Bờn cạnh những chuyển biến to lớn, tớch cực núi trờn, nền kinh tế Hũa Bỡnh trong thời kỳ này cũng bộc lộ khụng ớt những hạn chế và khú khăn. Nền kinh tế của tỉnh, xột trờn phương diện tổn thể cũng như trờn từng lĩnh vực đều tăng trưởng khỏ nhanh, đặc biệt là khu vực nụng - lõm nghiệp, song điểm xuất phỏt của kinh tế Hũa Bỡnh vẫn ở mức thấp, quy mụ tăng trưởng và quy mụ tổng sản phẩm của tỉnh cũn nhỏ bộ so với quy mụ tăng trưởng nền kinh tế của cả nước.
Kinh tế của tỉnh vẫn chủ yếu dựa vào nụng - lõm nghiệp. Cơ cấu kinh tế tuy cú sự chuyển dịch theo hướng tớch cực nhưng mức độ chuyển dịch cũn chậm. Nụng - lõm nghiệp vẫn chiếm tới trờn dưới 50% tổng GDP toàn tỉnh. Ở nhiều vựng nụng thụn, cơ cấu kinh tế truyền thống cũn tồn tại khỏ đậm nột. Cụng nghiệp và xõy dựng chưa phỏt triển tương xứng với vị trớ, vai trũ, tiềm năng to lớn của nú. Đầu tư xõy dựng cơ bản và kết cấu hạ tầng kinh tế - xó hội
tăng nhanh nhưng vẫn chưa đỏp ứng được yờu cầu của tăng trưởng và phỏt triển kinh tế trờn địa bàn. Ở một số nơi, nhất là nụng thụn vựng vao, vựng xa, việc giao thụng, đi lại, thụng tin liờn lạc, cung cấp điện và cỏc dịch vụ cụng cộng cũn gặp nhiều khú khăn. Trỡnh độ cụng nghệ và thiết bị kỹ thuật trong nhiều ngành, nhiều lĩnh vực sản xuất - kinh doanh chậm đổi mới và đang cú nguy cơ lạc hậu so với yờu cầu tăng trưởng, nõng cao năng suất và hiệu quả của nền kinh tế. Trong khi đú, tỷ lệ tăng dõn số ở Hũa Bỡnh vẫn ở mức khỏ cao, số lao động thiếu việc làm và chưa cú việc làm khỏ lớn và vẫn đang cú xu hướng gia tăng ở cả thành thị lẫn nụng thụn.
Tốc độ tăng trưởng của ngành cụng nghiệp cũn chậm và chưa ổn định, tỷ trọng cụng nghiệp và xõy dựng chiếm tỷ lệ thấp trong cơ cấu GDP của toàn tỉnh. Điều này cho thấy sự phỏt triển của ngành cụng nghiệp chưa tương xứng với lợi thế và tiềm năng vốn cú.
Thành tựu đạt được trong 10 năm tỏi lập tỉnh đó đem lại niềm tin tưởng phấn khởi, tự hào trong cỏn bộ và nhõn dõn. Tuy nhiờn, kinh tế Hoà Bỡnh vẫn chưa thực sự phỏt triển tương xứng với tiềm năng của mỡnh. Nền kinh tế phỏt triển nhanh nhưng cụng nghiệp địa phương quy mụ cũn nhỏ, thiết bị lạc hậu, chậm được đổi mới, tiểu thủ cụng nghiệp chưa khai thỏc hết tiềm năng của mỡnh. Tốc độ tăng trưởng kinh tế cao nhưng chủ yếu là trong khối cụng nghiệp, trong cụng nghiệp chủ yếu là do vốn đầu tư của cỏc đơn vị nước ngoài mới đi vào sản xuất hoạt động.
