2. Mục tiêu và nhiệm vụ của đề tà
3.3.2. Phân tích gen Lpin1 bằng enzyme cắt giới hạn Msp
Đoạn gen Lpin1 được nhân lên bằng phương pháp PCR và được cắt với enzyme giới hạn MspI, sau đó sản phẩm được điện di trên gel agarose 2 % để kiểm tra kiểu gen.
Theo trình tự đoạn gen Lpin1 (Genbank EU164847) thì vị trí cắt, trình tự nhận biết của MspI, độ dài đoạn cắt và các dạng alen có thể xuất hiện được trình bày ở bảng 3.4.
Bảng 3.4. Điểm cắt của MspI ở đoạn gen Lpin1
Alen Số điểm cắt Độ dài đoạn cắt (bp) Sản phẩm
cắt
T 0 316
C 1 256/60
Sơ đồ vị trí cắt của MspI trên đoạn gen Lpin1
316 bp Alen T CTGG
60 bp MspI 256 bp Alen C CCGG
Đoạn gen Lpin1 chứa trình tự nhận biết của enzyme MspI ở vị trí
(C CGG). Khi MspI cắt tại vị trí trên sẽ tạo ra hai đoạn DNA có kích thước phân tử tương ứng là 256 bp và 60 bp tạo thành alen C. Trường hợp trình tự base tại vị trí trên thay đổi (đột biến) thì đoạn DNA không bị cắt nên sản phẩm cắt là đoạn gen có kích thước 316 bp tạo thành alen T. Như vậy với 2 dạng alen T và C sẽ có 3 kiểu gen của Lpin1: TT, TC, CC.
Sản phẩm PCR nhân đoạn gen Lpin1 được cắt bởi enzyme MspI. Kết quả điện di kiểm tra kiểu gen thể hiện ở hình 3.6.
Hình 3.6. Điện di đồ sản phẩm cắt đoạn gen Lpin1 bằng enzyme MspI
M: Chỉ thị DNA 100 bp, 1-8 sẳn phẩm cắt đoạn gen Lpin1. Trong đó: giếng 1, 2 kiểu gen TT; giếng 3, 5, 7, 8 kiểu gen TC; 4, 6 kiểu gen CC.
Các kiểu gen đã được phân tích thể hiện ở các đoạn DNA có kích thước khác nhau, các mẫu phân tích RFLP mang cả 2 dạng alen, tức là điểm cắt
MspI có tính đa hình. Kết quả điện di rõ ràng và có kích thước phù hợp với tính toán lý thuyết: Kênh 1, 2 có kiểu gen TT, do enzyme MspI không cắt alen nên đoạn gen có độ dài 316 bp; Kênh 3, 5, 7, 8 có kiểu gen TC do enzyme cắt tại một vị trí nên kiểu gen này có các đoạn như sau: 316 bp, 256 bp và 60 bp. Kênh 4, 6 có kiểu gen CC do enzyme cắt tại một vị trí cho ra các đoạn DNA: 256 bp và 60 bp. Kết quả nghiên cứu của chúng tôi được thể hiện ở bảng 3.5.
Bảng 3.5. Tần số alen và tần số kiểu gen Lpin1
Giống Tổng số mẫu Tỷ lệ kiểu gen TT TC CC
mẫu % mẫu % mẫu %
Móng cái 97 0 0 15 15,5 72 74,5 M 1 2 3 4 5 6 7 8 500bp 256bp 316bp 60bp
Dựa vào bảng số liệu; kiểu gen TT, TC, CC đều xuất hiện ở Yorshire với tần số tương ứng là: 5,7%; 45,3%; 49% và ở lợn Móng Cái chỉ xuất hiện kiểu gen TC và CC với tần số tương ứng là: 15,5% và 17,5%. Như vậy kiểu gen Lpin1 ở lợn Yorshire là đa hình hơn lợn Móng Cái.
Kết quả này cũng tương tự như kết quả nghiên cứu của Zhao và cs (3/2008) [56], nghiên cứu trên 162 con lợn: Tong Cheng (42), Large White (25) và con lai Large White * (Landrace * Tong Cheng) (47), Landrace* (Large White * Tong Cheng) (48). Theo kết quả nghiên cứu thì kiểu gen CC có hàm lượng mỡ lá và mỡ giắt thấp hơn so với hàm lượng mỡ lá và mỡ giắt của lợn có kiểu gen TT, TC.
Đồ thị tần số kiểu gen Lpin1 của lợn Móng Cái (MC) và Yorshire (Y) 0 10 20 30 40 50 60 70 80 TT TC CC Kiểu gen tỉ l ệ p h ần t răm MC Y
KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