế suất thuế nhập khẩu và giảm tổng giá trị thuế phải nộp. Việc gian lận trên sẽ đẩy các doanh nghiệp làm ăn chân chính vào một “cuộc chơi”
khơng bình đẳng thậm chí đẩy họ tới tình trạng khơng cịn đủ sức cạnh tranh với các doanh nghiệp có hành vi gian lận thương mại nữa. Sở dĩ các doanh nghiệp khơng chân chính thực hiện được hành vi gian lận thương mại là do có sự tiếp tay của các cán bộ cơng chức Nhà nước có thẩm quyền. Vì vậy, Nhà nước mà đặc biệt là các lực lượng: Hải quan, thuế, quản lý thị trường, công an kinh tế, tồ án… cần có những biện pháp nâng cao tính trung thực, tinh thần trách nhiệm của đội ngũ cán bộ công chức trong ngành; cứng rắn xử phạt những cán bộ tiếp tay cho các hành vi buôn lậu và gian lận thương mại; xử phạt thật nghiêm các tổ chức, cá nhân có hành vi bn lậu và gian lận thương mại.