STT Mã số trên ngân hàng
gen (Genbank NCBI) Tên chủng
1 U93597.1 Vibrio cholerae O139 strain Z17561
2 U93596.1 Vibrio cholera O139 strain H1
3 U93595.1 Vibrio cholerae strain CA401
Sự tương đồng về trình tự gen mã hóa IS1358 của 3 chủng Vibrio cholerae O139
trên được thể hiện trong hình 3.7
gi|4100119|gb|U93596.1| CAGGGAAACCGCATGAAGGTCGTTGATATATAAGGGCTGCGGTGATGCTTAGAATAAGTT gi|4100120|gb|U93597.1| CAGGGAAACCGCATGAAGGTCGTTGATATATAAGGGCTGCGGTGATGCTTAGAATAAGTT gi|4100118|gb|U93595.1| CAGGGAAACCGCATGAAGGTCGTTGATATATAAGGGCTGCGGTGATGCTTAGAATAAGTT ************************************************************ gi|4100119|gb|U93596.1| ACCAATGCTTCATTAATCTCAGTTTTTAGATGTAATCCGATGAAATTTAAGATCGCCTTG gi|4100120|gb|U93597.1| ACCAATGCTTCATTAATCTCAGTTTTTAGATGTAATCCGATGAAATTTAAGATCGCCTTG gi|4100118|gb|U93595.1| ACCAATGCTTCATTAATCTCAGTTTTTAGATGTAATCCGATGAAATTTAAGATCGCCTTG ************************************************************ gi|4100119|gb|U93596.1| GTCACTTTTAAGCTGGAATGCCTTCTGCGGATACGCTTTCTCGTGTGATGGGTATGATTA gi|4100120|gb|U93597.1| GTCACTTTTAAGCTGGAATGCCTTCTGCGGATACGCTTTCTCGTGTGATGGGTATGATTA gi|4100118|gb|U93595.1| GTCACTTTTAAGCTGGAATGCCTTCTGCGGATACGCTTTCTCGTGTGATGGGTATGATTA ************************************************************ gi|4100119|gb|U93596.1| ATCCTGTAGCTTTGCAAAGAAGCTTCATT gi|4100120|gb|U93597.1| ATCCTGTAGCTTTGCAAAGAAGCTTCATT gi|4100118|gb|U93595.1| ATCCTGTAGCTTTGCAAAGAAGCTTCATT *****************************
Hình 3.7. Kết quả so sánh trình tự nucleotide (đầu 5’ và 3’) của gen IS1358 từ
3 chủng V. cholera O139 [68]
cholerae O139 [67] (Hình 3.7) chúng tơi nhận thấy khơng có sự sai khác đầu 5’ và đầu 3’.
Vì vậy, chúng tơi có thể sử dụng trình tự ADN mã hóa cho gen IS1358 từ 1 trong 3 chủng
Vibrio cholerae O139 strain Z17561 (U93597.1), Vibrio cholera O139 strain H1
(U93596.1), Vibrio cholerae strain CA401 (U93595.1) này để thiết kế mồi khuếch đại gen
IS1358.
Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng gen IS1358 của Vibrio cholera O139
strain H1 được đăng ký trên Genbank mã số U93596.1 đã được phân tích kĩ [68] để thiết kế mồi. Trình tự gen này được thể hiện trong hình 3.8.
ORIGIN
1 CAGGGAAACC GCATGAAGGT CGTTGATATA TAAGGGCTGC GGTGATGCTT AGAATAAGTT 61 ACCAATGCTT CATTAATCTC AGTTTTTAGA TGTAATCCGA TGAAATTTAA GATCGCCTTG 121 TAGATCATTT CTGTTGTTTT GTAATAGCTC CTAGACAATA TAGGAGCCTA AATATGAGCG 181 AGTCAATCAA CCCATTTATG CATTTCCAAA TCATTAAAGA CTATCGACAA GAAAGCAAAG 241 TAGAACACAA ATTATCAGAC ATTATTTTGC TGACAATATG TGGTGTTTTG TCGGGTCACG 301 ATGGCTGGGA TGGCATTATC GATTTTGGTC ATGCTCGCTT AGATTTCCTT AAACGATATG 361 GTCACTTTTA AGCTGGAATG CCTTCTGCGG ATACGCTTTC TCGTGTGATG GGTATGATTA 421 ATCCTGTAGC TTTGCAAAGA AGCTTCATT
Hình 3.8. Trình tự gen IS1358 từ V. cholerae O139 được sử dụng để thiết kế mồi [68].
* Phân tích trình tự gen tcpA mã hóa toxin coregulated pilus từ V. cholera O1
El Tor
Cặp mồi để phát hiện gen tcpA và rstR đặc hiệu để phân biệt biotype V. cholera O1 El Tor và biotype V. cholera O1cổ điển (Classical) cũng được thiết kế căn cứ vào sự tương đồng về trình tự nuclêơtít của tcpA và rstR.
Từ 6 chủng V. cholera O1 El Tor đã được nghiên cứu chúng tôi so sánh trình tự nucleotit để thiết kế cặp mồi thích hợp nhằm khuếch đại đoạn gen tcpA đặc hiệu cho biotype V. cholera O1 El Tor bằng phản ứng PCR.