Thiếu tổ chức Cơng đồn cơ sở tại các doanh nghiệp nói chung và doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngồi nói riêng. Hiện nay, số lượng cán bộ Cơng đồn cơ sở cịn rất ít do khơng thể phát hiện và kết luận người sử dụng lao động cản trở việc thành lập Cơng đồn cơ sở. Theo báo cáo của Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam, đến tháng 6/2009 cả nước có 670 Liên đồn lao động cấp quận, huyện; 436 cơng đồn ngành địa phương, thành lập được 97.306 Cơng đồn cơ sở. Hiện nay, "cả nước khoảng 80% doanh nghiệp dân doanh, 60% doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngồi chưa có tổ chức cơng đồn" [16]. Năm 2008 và 6 tháng đầu năm 2009, cả nước kết nạp được 797.150 đồn viên, thành lập mới 6.392 Cơng đồn cơ sở, trong đó có 316 tổ chức cơng đồn trong doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài và 1.139 tổ chức cơng đồn trong doanh nghiệp tư nhân và công ty trách nhiệm hữu hạn.
Tại Thanh Hóa hiện nay có 42 doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngồi, mới có 7% doanh nghiệp đã thành lập được cơng đồn cơ sở, cịn 93% doanh nghiệp chưa có tổ chức cơng đồn.
Cán bộ cơng đồn của doanh nghiệp đa số được người lao động bỏ phiếu bầu ra tại Đại hội Ban chấp hành Cơng đồn cơ sở. Tuy nhiên, người lao động
chưa quan tâm đến việc bầu Ban chấp hành Cơng đồn cơ sở vì họ cho rằng Cơng đồn cơ sở khơng đại diện được cho người lao động do họ nhận lương, thưởng, phụ cấp làm quản lý kiêm nhiệm của người sử dụng lao động nên người lao động không muốn bầu ra Ban chấp hành Cơng đồn cơ sở. Hơn nữa, Cơng đồn cơ sở tại doanh nghiệp có sử dụng trên 500 lao động mới có 1 cán bộ cơng đoàn chuyên trách nên tổ chức hoạt động cơng đồn rất khó khăn. Đối với trường hợp cán bộ công đồn do cơng đồn cấp trên cử xuống thì việc cử đại diện này cũng ngồi ý chí lựa chọn người đại diện của người lao động. Do vậy chất lượng cán bộ Cơng đồn cơ sở khơng do người lao động quyết định và năng lực của lãnh đạo cơng đồn khơng được quan tâm cải thiện. Tóm lại, Cơng đồn cơ sở muốn đại diện được thì ít nhất cán bộ Cơng đồn cơ sở phải do người lao động trực tiếp bầu ra và trả lương. Chính sách trả lương cho cán bộ Công đồn cơ sở phải đảm bảo tính khuyến khích cho Cơng đồn cơ sở hoạt động.
Mặt khác, cơng đồn quá phụ thuộc vào tài chính từ phía người sử dụng lao động. Đây là động cơ để người lao động chọn đình cơng ngay khi tranh chấp xảy ra và trước thương lượng tập thể nhằm bảo vệ mình khơng thông qua tổ chức đại diện là Cơng đồn cơ sở. Hơn nữa, Nhà nước can thiệp xử lý đình công đem đến kết quả giải quyết nhanh hơn, lợi ích người lao động dễ đạt kết quả hơn là chờ đợi Cơng đồn cơ sở đại diện thương lượng nên người lao động ngày càng có xu hướng đình cơng bất cứ lúc nào họ thích. Kết quả khảo sát 10.000 cơng nhân lao động tại các loại hình doanh nghiệp của Liên đồn Lao động tỉnh Thanh Hóa năm 2009 cho thấy, đa số người lao động khơng biết về qui trình giải quyết tranh chấp lao động và đình cơng mặc dù họ đã được doanh nghiệp phổ biến Bộ luật Lao động. Qua đó cho thấy, người lao động không quan tâm đến việc tuân thủ pháp luật lao động về đình cơng. Tóm tại, cách giải quyết này tạo tâm lý ỷ lại cho người lao động vào cơ quan quản lý nhà nước về giải quyết tranh chấp lao động và đình cơng, gây khó khăn cho Cơng đoàn cơ sở thực hiện quyền đại diện.