Phần lớn những tính trạng chống chịu với điều kiện bất lợi do mơi trƣờng là tính trạng di truyền số lƣợng. Tính trạng số lƣợng đƣợc định nghĩa một cách kinh điển là tính trạng có phân bố liên tục (continuous distribution), tính trạng này đƣợc điều khiển bởi nhiều gen, mỗi gen có một ảnh hƣởng nhỏ đối với tính trạng mục tiêu [20].
Đã có khá nhiều các cơng trình nghiên cứu sự di truyền của tính chống chịu mặn. Theo Mishra và ctv, 1998: Tính trạng chống chịu mặn là một tính trạng di
truyền đa gen, khơng có ảnh hƣởng của cây mẹ (khơng phải là các gen trong tế bào chất)
Rất nhiều nghiên cứu cho rằng, yếu tố di truyền tính chống chịu mặn biến động rất khác nhau giữa các giống lúa. Vì vậy, muốn chọn giống lúa chống chịu mặn có hiệu quả, cần nghiên cứu sâu về cơ chế di truyền tính chống chịu mặn, từ đó loại bỏ ở ngay từ những thế hệ đầu, những dịng khơng đáp ứng đƣợc u cầu của ngƣời chọn giống. Nghiên cứu di truyền số lƣợng tính chống chịu mặn cho thấy, cả hai ảnh hƣởng hoạt động của gen cộng tính và gen khơng cộng tính đều có ý nghĩa trong di truyền tính chống chịu mặn ( Gregorio và Senadrina,1993; Lee, 1995).
Teng và cs 1994 [63] bằng những thí nghiệm đánh giá tính chống chịu mặn tại giai đoạn mạ của cây lúa trong dung dịch dinh dƣỡng Yoshida có độ mặn tƣơng
đối cao (EC= 12 dSm-1) trong môi trƣờng kiểm soát đƣợc các yếu tố ngoại cảnh;
cho thấy tính trạng chiều dài chồi, hàm lƣợng Na và K ở trong chồi, khối lƣợng khô của chồi và rễ thể hiện sự khác biệt có ý nghĩa thống kê giữa giống chống chịu và giống nhiễm, tính trạng này chủ yếu đƣợc điều khiển do hoạt động của nhóm gen cộng tính. Hệ số di truyền tính chống chịu thơng qua các tính trạng này rất thấp.
Do ảnh hƣởng rất lớn của mơi trƣờng bên ngồi, sự thể hiện di truyền là rất thấp trong các tính trạng. Phƣơng pháp chọn giống chống chịu mặn có thể dùng phƣơng pháp trồng dồn có cải tiến hoặc có thể dùng phƣơng pháp phân hạt đơn (single seed descent) sẽ là thích hợp trong chọn giống chịu mặn. Bằng phƣơng pháp lai diallel đầy đủ Gregorio cad Senadhina (1993) cho rằng, có thể tìm ra một số cặp lai tốt phục vụ cho chƣơng trình ƣu thế lai. Nghiên cứu về di truyền số lƣợng tính chống chịu mặn thông qua lai diallel 6 x 6, năng suất thể hiện hoạt động của nhóm gen cộng tính khơng có ý nghĩa trong điều kiện bình thƣờng, nhƣng trở nên có ý nghĩa trong điều kiện xử lý mặn. Trong một số giống lúa, ƣu thế hoạt động của gen cộng tính đối với năng suất là điều kiện thuận lợi cho chọn lọc giống trong môi trƣờng mặn
Trong phân tích di truyền số lƣợng thông qua lai diallel 9 x 9, tính chống
chịu mặn đƣợc xem xét qua hàm lƣợng Na+
, K+ và tỷ lệ Na+/K+ và điểm chống chịu mặn cho thấy, tính trạng này đƣợc kiểm sốt bởi hoạt động của cả hai nhóm gen khơng cộng tính và cộng tính. Hai nhóm gen này khơng đối xứng, kiểm sốt tính
trạng chống chịu mặn và tỷ lệ Na+/K+. Riêng tính trạng thể hiện khả năng hấp thu
K+ đƣợc kiểm soát bằng gen đối xứng. Nghiên cứu của Gregorio và Senadhira
(1993) cịn cho thấy, tính trạng tỷ lệ Na+
/K+ thấp cịn thể hiện ảnh hƣởng siêu trội và đƣợc điều khiển bởi ít nhất hai nhóm gen trội, ảnh hƣởng của mơi trƣờng rất có ý nghĩa và hệ số di truyền thấp (19,18%). Từ đó, các tác giả đề nghị quần thể con lai phải thật lớn, và việc tuyển chọn nên đƣợc thực hiện ở các thế hệ sau cùng, trong điều kiện mặn đƣợc kiểm soát chặt chẽ và giảm thiểu thấp nhất ảnh hƣởng biến động của môi trƣờng.
Nghiên cứu về các thông số di truyền Mishra và ctv. (1996) cho thấy, chiều dài bông và khối lƣợng 1000 hạt chịu tác động rất ít bởi các yếu tố mơi trƣờng, nếu nhƣ chọn giống chống chịu mặn dựa vào hai tính trạng này là khơng có hiệu quả. Khối lƣợng bông, số hạt chắc trên bông, chiều cao cây có hệ số path rất cao trong mơi trƣờng mặn. Chính ba tính trạng này đóng góp phần lớn trong việc tăng năng suất lúa trong môi trƣờng mặn, nhất là khối lƣợng bông và số hạt chắc trên bông. Narayanan và ctv. (1990) cho rằng, số hạt chắc trên bơng, chiều dài bơng là tính trạng chính đóng góp vào năng suất của các giống lúa trong những vùng đất bị nhiễm mặn.