Với sự phát triển không ngừng của ĐTNT về số lượng, hình thức và quy mô hoạt động trong khi số lượng nhân sự và các nguồn lực khác của cơ quan thuế không thể phát triển tương ứng. Từ đó đòi hỏi cơ quan thuế phải đổi mới cơ chế quản lý từ cơ chế quản lý thuế chuyên quản sang cơ chế tự khai tự nộp.
Quản lý thuế theo cơ chế tự kê khai, tự nộp thuế là phương thức quản lý thu thuế tiên tiến, hiện đại đang được hầu hết các nước trên thế giới áp dụng. Theo cơ chế này thì các tổ chức, cá nhận nộp thuế căn cứ vào kết quả sản xuất kinh doanh trong kỳ kê khai của mình và căn cứ vào các quy định của pháp luật về nghĩa vụ thuế tự tính ra số thuế phải nộp ngân sách Nhà nước, từ đó tự kê khai và tự thực hiện nghĩa vụ nộp số thuế đã kê khai vào ngân sách nhà nước theo đúng thời hạn qui định của pháp luật.
Tổ chức, cá nhân nộp thuế chịu trách nhiệm về kết quả của việc tính thuế, kê khai thuế của mình trước pháp luật.
Để hỗ trợ các tổ chức, cá nhận nộp thuế hiểu và nắm vững các quy định của pháp luật thuế từ đó thực hiện tốt nghĩa vụ kê khai nộp thuế, cơ quan thuế phải tăng cường công tác tuyên truyền, phổ biến và giải đáp các vướng mắc về chính sách chế độ thuế mà các tổ chức, cá nhân nộp thuế thường gặp phải trong quá trình kê khai nộp thuế.
Cơ quan thuế không can thiệp vào quá trình kê khai, nộp thuế của tổ chức, cá nhân kinh doanh, nhưng cơ quan thuế sẽ tiến hành thanh tra, kiểm tra và áp dụng các biện pháp xử phạt, cưỡng chế theo luật định đối với những trường hợp có hành vi vi phạm pháp luật về thuế như không kê khai, không nộp thuế, trốn thuế, gian lậu
về thuế... Thanh kiểm tra thuế là chức năng quan trọng nhất trong công tác quản lý thuế theo cơ chế tự khai tự nộp.
1.1.6 Ý nghĩa của công tác thanh kiểm tra thuế
Kiểm tra, thanh tra thuế nhằm giúp công chức thuế thực hiện thống nhất quy trình kiểm tra, thanh tra tại cơ quan thuế.
Kiểm tra, thanh tra thuế nhằm tăng cường công tác quản lý thuế, chống thất thu thuế cho NSNN và kịp thời xử lý vi phạm về thuế.
1.1.7 Các tiêu chí đánh giá hiệu quả hoạt động kiểm tra, thanh tra thuế
1.1.7.1 Hiệu quả công tác thanh tra, kiểm tra thuế
Trong lĩnh vực thuế, hiệu quả của hoạt động kiểm tra, thanh tra thuế không chỉ xét đơn thuần theo giá trị bằng tiền. Hiệu quả của công tác kiểm tra, thanh tra thuế là hiệu quả thực hiện các chính sách thuế, phát huy các tác dụng vốn có của mỗi loại thuế đối với sản xuất và đời sống xã hội, phục vụ công tác quản lý các đối tượng nộp thuế trong quá trình chấp hành pháp luật về thuế trên cơ sở công tác quản lý thuế đạt được hiệu quả là tối đa với chi phí quản lý ở mức tối thiểu. Hiệu quả hoạt động kiểm tra, thanh tra thuế phải được xem xét trên các góc độ hiệu quả kinh tế, hiệu quả xã hội và hiệu quả chính trị.
Hiệu quả kinh tế: Khai thác đầy đủ kịp thời các khoản thu Luật định về thuế vào Ngân sách nhà nước.
Hiệu quả xã hội: Công tác thanh tra, kiểm tra góp phần thực hiện bình đẳng, công bằng xã hội.
Hiệu quả chính trị: Là hiệu quả thực hiện các chủ trương, chính sách kinh tế xã hội của Đảng và Nhà nước. Để đánh giá được hiệu quả của công tác thanh tra, kiểm tra thuế cần phải căn cứ vào hệ thống các tiêu chuẩn, chỉ tiêu đánh giá.
