Sau một thời kì phát triển thịnh vượng, năm 1997, nền kinh tế Đông Nam Á rơi vào cuộc khủng hoảng tài chính- tiền tệ. Khởi điểm từ Thái Lan
sau đó cuộc khủng hoảng lan truyền ra toàn khu vực theo hiệu ứng “Đôminô” với những tác động hết sức nghiêm trọng tới tình hình kinh tế các nước ASEAN và nền kinh tế toàn cầu. Trước năm 1997, nhiều nước thành viên của ASEAN đã kỳ vọng đến việc rút ngắn thời hạn hoàn thành AFTA vào năm 2000, Việt Nam hy vọng là sẽ hoàn thành vào năm 2003 thay vì mốc năm 2006 đã đề ra trước đó nhưng sự lan rộng của cuộc khủng hoảng khiến nhiều người nghi ngại về tính khả thi của lộ trình ấy. Hội nghị Bộ trưởng tài chính của các nước thành viên ASEAN họp ngày 2/12/1997 tại Kulalumpur đã chỉ ra ba nguyên nhân dẫn đến tình trạng đó:
1) Sự mất cân đối vĩ mơ gắn liền với sự thiếu hụt lớn về thanh toán và sự sụt giảm đáng kể về tăng trưởng kinh tế và xuất khẩu
2) Sự lệ thuộc nặng nề vào các khoản nợ ngắn hạn bên ngoài và cùng vưới sự tăng nhanh tín dụng và các khoản vay khơng hiệu quả trong công nghiệp ngân hàng đã làm suy yếu năng lực hoạt động của các ngân hàng trong hệ thống tài chính.
3)Nhiều nguồn vốn lớn không cơng khai giữa vai trị chi phối thị trường tiền tệ và gây sức ép với thị trường trong khi quy mơ thị trường lại nhỏ.
Trong đó nguyên nhân sâu sa của cuộc khủng hoảng là những mâu thuẫn bên trong nền kinh tế của các nước trong khu vực sau một thời gian tăng tốc và phát triển kinh tế mất cân đối, đẩy mạnh xuất khẩu trên cơ sở phụ thuộc nặng nề vào vốn của nước ngoài trong khi những tiền đề cần thiết của nền kinh tế đất nước chưa thật sự ổn định, đặc biệt là hệ thống ngân hàng-tiềntệ, một hệ thống hết sức nhạy cảm và chứa đầy rủi ro chưa được chuẩn bị và quan tâm đúng mức dưới sự kiểm soát của Nhà nước.
Nhưng cũng từ cuộc khủng hoảng tài chính- tiền tệ này nên dự định về hợp tác tài chính - tiền tệ Đông Á (bao gồm các nước ASEAN và Nhật
Bản, Hàn Quốc, Trung Quốc) đã được thai nghén từ khá lâu đi vào thực hiện. Đến tháng 12/1997, các nhà lãnh đạo ASEAN và các đối tác từ Đông Á là Trung Quốc, Nhật Bản và Hàn Quốc tổ chức Hội nghị Thượng đỉnh khơng chính thức bên lề Hội nghị Thượng đỉnh ASEAN lần thứ hai tại Malaysia thì hợp tác tài chính - tiền tệ Đơng Á chính thức ra đời. Đặc biệt, cuộc khủng hoảng tài chính tiền tệ Đơng Á 1997-1998 đã thúc đẩy tiến trình hợp tác tiền tệ ở Đơng Á và Hội nghị cấp cao ASEAN + 3 (ASEAN + Nhật Bản + Trung Quốc + Hàn Quốc). Năm 1999 hội nghị này đã thông qua Tuyên bố chung về hợp tác Đông Á. Cơ chế hợp tác ASEAN + 3 đã được hình thành.