CHƯƠNG 2 : ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
3.1. Kết quả phân lập, phân nhóm và định tên các chủng nấm mốc chịu nhiệt
3.1.3. Phân nhóm bằng kỹ thuật fingerprinting
Để đánh giá tính đa dạng của các chủng nấm mốc phân lập được một cách chính xác, chúng tơi tiến hành phân nhóm bằng kỹ thuật fingerprinting 46 chủng phân lập được sử dụng mồi MST2 (có trình tự 5’-(GAC)5-3’). Chủng giống được nuôi cấy trên môi trường YM lỏng, lắc 150 rpm/ phút trong 2-3 ngày, sau đó tiến hành tách và tinh chế ADN. ADN sau khi tinh chế được sử dụng để làm khuôn cho phản ứng PCR. Sản phẩm được điện di trên agarose 1% trong TAE với hiệu điện thế 50V. Kết quả thể hiện ở Hình 3.7.
Hình 3.7. Phổ fingerprinting của 46 chủng nấm mốc phân lập được Bảng 3.2. Ký hiệu các chủng trong phổ fingrprinting
Kí hiệu Chủng Kí hiệu Chủng Kí hiệu Chủng Kí hiệu Chủng 1 FCH 5.1 13 FCH 5.7 25 FCH 133.2 37 FCH 102.1 2 FCH 6.1 14 FCH 6.4 26 FCH 130.2 38 FCH 136.2 3 FCH 9.1 15 FCH 5.4 27 FCH 14.1 39 FCH 149.2 4 FCH 10.1 16 FCH 151.3 28 FCH 151.3 40 FCH 121.3 5 FCH 5.3 17 FCH 7.1 29 FCH 23.1 41 FCH 12.1 6 FCH 6.2 18 FCH 7.2 30 FCH 30.1 42 FCH 20.1
7 FCH 5.5 19 FCH 8.2 31 FCH 142.4 43 FCH 31.1 8 FCH 6.5 20 FCH 9.2 32 FCH 112.2 44 FCH 116.3 9 FCH 8.1 21 FCH 9.3 33 FCH 14.3 45 FCH 143.4 10 FCH 10.6 22 FCH 9.4 34 FCH 156.3 46 FCH 26.1 11 FCH 5.2 23 FCH 10.4 35 FCH 121.4 12 FCH 6.3 24 FCH 10.5 36 FCH 32.1
Từ kết quả thể hiện ở phổ fingerprinting cho thấy, sản phẩm PCR nhân với mồi MTS2 của các chủng nấm mốc có các phổ băng khác nhau và khá đa dạng do sự phân bố về số lượng bản sao cũng như vị trí của ADN vệ tinh trong genome. Kỹ thuật phân nhóm sử dụng mồi thiết kế dựa trên ADN vệ tinh cho độ phân giải đến dưới lồi. Các chủng có cùng một phổ băng chắc chắn sẽ thuộc cùng một lồi, các chủng có phổ băng khác nhau có thể sẽ thuộc các loài khác nhau tùy theo mức độ khác biệt. Các chủng có cùng phổ băng sau đó được xếp cùng một nhóm.