Quốc triều hình luật quy định một hệ thống hình phạt khá đa dạng, cơ bản đáp ứng đƣợc yêu cầu phân hóa trách nhiệm hình sự. Các hình phạt trong Quốc triều hình luật bao gồm từ những hình phạt nhẹ, có ý nghĩa tƣơng đƣơng hình phạt cảnh cáo hiện nay là hình phạt biếm, đến hình phạt tƣớc đi lợi ích kinh tế của ngƣời phạm tội là hình phạt tiền, tịch thu gia sản, đến hình phạt cao nhất, nghiêm khắc nhất là hình phạt tử hình. Trong mỗi loại hình phạt, nhà làm luật đã quy định các mức – các bậc hình phạt khác nhau để áp dụng vào trƣờng hợp cụ thể. Ví dụ, hình phạt lƣu chia làm 3 bậc: lƣu châu gần, lƣu châu ngoài, lƣu châu xa. Hay hình phạt tử hình cũng chia làm 3 bậc:
giảo và chém, chém bêu đầu, lăng trì. Việc phân loại hình phạt và chia các mức hình phạt nhƣ vậy tạo điều kiện thuận lợi trong áp dụng hình phạt vào quy định các tội cụ thể cũng nhƣ cá thể hóa hình phạt trên thực tế. Cách quy định hình phạt nhƣ vậy là một điểm rất đáng học hỏi trong việc xây dựng, hoàn thiện BLHS Việt Nam hiện nay.
Hệ thống hình phạt trong BLHS 1999 bao gồm 7 hình phạt chính là cảnh cáo, phạt tiền, cải tạo không giam giữ, trục xuất, tù có thời hạn, tù chung thân và tử hình; 7 hình phạt bổ sung bao gồm: phạt tiền, trục xuất, cấm đảm nhiệm chức vụ, cấm hành nghề hoặc làm công việc nhất định, cấm cƣ trú, quản chế, tƣớc một số quyền công dân, tịch thu tài sản. Hệ thống hình phạt này khá đa dạng, đáp ứng đƣợc yêu cầu phân hóa trách nhiệm hình sự “cần có hệ thống hình phạt đủ đa dạng để có thể áp dụng đƣợc với các trƣờng hợp phạm tội có sự khác nhau”. Tuy nhiên, theo chúng tôi, dựa trên sự học hỏi về phân hóa hình phạt trong Quốc triều Hình luật, chúng ta có thể nghiên cứu quy định các mức khác nhau đối với cùng một loại hình phạt. Cụ thể, hình phạt tù chung thân có thể phân chia thành chung thân đƣợc giảm án và chung thân không đƣợc giảm án. Đây cũng là hình phạt đƣợc nhiều nƣớc trên thế giới nhƣ Argentina, Australia, Brunei, Cuba, Hoa Kỳ…quy định. Hình phạt tử hình có thể đƣợc phân chia thành tử hình và tử hình đƣợc hoãn thi hành nhƣ BLHS Trung Quốc.