Với diện tích 22.200ha thuộc 15 xã, 4 huyện, 3 tỉnh do vậy phạm vi quản lý của vườn rất rộng trong khi lực lượng quản lý rất phân tán. Mặt khác địa hình của Cúc Phương chủ yếu là địa hình núi đá vơi, hiểm trở, khó khăn và nguy hiểm đã gây khơng ít khó khăn trong cơng tổ chức quản lý, bảo vệ, cơng tác phịng cháy chữa cháy rừng.
VQG Cúc Phương có diện tích 22.200ha, trải dài trên địa bàn 3 tỉnh Ninh Bình, Hịa Bình, Thanh Hóa. Để bảo vệ diện tích rừng rộng lớn này, VQG đã thành lập 13 trạm kiểm lâm, 2 đội cơ động tuần tra xuyên rừng. Đặc biệt, khu vực tiếp giáp với đường Hồ Chí Minh được xem là điểm nóng nên lực lượng kiểm lâm túc trực 24/24 giờ, khơng cho các đối tượng xấu có cơ hội vào rừng chặt phá, săn bắn. Cụ thể, ở thơn Biện, xã Thạch Lâm (Thạch Thành – Thanh Hóa) được bố trí một trạm kiểm lâm (số 10) và một đội cơ động với tổng quân số 14 người. Bên cạnh đó, Ban lãnh đạo VQG Cúc Phương còn phối hợp, động viên UBND xã Thạch Lâm thành lập ban chỉ đạo thực hiện kế hoạch bảo vệ và phát triển rừng gồm 22 thành viên, do ông Lê Huy Dương, Chủ tịch UBND xã Thạch Lâm làm trưởng ban. Ban chỉ đạo đã thực hiện kế hoạch bảo vệ và phát triển rừng, nhờ các già làng, trưởng thôn, công an viên đẩy mạnh công tác tuyên truyền đến các thôn bản, giúp bà con hiểu rõ và yêu rừng hơn.
Từ hoạt động thực tế trong những năm qua, nhìn nhận bối cảnh chung của ngành và cả nước, đặc biệt là ứng phó với biến đổi khí hậu và nhu cầu địi hỏi cung cấp tài nguyên từ rừng, công tác quản lý bảo vệ rừng phải đối mặt với một số thách thức. Những yêu cầu về phát triển kinh tế, xã hội, hội nhập quốc tế ngày càng được đẩy mạnh và mở rộng. Nhiều vấn đề pháp lý và mối quan hệ dân sự phức tạp trong xã hội phát sinh có liên quan đến ngành lâm nghiệp và công tác quản lý bảo vệ rừng cần được giải quyết, đặc biệt là các tranh chấp quốc tế; đòi hỏi nguồn nhân lực của lực lượng kiểm lâm phải được đào tạo nâng cao nghiệp vụ trong thời gian ngắn, trong khi hiện nay công tác đào tạo đối với kiểm lâm còn nhiều hạn chế. Công tác tuyên truyền chưa thực hiện tốt nên xã hội chưa nhìn nhận một cách đầy đủ, khách quan và công bằng đối với lực lượng kiểm lâm như giao thẩm quyền cho lực lượng kiểm lâm
chưa tương xứng để thực thi nhiệm vụ phức tạp, nguy hiểm khơng khác gì đối với lực lượng vũ trang.