Các tùy chọn cài đặt bảng thông tin mẫu sau áp dụng cho bộ kit chuẩn bị thư viện có cùng cấu trúc di truyền với Bộ kit Single Cell Library 1 — 5 của DRAGEN. Tham khảo trang hỗ trợ về Khả năng tương thích sản phẩm của Nền tảng DRAGEN Bio-IT để xác nhận cấu trúc di truyền cho bộ kit của bạn.
Tài liệu số 1000000109376 v05 VIE
Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu. Khơng dùng trong các quy trình chẩn đốn.
TrườngBắt buộcMơ tả
SoftwareVersion Có Phiên bản phần mềm DRAGEN hiện được cài đặt trên hệ thống. Sử dụng cả ba số ngun có trong tên phiên bản. Ví dụ: 3.5.7.
Phiên bản phần mềm phải khớp với phiên bản được chỉ định trong mục BCLConvert_Settings. ReferenceGenomeDir Có Tên hệ gen tham chiếu. Ví dụ: hg38_alt_aware.
Hệ gen tham chiếu có tại
/usr/local/illumina/genomes. Để sử dụng hệ gen tham chiếu tùy chỉnh, hãy xemTrợ giúp trực tuyến về ứng dụng Reference Builder for Illumina Instruments v1.0.0.
RnaLibraryType Không Nhập một trong các giá trị sau:
• SF— Cấu tạo sợi xi.SF là giá trị mặc định. • SR— Cấu tạo sợi ngược.
• U— Không tách sợi.
RnaGeneAnnotationFile Không Tệp chứa chú giải gen RNA. Chỉ cho phép ký tự chữ và số. Nếu không được cung cấp, tệp chú giải mặc định có trong hệ gen tham chiếu được chỉ định sẽ được sử dụng.
BarcodeRead Khơng Vị trí trong lần chạy giải trình tự của đoạn đọc mã vạch, nơi chứa cả mã vạch và UMI. Giá trị có thể chứaRead1hoặc Read2. Giá trị mặc định là
Read1.
BarcodePosition Có Vị trí của base tương ứng với mã vạch trong giá trị được nhập cho BarcodeRead. Vị trí của base được lập chỉ thị bắt đầu từ vị trí số khơng. Nhập giá trị BarcodePosition theo định dạng sau:
0_<barcode end position>
Ví dụ: nếu mã vạch chứa 16 base, giá trị là0_15. UmiPosition Có Vị trí của base tương ứng với UMI trong giá trị
được nhập cho BarcodeRead. Nhập giá trị UmiPosition theo định dạng sau:
<UMI start position>_<UMI end position>
Ví dụ: nếu UMI chứa 10 base và mã vạch chứa 16, giá trị là16_25.
Tài liệu số 1000000109376 v05 VIE
Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu. Khơng dùng trong các quy trình chẩn đốn.
TrườngBắt buộcMơ tả
BarcodeSequenceWhitelist Khơng Tên của tệp chứa trình tự mã vạch cần đưa vào. Tên tệp chỉ có thể gồm các ký tự chữ và số, dấu gạch ngang, dấu gạch dưới và dấu chấm câu. KeepFastq Không Để lưu các tệp đầu ra FASTQ, hãy nhậptrue
(đúng). Để xóa các tệp đầu ra FASTQ, hãy nhập
false(sai).
MapAlignOutFormat Không Cách định dạng của tệp đầu ra. Các giá trị được phép là bam hoặc cram. Nếu khơng có giá trị nào được chỉ định, giá trị mặc định là khơng có. Sau đây là các trường [DragenSingleCellRNA_Data] hiện có và thơng tin mơ tả.
TrườngBắt buộcMơ tả
Sample_ID (ID_mẫu) Có ID của mẫu. ID mẫu có thể chứa tối đa 20 ký tự chữ và số. ID phân biệt chữ hoa và chữ thường. Phân tách từng mã định danh bằng dấu gạch ngang. Ví dụ: Sample1-DQB1-022515. ID mẫu phải khớp với ID được chỉ định trong mục BCLConvert_Data.
Bộ kit Single Cell Library 6
Các tùy chọn cài đặt bảng thông tin mẫu sau áp dụng cho bộ kit chuẩn bị thư viện có cùng cấu trúc di truyền với Bộ kit Single Cell Library 6 của DRAGEN. Tham khảo trang hỗ trợ về Khả năng tương thích sản phẩm của Nền tảng DRAGEN Bio-IT để xác nhận cấu trúc di truyền cho bộ kit của bạn.