Sản phẩm nụng nghiệp, tiểu thủ cụng nghiệp tiờu thụ chậm, sản xuất vụ đụng giảm. Việc ứng dụng cụng nghệ sinh học cũn hạn chế nờn năng suất chất lượng cũn thấp ảnh hưởng đến đời sống của nhõn dõn. Tỷ trọng sản xuất hàng hoỏ trong nụng nghiệp chưa cao, chuyển dịch cơ cấu kinh tế cũn chậm, chưa đồng đều giữa cỏc vựng, cụng nghiệp chế biến và dịch vụ phỏt triển chậm, nụng nghiệp vẫn chiếm tỷ lệ cao trong cơ cấu kinh tế nụng thụn. Chưa đặt
nhiệm vụ phỏt triển cụng nghiệp - tiểu thủ cụng nghiệp nhất là phỏt triển cỏc nghề tiểu thủ cụng nghiệp truyền thống làm nhiệm vụ trọng tõm, đỳng với vai trũ và vị trớ của nú. Một số địa phương nền kinh tế phỏt triển chưa nhanh và chưa khai thỏc hết lợi thế tiềm năng của địa phương, nghề tiểu thủ cụng nghiệp ở cỏc huyện chủ yếu mang tớnh chất tự phỏt, chưa cú sự quan tõm đầu tư và hỗ trợ thớch đỏng của cỏc cấp uỷ Đảng, chớnh quyền cơ sở.
Cụng nghiệp địa phương, trong đú cú cụng nghiệp quốc doanh quy mụ sản xuất cũn nhỏ bộ, thiết bị cụng nghệ chậm được đổi mới, năng suất chất lượng chưa cao, sức cạnh tranh của sản phẩm và hiệu quả kinh doanh cũn thấp. Trỡnh độ cỏn bộ quản lý, nhất là cỏc chủ doanh nghiệp kộm, trỡnh độ chuyờn mụn kỹ thuật của người lao động cũn thấp, cụng tỏc đào tạo bồi dưỡng cỏn bộ quản lý, đào tạo nghề, chớnh sỏch khuyến khớch đối với cỏc chủ doanh nghiệp giỏi, cỏc nghệ nhõn, cụng nhõn, chuyờn gia đầu ngành chưa được quan tõm đỳng mức. Hợp tỏc liờn doanh, liờn kết cỏc doanh nghiệp thuộc cỏc thành phần kinh tế cũn hạn chế. Thị trường trong và ngoài nước cũn eo hẹp. Thị trường nụng thụn trong tỉnh chưa tập trung khai thỏc, tỡnh trạng ụ nhiễm mụi trường ở một số doanh nghiệp đang là vấn đề bức xỳc chưa được giải quyết.
Kim ngạch xuất nhập khẩu hàng năm đều tăng nhưng chưa tương xứng với tiềm năng của địa phương, chất lượng sản phẩm cũn hạn chế, hỡnh thức mẫu mó chưa phự hợp, giỏ thành cao, khả năng cạnh tranh thấp. Cụng tỏc xỳc tiến thương mại, tiếp thị cũn nhiều yếu kộm; quy hoạch kế hoạch xuất khẩu chưa cụ thể, chưa nắm bắt kịp thời những thụng tin về thị trường trong và ngoài nước nờn chưa cú thị trường vững chắc cho hoạt động xuất khẩu.
Trong cụng tỏc tài chớnh - ngõn hàng, việc bố trớ vốn đầu tư cũn dàn trải, đầu tư phỏt triển chưa tập trung cao. Huy động chưa hết tiềm năng về vốn của nền kinh tế, đầu tư cho lĩnh vực nụng nghiệp và nụng thụn cũn chưa
tương xứng. Cỏc hoạt động dịch vụ du lịch chưa đỏp ứng được yờu cầu của phỏt triển sản xuất, chưa hỡnh thành được trung tõm buụn bỏn mạnh, thị trường phỏt triển chậm, cũn hẹp.
Cơ chế chớnh sỏch thiếu và chưa đồng bộ tạo động lực mạnh mẽ để phỏt triển. Một số ngành địa phương chưa tập trung cao để thỏo gỡ khú khăn cho sản xuất, việc hoàn thiện sản xuất chưa được quan tõm đỳng mức. Một số vấn đề xó hội bức xỳc và gay gắt chưa được giải quyết tốt. Tỡnh trạng người dõn khụng cú việc làm ở thị xó, thị trấn và thiếu việc làm ở nụng thụn là một trong những bức xỳc của xó hội.
Chất lượng cụng tỏc quy hoạch, phờ duyệt dự ỏn, chuẩn bị đầu tư, tư vấn thiết kế, xõy dựng và thẩm định dự ỏn cú nhiều bất cập. Chất lượng một số cụng trỡnh kộm, thi cụng kộo dài, gõy lóng phớ thất thoỏt, cơ cấu đầu tư cho cỏc cụng trỡnh, cỏc cụng trỡnh trọng điểm chưa đỳng mức vẫn cũn dàn trải, phõn tỏn chưa tạo nờn bước đột phỏ trong phỏt triển kinh tế của tỉnh.