Một hệ thống KSNB hữu hiệu và hiệu quả có thể giúp doanh nghiệp đạt được mục tiêu đề ra. Các mục tiêu chủ yếu của đơn vị theo báo cáo COSO 2013 đề cập là: Hoạt động hữu hiệu và hiệu quả, báo cáo tài chính đáng tin cậy và tuân thủ các luật lệ, quy định.
3.1.1 Nâng cao tính hữu hiệu và hiệu quả của hoạt động
Trong ba mục tiêu theo đề cập của báo cáo COSO 2013 nêu trên thì mục tiêu hoạt động trong đơn vị hữu hiệu và hiệu quả là mục tiêu quan trọng nhất, vì thế việc hoàn thiện hệ thống KSNB tại đơn vị trước hết phải hướng đến mục tiêu này.
Sự hữu hiệu trong hoạt động của đơn vị giúp đơn vị có thể đạt được mục tiêu bán hàng: về doanh số, thị phần và tốc độ tăng trưởng doanh thu, lợi nhuận.
Để đạt được mục tiêu này, công ty cẩn phải đảm bảo sự tương xứng giữa lợi ích đạt được và chi phí bỏ ra trong đó phải nói đến việc xây dựng các chính sách, các thủ tục nhằm kiểm sốt hiệu quả chi phí cũng như nâng cao doanh thu, gia tăng thị phần sao cho phù hợp với đặc điểm, quy mô, lĩnh vực, nguồn nhân lực, ứng dụng công nghệ thông tin của đơn vị.
3.1.2 Nâng cao độ tin cậy của Báo cáo tài chính
Một mục tiêu cũng không kém phần quan trọng trong việc hoàn thiện hệ thống KSNB của đơn vị là báo cáo tài chính đáng tin cậy. Điều này liên quan đến việc tổ chức hệ thống chứng từ, ghi nhận sổ sách kịp thời tuân theo các nguyên tắc được quy định, báo cáo đầy đủ, giúp đơn vị lập và trình bày báo cáo tài chính đáng tin cậy.
3.1.3 Nâng cao việc tuân thủ các luật lệ và quy định
Mục tiêu cuối cùng của việc hoàn thiện hệ thống KSNB của đơn vị là việc tuân thủ các luật lệ, quy định. Điều này liên quan đến việc đơn vị phải xây dựng các chính sách, thủ tục kiểm sốt mọi hoạt động của các thành viên trong Công ty phù hợp với quy định của pháp luật và đặc điểm của đơn vị.