Thứ nhất, chính sách thuế quan chưa thực sự là động lực nâng cao năng lực cạnh tranh của các ngành hàng.
Không những không tạo ra nhiều công ăn việc làm, chính sách thuế quan bảo hộ các ngành thay thế nhập khẩu cũng chưa thể hiện vai trò nổi bật trong nâng cao năng cạnh tranh của một số ngành hàng. Chất lượng tăng trưởng và hiệu quả sản xuất kinh doanh vẫn còn hạn chế, sức cạnh tranh của hàng hoá dịch vụ thấp, trong khi phải mở cửa theo lộ trình đã cam kết làm cho cán cân thương mại mất cân đối, nhập siêu cao. Nhập siêu năm 2007 ở mức 12,4 tỷ USD, bằng 25,7% giá trị xuất khẩu hàng hóa và gấp gần 2,5 lần mức nhập siêu của năm trước. Giá trị hàng hóa nhập khẩu năm 2007 ước tính đạt
60,8 tỷ USD, tăng 35,5% so với năm trước, trong đó khu vực kinh tế trong nước đạt
31% 21. Tính riêng năm 2007 và hơn nữa đầu năm 2008, nhập siêu đã chiếm 20%
GDP. Các tháng cuối năm 2008, tăng trưởng xuất khẩu được dự báo là sẽ chậm lại do chịu tác động từ cuộc khủng hoảng tài chính Mỹ khiến nỗi lo nhập siêu càng thêm nặng trĩu.
Hiện nay, nước ta chưa có các loại thuế phù hợp, các hình phạt thích đáng nhằm để bảo
vệ thị trường nội địa và đảm bảo cạnh tranh cơng bằng chống các hình thức gian lận
thương mại. Dẫn chứng gần đây nhất là mặt hàng đường và trứng gà Trung Quốc tràn
ngập thị trường Việt Nam, gây điêu đứng các nhà sản xuất trong nước mà chúng ta
chưa có biện pháp hữu hiệu để ngăn chặn.
Thứ hai, chính sách thuế quan để bảo hộ các ngành hàng chưa thực sự hiệu quả.
Mức bảo hộ thực tế nói chung và thuế quan (danh nghĩa) nói riêng cho đến nay vẫn cịn
q chênh lệch (với nhiều dòng thuế đỉnh) giữa các ngành hàng là một trong nhiều
nguyên nhân khiến một lượng vốn tương đối lớn được đầu tư vào các ngành hàng mà Việt Nam khơng có hoặc ít có lợi thế so sánh, do đó dẫn đến nguồn vốn được phân bổ kém hiệu quả. Chẳng hạn, năm 2007, trong tổng nguồn vốn đầu tư nước ngoài đã thực
hiện ở Việt Nam (khoảng hơn 20,3 tỷ USD, tăng 69,3% so với năm 2006 và vượt
56,3% kế hoạch cả năm), đầu tư vào các ngành công nghiệp nặng và khai khoáng
chiếm tỷ trọng lớn nhất, tương ứng 24,3% và 17,7%; trong khi đó, các ngành cơng
nghiệp nhẹ, cơng nghiệp chế biến, khu vực nông nghiệp, nơi sử dụng nhiều lao động và ít thâm hụt vốn, chỉ thu hút tương ứng 11,2%, 7,3% và 6,4% tổng lượng vốn thực hiện
22. Như vậy, chính sách bảo hộ ngành, nhất là thuế quan chưa hiệu quả xét trên mục
tiêu tạo ra nhiều việc làm, thâm dụng nhiều vốn trong bối cảnh Việt Nam còn thiếu vốn
đầu tư.
Hơn nữa, việc hệ thống thuế quan còn khá phức tạp, số lượng thuế quan còn nhiều và
độ phân tán giữa các mức thuế quan còn khá cao là mảnh đất màu mỡ “dung dưỡng”