3.1 Kết quả nghiên cứu in silico họ gen OsNHX
3.1.2.2 Thiết kế logo motif của một số yếu tố cis liên quan đến tính chịu mặn
Logo motif đƣợc thiết kế dựa trên cơ sở dữ liệu về trình tự consensus một số yếu tố cis quan trọng thuộc vùng lõi promoter và các yếu tố cis liên quan đến tính chịu mặn ở nhiều lồi thực vật nhƣ lúa, ngô, cà chua, đậu nành, Arabidopsis…
Từ dữ liệu về trình tự một số yếu tố cis nhƣ ABRE, TATA-box, G-box, MYB, CAAT-box …chúng tôi thiết kế logo biểu hiện mức độ bảo thủ của các trình tự này tại trang web http://biogenio.com/logo/logo.cgi. Logo đƣợc biểu thị bằng chuỗi trình tự màu sắc các nucleotid và đánh số theo vị trí. Trục tung đƣợc biểu thị bằng đơn vị bit, độ rộng hay hàm lƣợng thơng tin. Trục hồnh là vị trí trình tự các chữ cái. Mức độ bảo thủ các
yếu tố cis đƣợc đánh giá bởi giá trị bit (0, 1, 2). Yếu tố có độ rộng càng cao và xuất hiện duy nhất tại vị trí đó thì chứng tỏ nó càng bảo thủ.
ABRE (ABA-responsive element) là yếu tố cis có motif PyACGTGG/TC, đƣợc tìm thấy trong vùng promoter của các gen cảm ứng với ABA. Yếu tố ABRE tham gia điều hịa q trình chống chịu mặn và chịu hạn ở thực vật nhờ con đƣờng tín hiệu phụ thuộc acid abscisic (Bray, 1994; Giraudat và cộng sự 1994; Busk và Page`s, 1998).Kết
quả phân tích cho thấy hai yếu tố ABRE và G-box có trình tự lõi ACGT (hình 3.6 và 3.7).
Hình 3.6 Logo consensus yếu tố ABRE Hình 3.7 Logo consensus yếu tố G-box
MYB là họ yếu tố phiên mã đƣợc tìm thấy ở cả động vật và thực vật. MYB cũng tham gia vào con đƣờng truyền tín hiệu phụ thuộc acid abscisic, tăng cƣờng khả năng chống chịu stress. Họ protein MYB rất đa dạng, ngƣời ta xác định đƣợc ở Arabidopsis có 198 gen mã hóa protein và ở lúa là 183 gen (Yanhui và cộng sự, 2006). Ở lúa gen OsMYB3R-2 đƣợc chuyển vào thực vật cho thấy khả năng chống chịu mặn, hạn và lạnh (Dai và cộng sự, 2007).
Yếu tố cis MBS đƣợc nhân biết bởi trình tự TAACTG (hình 3.8). Logo các yếu tố CAAT, TATA- box và GCN4-motif đƣợc thể hiện ở 3.9, 3.10 và 3.11.
Hình 3.10 Logo consensus yếu tố TATA-box Hình 3.11 Logo consensus yếu tố GCN4