1.1.7.2 . Các tiêu chuẩn đánh giá
Các tiêu chí định lượng: Các tiêu chí định lượng thể hiện ở kết quả thực tế của nghiệp vụ kiểm tra, thanh tra thuế đã được tiến hành. Đó là kết quả cụ thể của việc thực hiện nhiệm vụ được giao hoặc kết quả đem lại của các nghiệp vụ kiểm tra, thanh tra thuế. Các tiêu chí này thường gồm:
- Tình hình thực hiện kế hoạch thanh tra: Tỷ lệ hoàn thành kế hoạch về số đối tượng thanh tra, kiểm tra so với kế hoạch năm; Tỷ lệ hoàn thành về số thời gian so với kế hoạch năm; Tỷ lệ hoàn thành kế hoạch về số vụ việc khiếu tố giải quyết được so với kế hoạch năm...
- Tình hình vi phạm pháp luật thuế đã phát hiện qua kiểm tra, thanh tra: Đánh giá tiêu chí này thường dựa vào các chỉ tiêu như: Tỷ lệ vi phạm pháp luật thuế/Tổng số đối tượng thanh tra, kiểm tra bình quân/thanh tra viên hàng năm; chi phí bằng tiền trực tiếp cho thanh tra, kiểm tra...
- Hiệu quả trực tiếp của kiểm tra, thanh tra : Đánh giá tiêu chí này thường dựa vào các chỉ tiêu như: Chi phí kiểm tra, thanh tra so với số thuế truy thu đã nộp NSNN; Tỷ lệ giữ nguyên, sửa đổi hoặc huỷ bỏ quyết định truy thu thuế theo biên bản thanh tra, kiểm tra thuế khi giải quyết khiếu nại của đối tượng kiểm tra, thanh tra; Tỷ lệ trường hợp đối tượng kiểm tra, thanh tra chấp nhận hoàn toàn kết luận kiểm tra, thanh tra; Tỷ lệ số thuế truy thu được nộp vào NSNN/tổng số thuế truy thu....
- Mặc dù có thể tính toán cụ thể được một số chỉ tiêu đã kể trên, song trên thực tế đa số các chỉ tiêu không thực sự phản ánh rõ hiệu quả kinh tế của công tác kiểm tra, thanh tra. Bên cạnh việc tính toán các chỉ tiêu này trong năm, để đánh giá chính xác hơn tính hiệu quả, cần phải so sánh với các năm trước để đánh giá xu hướng biến động của các chỉ tiêu, có như thế mới thấy rõ những tiến bộ của từng khâu công tác.
Các chỉ tiêu định tính: Các chỉ tiêu định tính thường là hiệu quả của hoạt động kiểm tra, thanh tra mà không thể hoặc khó tính toán, đo đếm được. Đó thường là những hiệu quả có tính xã hội, chính trị như:
- Sự chuyển biến về ý thức tuân thủ pháp luật. Tiêu chí này có thể đo lường được thông qua so sánh tỷ lệ tuân thủ pháp luật thuế của đối tượng kiểm tra, thanh tra thuế qua các năm, đặc biệt là những đối tượng đã được kiểm tra, thanh tra.
- Tác dụng ngăn ngừa hành vi vi phạm pháp luật thuế; tạo sự công bằng giữa các ĐTNT; tạo môi trường cạnh tranh lành mạnh. Có thể đánh giá tác dụng này thông qua xem xét tỷ lệ đối tượng vi phạm bị xử lý truy thu thuế và xử phạt hành chính thuế.
- Tác dụng phòng chống tham nhũng trong nội bộ cơ quan thuế và tạo lòng tin của ĐTNT vào hoạt động thanh tra, kiểm tra. Có thể đánh giá qua chỉ tiêu: Tỷ lệ cán bộ thuế vi phạm pháp luật trong thanh tra, kiểm tra; tỷ lệ cán bộ thuế vi phạm pháp luật bị xử lý (chia theo hình thức); những vụ việc vi phạm quan trọng và nhạy cảm được phát hiện và xử lý... Hệ thống tiêu chí đánh giá hiệu quả hoạt động kiểm tra, thanh tra được đánh giá theo kỳ (quý, năm) và được chia theo nhiều sắc thuế; theo hình thức thanh tra; theo loại đối tượng nộp thuế và từng nội dung thanh tra, kiểm tra tương ứng.