Tài liệu số 1000000109376 v05 VIE
Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu. Khơng dùng trong các quy trình chẩn đốn.
TrườngBắt buộcMơ tả
SoftwareVersion Có Phiên bản phần mềm DRAGEN hiện được cài đặt trên hệ thống. Sử dụng cả ba số ngun có trong tên phiên bản. Ví dụ: 3.5.7.
Phiên bản phần mềm phải khớp với phiên bản được chỉ định trong mục BCLConvert_Settings. ReferenceGenomeDir Có Tên hệ gen tham chiếu. Ví dụ: hg38_alt_aware.
Hệ gen tham chiếu có tại
/usr/local/illumina/genomes. Để sử dụng hệ gen tham chiếu tùy chỉnh, hãy xemTrợ giúp trực tuyến về ứng dụng Reference Builder for Illumina Instruments v1.0.0.
RnaLibraryType Không Nhập một trong các giá trị sau: • SF— Cấu tạo sợi xi. • SR— Cấu tạo sợi ngược. • U— Khơng tách sợi.
RnaGeneAnnotationFile Khơng Tệp chứa chú giải gen RNA. Chỉ cho phép ký tự chữ và số. Nếu không được cung cấp, tệp chú giải mặc định có trong hệ gen tham chiếu được chỉ định sẽ được sử dụng.
BarcodeRead Khơng Vị trí trong lần chạy giải trình tự của đoạn đọc mã vạch, nơi chứa cả mã vạch và UMI. Giá trị có thể chứaRead1hoặc Read2. Giá trị mặc định là
Read1.
Tài liệu số 1000000109376 v05 VIE
Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu. Khơng dùng trong các quy trình chẩn đốn.
TrườngBắt buộcMơ tả
BarcodePosition Có Vị trí của base tương ứng với mã vạch trong giá trị được nhập cho BarcodeRead. Vị trí của base được lập chỉ thị bắt đầu từ vị trí số khơng. Nhập giá trị BarcodePosition theo định dạng sau:
0_<first barcode end position>+<second barcode start position>_<second
barcode end position>+<third barcode start position>_<third barcode end position>
Ví dụ: cấu trúc sau sẽ dẫn đến giá trị0_8+21_ 29+43_51:
• 9 base trong mã vạch đầu tiên (0_8). • 12 base giữa mã vạch đầu tiên và thứ hai. • 9 base trong mã vạch thứ hai (21_29). • 13 base giữa mã vạch thứ hai và thứ ba. • 9 base trong mã vạch thứ ba (43_51). UmiPosition Có Vị trí của base tương ứng với UMI trong
BarcodeRead được chỉ định. Nhập chuỗi theo định dạng sau:
<UMI start position>_<UMI end position>
Ví dụ: nếu UMI chứa 8 base và số lượng base trước UMI đạt tổng cộng là 51, thì giá trị là52_59. BarcodeSequenceWhitelist Khơng Tên của tệp chứa trình tự mã vạch cần đưa vào
danh sách trắng. Tên tệp chỉ có thể gồm các ký tự chữ và số, dấu gạch ngang, dấu gạch dưới và dấu chấm câu.
KeepFastq Không Để lưu các tệp đầu ra FASTQ, hãy nhậptrue
(đúng). Để xóa các tệp đầu ra FASTQ, hãy nhập
false(sai).
MapAlignOutFormat Không Cách định dạng của tệp đầu ra. Các giá trị được phép là bam hoặc cram. Nếu khơng có giá trị nào được chỉ định, giá trị mặc định là không có. Sau đây là các trường [DragenSingleCellRNA_Data] hiện có và thơng tin mơ tả.
Tài liệu số 1000000109376 v05 VIE
Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu. Khơng dùng trong các quy trình chẩn đốn.
TrườngBắt buộcMơ tả
Sample_ID (ID_mẫu) Có ID của mẫu. ID mẫu có thể chứa tối đa 20 ký tự chữ và số. ID phân biệt chữ hoa và chữ thường. Phân tách từng mã định danh bằng dấu gạch ngang. Ví dụ: Sample1-DQB1-022515. ID mẫu phải khớp với ID được chỉ định trong mục BCLConvert_Data.