a. Kiểm tra thuế là hoạt động xem xét tình hình thực tế, đánh giá của cơ quan nhà nước có thẩm quyền đối với các cơ quan, tổ chức và cá nhân chịu sự quản lý trong việc thực hiện pháp luật về thuế, phí và lệ phí (gọi chung là thuế) để có thể nhận xét đánh giá ưu nhược điểm nhằm nâng cao hiệu lực của thuế hơn nữa.
Mức độ thấp hơn thanh tra: Kiểm tra với thời gian ngắn, kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế. Thời gian tiến hành ngắn thường là 5 ngày.
Nội dung và phương pháp đơn giản: Kiểm tra tờ khai thuế tháng, quý, năm theo phương pháp thủ công ví dụ như so sánh, đối chiếu dữ liệu trên tờ khai thuế với dữ liệu trên hệ thống máy tính của cơ quan thuế, kiểm tra tính pháp lý của hồ sơ khai thuế, đối chiếu số liệu giữa các trang của từng tờ khai và giữa các tờ khai khác nhau,... Phạm vi hẹp, thực hiện kiểm tra theo chuyên đề đã có kế hoạch lập ra sẵn. Kiểm tra những vấn đề hiện tại, dễ nhận biết mà không cần đòi hỏi các biện pháp nghiệp vụ để xác minh tài liệu, chứng cứ mà vẫn có những kết luận, đánh giá đúng đắn, chính xác. Trong quá trình kiểm tra nếu phát hiện có dấu hiệu vi phạm nghiêm trọng thì phải kiến nghị tổ chức thanh tra.
Phần kết thúc phải có nhận xét, đánh giá rút kinh nghiệm.
Phải có thưởng phạt nghiêm minh, những trường hợp vi phạm pháp lệnh thuế đến mức độ phải xử lý thì kiến nghị với cơ quan thẩm quyền, nếu nghiêm trọng thì kiến nghị tổ chức thanh tra.
b. Thanh tra thuế là hoạt động kiểm tra của cơ quan nhà nước có thẩm quyền, là hoạt động kiểm soát thực tế đối với các cơ quan, tổ chức và cá nhân chịu sự quản lý trong việc thực hiện pháp luật về thuế nhằm kết luận đúng, sai, đánh giá ưu điểm khuyết điểm, góp phần hoàn thiện cơ chế quản lý thuế, phòng ngừa và xử lý các vi phạm pháp luật thuế.
Mức độ cao hơn kiểm tra: Thanh tra từng năm, thanh tra từng sắc thuế hoặc thanh tra toàn diện ĐTNT.
Nội dung và phạm vi rộng hơn: Thanh tra những vấn đề phức tạp, các hành vi thuộc về quá khứ gây nên những nhận định không giống nhau, thanh tra nhiều năm, tất cã các sắc thuế.
Thời gian dài hơn kiểm tra: 30 ngày.
Nội dung và phương pháp phức tạp hơn: Ví dụ phương pháp phân tích, so sánh, thu thập và đối chiếu chéo thông tin từ nhiều nguồn khác nhau như hải quan, bộ thương mại, nhà cung cấp lớn của ĐTNT.
Ngoài kết luận thanh tra, đoàn thanh tra còn có thể kiến nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền biện pháp khắc phục những sơ hở trong cơ chế quản lý, chính sách, pháp luật.