+ Chính phủ cần thiết bổ sung vào Luật Hải quan: một loại hình KTSTQ mới là Kiểm tra hệ thống tuân thủ của doanh nghiệp . Đây là một hình thức KTSTQ thực hiện chức năng thẩm định tính tuân thủ pháp luật Hải quan của doanh nghiệp
theo chuẩn mực 6.10- Công ước Kyoto, và được thực hiện trước khi cấp giấy phép doanh nghiệp ưu tiên. Ngồi ra, Chính phủ cần quy định rõ về quyền ưu tiên cho những doanh nghiệp tuân thủ tốt luật pháp như: ưu tiên thông quan trước khi hàng
+Tổ chức hiệu quả hệ thống truyền thông và hỗ trợ cộng đồng doanh nghiệp từ cấp Tổng cục đến cấp Cục Hải quan địa phương (bộ phận hợp tác Hải quan –
doanh nghiệp), giúp cộng đồng doanh nghiệp hiểu rõ và hỗ trợ tích cực cho hoạt
động KTSTQ, nhất là về lĩnh vực thông tin thương mại.
+Căn cứ trên các quy định hiện hành, TCHQ nên chuẩn hóa các bước cơng việc của hoạt động KTSTQ, yêu cầu chuẩn về cơ sở vật chất như: hệ thống máy tính làm việc cho kiểm tốn viên Hải quan phải phù hợp với các chương trình khai thác thông tin Hải quan tại các Hải quan địa phương, các chuẩn mực trong trao đổi thông tin và hợp tác trong nội bộ như : thời gian trả lời văn bản, chất lượng thông tin cung cấp cho KTSTQ.
+Trong điều kiện tiến hành kiểm tra trên cơ sở kiểm toán sổ sách doanh
nghiệp, kiểm tốn viên Hải quan ln phải đối mặt với những rủi ro tiềm tàng khách quan của nghề nghiệp, dẫn đến kết quả thất thu thuế hoặc tổn thất cho doanh nghiệp. Vì vậy, để giúp họ tự tin trong quá trình tác nghiệp, Luật Hải quan cần bổ sung quy
định bảo vệ kiểm toán viên trong những trường hợp xảy ra rủi ro do yếu tố khách
quan. Ví dụ: trong q trình KTSTQ, kiểm tốn viên khơng phát hiện một chứng từ giả (hóa đơn thanh tốn hay chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa) trong những bộ hồ sơ kế toán lưu tại doanh nghiệp, và chứng từ này có liên quan đến thất thu thuế. Đối với rủi ro khách quan này, Luật Hải quan phải quy định miễn trách nhiệm
đền bù vật chất đối với nhân viên kiểm toán Hải quan nếu họ khơng vi phạm đạo đức nghề nghiệp, và có đủ cơ sở khách quan như: hạn chế về trình độ nhận biết
chứng từ giả, khối lượng chứng từ kiểm tra quá lớn, hạn chế về điều kiện làm việc tại trụ sở doanh nghiệp gây mất tập trung (tiếng ồn, nhiệt độ quá nóng).