Bên cạnh những kết quả đạt được trong công tác quản lý Nhà nước về đất đai nói chung và công tác cho thuê đất đối với các tổ chức kinh tế trên địa bàn thành phố Thái Nguyên nói riêng, vẫn còn một số tồn tại như:
Đối với cấp quản lý: Do cơ chế chính sách, pháp luật đất đai có nhiều lại thay đổi thường xuyên đã ảnh hưởng và tác động trực tiếp đến công tác quản lý đất đai trên địa bàn nói chung và công tác cho thuê đất cho các tổ chức trên địa bàn thành phố nói riêng, đặc biệt là chính sách bồi thường, hỗ trợ giải phóng mặt bằng và tái định cư liên tục thay đổi, nhiều nội dung chưa phù hợp thực tế, chưa cụ thể gây nhiều bất cập cho việc thực hiện (Nghị định 97/NĐ- CP năm 2004, Nghị định 69/NĐ-CP năm 2009) dẫn đến phát sinh nhiều khiếu kiện trong nhân dân, đã gây rất nhiều khó khăn cho công tác giải phóng mặt bằng. Do vậy đã ảnh hưởng trực tiếp đến công tác cho thuê đất, cũng như tiến độ thực hiện các dự án, ảnh hưởng trực tiếp đến sản xuất kinh doanh của các tổ chức như: Mất cơ hội thu hút nguồn vốn, thị trường tiêu thụ, sự cạnh tranh… Bên cạnh nguyên nhân do cơ chế chính sách thay đổi còn có cả nguyên nhân của cơ quan quản lý như: Công tác cho thuê đất còn có những trường hợp chậm trễ không đáp ứng được thời gian, việc hoàn thiện các thủ tục pháp lý cho tổ chức còn chậm, quá trình tác nghiệp còn sai sót, thiếu chính xác; năng lực của một bộ phận cán bộ còn hạn chế, thiếu tinh thần trách nhiệm, còn có tình trạng nhũng nhiễu mưu lợi cá nhân gây phiền hà, sách nhiễu cho các tổ chức xin thuê đất…
Đối với các tổ chức sử dụng đất: Bên cạnh những tồn tại của công tác quản lý như đã trình bày ở trên, thì cũng còn không ít những tồn tại của các tổ chức được thuê đất được thể hiện ở các dạng sau: Một số doanh nghiệp chưa nhận thức đúng đắn, đầy đủ về chính sách pháp luật đất đai, về trách nhiệm của người sử dụng đất, còn mang tính hình thức, đối phó chưa thực sự chấp hành nghiêm các quy định của pháp luật như: Không làm đầy đủ hồ sơ sử
dụng đất theo quy định, sử dụng đất sai mục đích, nhận chuyển nhượng, chuyển nhượng quyền sử dụng đất nhưng không làm thủ tục theo quy định, nhằm mục đích giữ đất và trốn thuế thu nhập, lệ phí trước bạ. Thực tế hiện nay tình trạng chuyển nhượng, cho thuê lại quyền sử dụng đất không đúng pháp luật xảy ra khá phổ biến thường núp dưới hình thức liên doanh, liên kết, cho thuê mặt bằng, nhà xưởng… Nhiều tổ chức sử dụng vượt diện tích được giao nhưng không làm thủ tục theo quy định, bỏ hoang hoá hoặc sử dụng không có hiệu quả… Một số tổ chức tiến độ sử dụng đất chậm so với tiến độ ghi trong dự án mà nguyên nhân chủ yếu là do thiếu vốn hoặc đầu tư cầm chừng để giữ đất chờ có cơ hội chuyển nhượng cho tổ chức, cá nhân khác để kiếm lời dưới các hình thức liên doanh hoặc cho thuê địa điểm, nhà xưởng và tài sản khác trên đất (đặc biệt là các dự án về khai thác chế biến khoáng sản là lĩnh vực có lợi nhuận cao)… đã gây dư luận xấu trong nhân dân, dẫn đến phải xử lý thu hồi quyết định cho thuê đất hoặc thu hồi giấy phép đầu tư. Đồng thời không thực hiện đầy đủ nghĩa vụ với nhà nước như: nộp tiền thuê đất, thuế tài nguyên, phí bảo vệ môi trường trong hoạt động khoáng sản và các nghĩa vụ tài chính khác gây thất thu cho ngân sách Nhà nước. Một số doanh nghiệp gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường làm ảnh hưởng trực tiếp đến sản xuất, sinh hoạt của cộng đồng dân cư lân cận gây bức xúc trong nhân dân.
3.4. Đánh giá tình hình thực hiện sử dụng đất của các tổ chức trên địa bàn thành phố Thái Nguyên giai đoạn 2007 - 2012