Điện di là kỹ thuật được sử dụng trong thí nghiệm để phân tích các đại phân tử tích điện, phát hiện phân tử DNA nguyên vẹn, DNA bị cắt hạn chế và DNA của sản phẩm PCR.
Trong một điện trường, các phân tử tích điện thuộc pha lỏng sẽ di chuyển về các cực. Vận tốc di chuyển của các phân tử tuỳ thuộc vào tỷ lệ giữa điện tích và khối lượng của chính các phân tử này. Như vậy giữa các phân tử có cùng điện tích, phân tử nào có khối lượng lớn hơn sẽ di chuyển về cực ngược dấu chậm hơn.
Acid Nucleic nói chung là một phân tử tích điện âm vì vậy chúng có thể dịch chuyển qua bảng gel từ cực âm (cathode) sang cực dương (anode) dưới tác dụng của điện trường. Kích thước phân tử càng lớn thì sự di chuyển trên gel càng chậm. Vì vậy tuỳ theo kích thước phân tử và tuỳ theo mức độ cần phân tách mà người ta chọn loại gel và nồng độ gel thích hợp để dùng trong điện di [2].
Có hai loại gel thường dùng trong điện di là:
Gel agarose: Thích hợp trong phân tích các DNA sợi đôi, kích thước 300 – 10000 cặp base. Ở các nồng độ agarose khác nhau cho phép tăng hiệu quả phân tách các nhóm phân tử có kích thước khác nhau.
Gel polyacrylamide: Thích hợp để phân tách những đoạn DNA sợi đơn có kích thước dưới 500bp. Với gel polyacrylamide người ta có thể phân tách hai phân tử DNA chỉ sai khác nhau 1 nucleotide.
Sau khi phân tích bằng điện di, để phát hiện phân tử DNA, người ta dùng phương pháp hiện hình. Đối với gel agarose, người ta nhuộm bằng Ethidium bromide (C21H20BrN3). Ethidium bromide có khả năng gắn xen vào giữa các nucleotide của các phân tử DNA. Do đó các phân tử DNA sẽ gắn kết với Ethidium bromide và phát huỳnh quang khi được kích thích bằng tia tử ngoại. Dựa vào vị trí các vệt huỳnh quang này người ta biết vị trí các đoạn DNA trên gel. Đối với gel polyacrylamid, các phân tử thường được đánh dấu bằng đồng vị phóng xạ và vị trí của chúng sẽ được phát hiện bằng kỹ thuật phóng xạ tự ghi hay bằng các đầu đọc tử ngoại chuyên biệt.
Dựa vào kích thước đã biết của các phân tử trên thang chuẩn và dựa vào sự so sánh vị trí của các phân tử trên gel với thang chuẩn để xác định kích thước các phân tử cần kiểm tra [2].
CHƯƠNG II
ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU