STT Mã số gen ctxA trong ngân
hàng gen (gene bank) Tên chủng
1 AY376267 Vibrio cholerae strain B
2 DQ523223 Vibrio cholerae O1 strain R001 3 HM587310 Vibrio cholerae O139 strain TV258
4 AY376268 Vibrio cholerae strain F
gi|39612499|gb|AY376268.1| TGGGCAGATTCTAGACCTCCTGATGAAATAAAGCAGTCAGGTGGTCTTATGCCAAGAGGA gi|67255432|gb| DQ523223| TGGGCAGATTCTAGACCTCCTGATGAAATAAAGCAGTCAGGTGGTCTTATGCCAAGAGGA gi|51855461|gb| HM587310| TGGGCAGATTCTAGACCTCCTGATGAAATAAAGCAGTCAGGTGGTCTTATGCCAAGAGGA gi|39577446|gb|AY376267.1| CGGGCAGATTCTAGACCTCCTGATGAAATAAAGCAGTCAGGTGGTCTTATGCCAAGAGGA *********************************************************** gi|39612499|gb|AY376268.1| CAGAGTGAGTACTTTGACCGAGGTACTCAAATGAATATCAACCTTTATGATCATGCAAGA gi|67255432|gb| DQ523223 | CAGAGTGAGTACTTTGACCGAGGTACTCAAATGAATATCAACCTTTATGATCATGCAAGA gi|51855461|gb| HM587310 | CAGAGTGAGTACTTTGACCGAGGTACTCAAATGAATATCAACCTTTATGATCATGCAAGA gi|39577446|gb|AY376267.1| CAGAGTGAGTACTTTGACCGAGGTACTCAAATGAATATCAACCTTTATGATCATGCAAGA ************************************************************
gi|39612499|gb|AY376268.1| GATAGATATTACAGTAACTTAGATATTGCTCCAGCAGCAGATGGTTATGGATTGGCAGGT gi|67255432|gb| DQ523223 | GATAGATATTACAGTAACTTAGATATTGCTCCAGCAGCAGATGGTTATGGATTGGCAGGT gi|51855461|gb| HM587310 | GATAGATATTACAGTAACTTAGATATTGCTCCAGCAGCAGATGGTTATGGATTGGCAGGT gi|39577446|gb|AY376267.1| GATAGATATTACAGTAACTTAGATATTGCTCCAGCAGCAGATGGTTATGGATTGGCAGGT ************************************************************ gi|39612499|gb|AY376268.1| TTCCCTCCGGAGCATAGAGCTTGGAGGGAAGAGCCGTGGATTCATCATGCACCGCCGGGT gi|67255432|gb| DQ523223 | TTCCCTCCGGAGCATAGAGCTTGGAGGGAAGAGCCGTGGATTCATCATGCACCGCCGGGT gi|51855461|gb| HM587310 | TTCCCTCCGGAGCATAGAGCTTGGAGGGAAGAGCCGTGGATTCATCATGCACCGCCGGGT gi|39577446|gb|AY376267.1| TTCCCTCCGGAGCATAGAGCTTGGAGGGAAGAGCCGTGGATTCATCATGCACCGCCGGGT ************************************************************ gi|39612499|gb|AY376268.1| TGTGGGAATGCTCCAAGATCATCG gi|67255432|gb| DQ523223 | TGTGGGAATGCTCCAAGATCATCG gi|51855461|gb| HM587310 | TGTGGGAATGCTCCAAGATCATCG gi|39577446|gb|AY376267.1| TGTGGGAATGCTCCAAGATCATCG ************************
Hình 3.3. Kết quả so sánh trình tự nucleotide (đầu 5’ và 3’) của
4 gen mã hóa cholera toxin có nguồn gốc từ V. cholerae [68]
Dựa vào kết quả so sánh trình tự nucleotide của 4 gen mã hóa các cholera toxin có nguồn gốc từ V. cholerae (Hình 3.3) chúng tơi nhận thấy có sự sai khác ở trình tự
nucleotide 1 ở đầu 5’ khơng có sự khác nhau ở đầu 3’, tuy nhiên sự khác nhau này chỉ xảy ra giữa chủng Vibrio cholerae strain B (AY376267) với 3 cholera toxin còn lại, ba chủng cịn lại khơng có sự sai khác ở đầu C và đầu N nên có thể sử dụng trình tự ADN mã hóa
cho một trong 3 cholera toxin này để thiết kế mồi khuếch đại gen ctxA.
Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng gen ctxA của V. cholerae strain F được
đăng ký trên Genbank mã số AY376268 đã được phân tích kĩ [68] và dịch mã trong hệ
biểu hiện của V. cholerae để thiết kế mồi. Trình tự gen này được thể hiện trong hình 3.4.
ORIGIN
1 CGGGCAGATT CTAGACCTCC TGATGAAATA AAGCAGTCAG GTGGTCTTAT GCCAAGAGGA 61 CAGAGTGAGT ACTTTGACCG AGGTACTCAA ATGAATATCA ACCTTTATGA TCATGCAAGA 121 GGAACTCAGA CGGGATTTGT TAGGCACGAT GATGGATATG TTTCCACCTC AATTAGTTTG 181 AGAAGTGCCC ACTTAGTGGG TCAAACTATA TTGTCTGGKC ATTCTACTTA TTATATATAT 241 GTTATAGCCA CTGCACCCAA CATGTTTAAC GTTAATGATG TATTAGGGGC ATACAGTCCT 301 CATCCAGATG AACAAGAAGT TTCTGCTTTA GGTGGGATTC CATACTCCCA AATATATGGA 361 TGGTATCGAG TTCATTTTGG GGTGCTTGAT GAACAATTAC ATCGTAATAG GGGCTACAGA 421 GATAGATATT ACAGTAACTT AGATATTGCT CCAGCAGCAG ATGGTTATGG ATTGGCAGGT 481 TTCCCTCCGG AGCATAGAGC TTGGAGGGAA GAGCCGTGGA TTCATCATGC ACCGCCGGGT 541 TGTGGGAATG CTCCAAGATC ATCG
Hình 3.4. Trình tự gen ctxA mã hóa cholera toxin từ
* Phân tích trình tự gen rfbQ từ V. cholera O1
Cặp mồi để phát hiện gen rfbQ nằm trong vùng gen rfb mã hóa cho kháng nguyên đặc hiệu O1 và IS1358 đặc hiệu cho chủng O139. Căn cứ vào sự tương đồng về trình tự nuclêơtít của rfbQ từ 2 chủng V. cholera O1 đã được nghiên cứu để thiết kế cặp mồi thích hợp nhằm khuếch đại đoạn gen rfbQ bằng phản ứng PCR.