Các nguyên tắc xử lý vi phạm pháp luật về thuế nói chung, thuế TNDN nói riêng được coi là những tư tưởng chỉ đạo, định hướng cho toàn bộ quá trình xử lý vi phạm pháp luật về thuế. Tại Nghị định số 129/2013 không quy định về các nguyên tắc xử lý vi phạm pháp luật về thuế, nhưng tại Thông tư số 166/2013 đã ghi nhận và quy định về các nguyên tắc xử phạt vi phạm pháp luật về thuế. Theo đó, bao gồm những nguyên tắc xử phạt cơ bản sau:
1.3.1. Các nguyên tắc chung
- Nguyên tắc pháp chế
Pháp chế là nguyên tắc hiến định được áp dụng trong tổ chức và hoạt động của mọi cơ quan nhà nước, tổ chức xã hội, trong hành vi của công dân. Trong lĩnh vực thuế, nội dung nguyên tắc này thể hiện:
+ Cá nhân, tổ chức chỉ bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế khi có hành vi vi phạm hành chính về thuế do pháp luật quy định (Khoản 4, Điều 2 Thông tư 166/2013)
+ Việc xử phạt vi phạm hành chính về thuế phải căn cứ vào tính chất, mức độ, hậu quả vi phạm, đối tượng vi phạm và tình tiết giảm nhẹ, tình tiết tăng nặng (Khoản 3, Điều 2 Thơng tư 166/2013)
- Mọi hành vi vi phạm hành chính về thuế được phát hiện, ngăn chặn kịp thời và phải bị xử lý nghiêm minh. Mọi hậu quả do vi phạm hành chính về thuế gây ra phải được khắc phục theo đúng quy định của pháp luật (Khoản 1, Điều 2 Thông tư 166/2013)
Nguyên tắc này địi hỏi các cơ quan thuế có thẩm quyền phải phản ứng mau lẹ với các hành vi vi phạm, tuân theo nghiêm ngặt những quy định về thời hiệu xử phạt và thực hiện quyết định xử phạt một cách khách quan với sự tính tốn đầy đủ các tình tiết giảm nhẹ, tăng nặng, các yếu tố nhân thân người vi phạm và các yếu tố khác; xử lý đúng người, đúng vi phạm, không thiên vị; chỉ được chọn các chế tài, biện pháp xử lý đã được pháp luật quy định. Do các vi phạm trong lĩnh vực thuế mang tính chất đặc thù vì vậy, khi phát hiện
hành vi vi phạm yêu cầu cơ quan thuế phải có biện pháp ngăn chặn, đình chỉ kịp thời, tránh mọi thiệt hại có thể xảy ra.
- Việc xử phạt vi phạm hành chính về thuế được tiến hành nhanh chóng, kịp thời, công khai, minh bạch, khách quan, đúng thẩm quyền, đảm bảo công bằng, đúng quy định của pháp luật.
Cơ quan Thuế chỉ được thực hiện những gì trong phạm vi pháp luật quy định. Thực hiện đúng các nguyên tắc trên, người nộp thuế chỉ bị xử phạt đối với những hành vi đã được quy định trong các văn bản quy phạm pháp luật.
1.3.2. Các nguyên tắc kỹ thuật
- Một hành vi vi phạm pháp luật về thuế chỉ bị xử phạt một lần
Đây là một trong những nguyên tắc quan trọng trong việc xử lý vi phạm pháp luật thuế TNDN. Nhằm tránh tình trạng lạm quyền, hay chồng chéo về thẩm quyền các nhà làm luật đã quy định rất rõ ràng “một hành vi vi phạm – chỉ bị xử phạt một lần”. Nguyên tắc này cũng phù hợp với tinh thần pháp luật dân chủ tại Việt Nam, cũng như phù hợp với tinh thần luật pháp quốc tế.
- Người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính về thuế có trách nhiệm chứng minh hành vi vi phạm hành chính về thuế của cá nhân, tổ chức. Cá nhân, tổ chức bị xử phạt có quyền tự mình hoặc thơng qua người đại diện hợp pháp chứng minh mình khơng vi phạm hành chính về thuế.
- Đối với cùng một hành vi vi phạm hành chính về thuế thì mức phạt tiền đối với tổ chức bằng 02 lần mức phạt tiền đối với cá nhân, trừ mức phạt tiền đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn quy định tại Điều 107 Luật quản lý thuế.
Đây là một trong những điểm mới của pháp luật xử lý vi phạm hành chính về thuế. So với Nghị định số 98/2007, thì tại Nghị định số 129/2013 đã ghi nhận rõ trách nhiệm của tổ chức khi thực hiện hành vi vi phạm sẽ bị áp
dụng mức phạt tiền cao hơn gấp 02 lần so với cá nhân thực hiện hành vi vi phạm.