STT Mã số trên ngân hàng
gen (Genbank NCBI) Tên chủng 1 CAA42147 Vibrio cholerae O1
2 AAA77031 Vibrio cholera O1 strain MO45
Sự tương đồng về trình tự gen mã hóa các rfbQ của 2 chủng Vibrio cholerae O1
trên được thể hiện trong hình 3.5
gi| CAA42147.1| ATGAGCGAGTCAATCAACCCATTTATGCATTTCCAAATCATTAAAGACTATCGACAAGAA gb| AAA77031.1| ATGAGCGAGTTAATCAACCCATTTATGCATTTCCAAATCATTAAAGACTATCGACAAGAA ********** ************************************************* gi| CAA42147.1| AGCAAAGTAGAACACAAATTATCAGACATTATTTTGCTGACAATATGTGGTGTTTTGTCG gb| AAA77031.1| AGCAAAGTAGAACACAAATTATCAGACATTATTTTGCTGACAATTTGTGGTGTTTTGTCG ******************************************** *************** gi| CAA42147.1| GGTCACGATGGCTGGGATGGCATTATCGATTTTGGTCATGCTCGCTTAGATTTCCTTAAA gb| AAA77031.1| TGTCACGATGGCTGGGATGGCATTATCGATTTTGGTAATGCTCGCTTAGATTTCCTTAAA *********************************** *********************** gi| CAA42147.1| CGATATGGTCACTTTTAA
gb| AAA77031 | CGATATGGTCAC------ ************
Hình 3.5. Kết quả so sánh trình tự nucleotide (đầu 5’ và 3’) của 2 gen rfbQ có nguồn gốc từ V. cholerae O1 [68]
Dựa vào kết quả so sánh trình tự nucleotide của 2 gen rfbQ có nguồn gốc từ V.
cholerae O1 (Hình 3.5) chúng tơi nhận thấy có sự sai khác ở trình tự nucleotide 11 ở đầu
5’ khơng có sự khác nhau ở đầu 3’. Chúng tơi có thể sử dụng trình tự ADN mã hóa cho
rfbQ này để thiết kế mồi khuếch đại gen rfbQ.
Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng gen rfbQ của Vibrio cholera O1 strain
MO45 được đăng ký trên Genbank mã số AAA77031 đã được phân tích kĩ [68] và dịch
mã trong hệ biểu hiện của V. cholerae để thiết kế mồi. Trình tự gen này được thể hiện trong hình 3.6.
ORIGIN
1 ATGAGC GAGTCAATCA
17 ACCCATTTAT GCATTTCCAA ATCATTAAAG ACTATCGACA AGAAAGCAAA GTAGAACACA 77 AATTATCAGA CATTATTTTG CTGACAATAT GTGGTGTTTT GTCGGGTCAC GATGGCTGGG 137 ATGGCATTAT CGATTTTGGT CATGCTCGCT TAGATTTCCT TAAACGATAT GGTCACTTTT 197 AA
Hình 3.6. Trình tự gen rfbQ từ V. cholerae O1 được sử dụng để thiết kế mồi [68]. * Phân tích trình tự gen IS1358 từ V. cholera O139 * Phân tích trình tự gen IS1358 từ V. cholera O139
Căn cứ vào sự tương đồng về trình tự nuclêơtít của gen IS1358 từ 3 chủng V.
cholera O139 đã được nghiên cứu để thiết kế cặp mồi thích hợp nhằm khuếch đại đoạn
gen IS1358 bằng phản ứng PCR.