VQG Cúc Phương là nơi có nhiều các hang động danh thắng và khảo cổ, trong phạm vi 30km chiều dài, chiều rộng khoảng 8-10km, thuộc địa phận của 3 tỉnh Nình Bình, Hịa Bình, Thanh Hóa. Nhưng chỉ một số ít trong đó được người xưa chọn làm nơi cư trú. Có 4 hang động có dấu tích liên quan là hang Con Moong, hang Mộc Long 1, Mộc Long 2, hang Lai và động Người Xưa. Các di chỉ trong khu vực VQG Cúc Phương đều có địa hình hiểm trở, nằm sâu trong rừng. Do đó, cơng việc khai quật gặp nhiều khó khăn.
Từ năm 2009 – năm 2014 có thêm các đợt khai quật thẩm định được tiến hành. Đợt khai quật gần nhất là năm 2009 kết thúc vào tháng 11/2014 chỉ tiến hành ở khu vực hang Con Moong. Thành tựu nghiên cứu trước đây đã phát hiện, khẳng định sự tồn tại của con người cổ ở khu vực này. Thực hiện chương trình hợp tác giữa Viện khảo cổ học, Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam với Viện khảo cổ học - Dân tộc học Novosibirsk, Viện Hàn lâm Khoa học Nga, từ năm 2010 đến nay hang Con Moong và các hang lân cận tiếp tục được thám sát, khai quật khảo cổ học. Đến tháng 11/2013, đoàn hợp tác khoa học giữa Viện Khảo cổ học Việt Nam và Viện Khảo cổ học - Dân tộc Novosibirsk đã hoàn thành khai quật hố 14m2 tại hang Con Moong.
Tuy nhiên, một số hang động khác trong khoảng 10 năm trở lại đây vẫn chưa được tiến hành khai quật và thẩm định. Di tích động vật hóa thạch -
hang Lý Chùn (Viện Khảo cổ học phát hiện năm 1988) cần khai quật, nghiên cứu xác định niên đại và đưa vào kế hoạch bảo vệ lâu dài. Di tích hang động
người tiền sử - hang Con Moong (phát hiện năm 1974, khai quật năm 1976 với 30m2, khai quật lần 2 vào tháng 7,8/2008). Các di cốt mới phát hiện của lần khai quật thứ 2 vẫn cịn để tại hiện trường, do đó việc nghiên cứu bị hạn chế rất nhiều; động Người Xưa (1966 khai quật tồn bộ diện tích hang ngồi khoảng 50m2,1969); hang Lai (phát hiện năm 1976,6/2008 thám sát);…