Việc tổ chức quản lý thuế đều hƣớng tới một mục tiêu là: thu thuế cho ngân sách quốc gia nhƣng phải đảm bảo tính công bằng, tính hiệu quả (số thuế thu đƣợc so với chi phí bỏ ra để thu) và tính hiệu lực (mức độ tuân thủ, chấp hành pháp luật thuế của đối tƣợng nộp thuế). Nhƣ vậy, một hệ thống thuế hiệu quả là hệ thống thuế phải đƣợc xây dựng trên tất cả các mặt đặc biệt là đội ngũ cán bộ đƣợc đào tạo, hệ thống dịch vụ hỗ trợ đối tƣợng nộp thuế phát triển, các hoạt động thanh tra đƣợc lập kế hoạch và đặt mục tiêu đúng đắn, áp dụng các kỹ thuật thanh tra tiên tiến, công nghệ thông tin hỗ trợ một cách hiệu quả trong hoạt động của hệ thống quản lý thuế và đƣợc hiện đại không ngừng…
3.1.1. Định hƣớng cải cách hệ thống thuế của Nhà nƣớc ta
Mục tiêu tổng quát đến năm 2020 của ngành thuế là: Xây dựng hệ thống chính sách thuế đồng bộ, thống nhất, công bằng, hiệu quả, phù hợp với thể chế kinh tế thị trƣờng định hƣớng xã hội chủ nghĩa; mức động viên hợp lý nhằm tạo điều kiện thúc đẩy sản xuất trong nƣớc và là một trong những công cụ quản lý kinh tế vĩ mô có hiệu quả, hiệu lực của Đảng và Nhà nƣớc. Xây dựng ngành thuế Việt Nam hiện đại, hiệu lực, hiệu quả; công tác quản lý thuế, phí và lệ phí thống nhất, minh bạch, đơn giản, dễ hiểu, dễ thực hiện dựa trên ba nền tảng cơ bản: thể chế chính sách thuế minh bạch, quy trình TTHC thuế đơn giản, khoa học phù hợp với thông lệ quốc tế; nguồn nhân lực có chất lƣợng, liêm chính; ứng dụng công nghệ thông tin hiện đại, có tính liên kết, tích hợp, tự động hóa cao.
3.1.2. Định hƣớng hoàn thiện quản lý thuế tại Cục Thuế tỉnh Phú Thọ
Theo những định hƣớng cơ bản trên và phù hợp với thực tế quản lý đối tƣợng nộp thuế tại Cục thuế tỉnh Phú Thọ thì cần có những định hƣớng sau:
Thứ nhất, phát hiện những bất hợp lý về chính sách thuế để đề xuất chỉnh sửa cho phù hợp với thực tiễn nhằm đảm bảo chính sách thuế phải bao quát nguồn thu, đảm bảo tính đồng bộ.
Thứ hai, Xây dựng ngành thuế Phú Thọ tiên tiến, hiện đại và chuyên nghiệp, đảm bảo thực thi tốt pháp luật thuế; đảm bảo quản lý thuế công bằng, minh bạch, hiệu lực và hiệu quả theo lộ trình cải cách và hiện đại hoá ngành thuế đến năm 2020; phục vụ tốt đối tƣợng nộp thuế, tăng tính tự giác tuân thủ pháp luật thuế của đối tƣợng nộp thuế; đảm bảo nguồn thu cho Ngân sách nhà nƣớc của tỉnh Phú Thọ, phục vụ mục tiêu phát triển của ngành và sự nghiệp công nghiệp hoá, hiện đại hoá đất nƣớc.
Thứ ba, nâng cao hiệu quả, hiệu lực bộ máy tổ chức, đội ngũ cán bộ; kiện toàn, hoàn thiện cơ sở vật chất, trang thiết bị; tăng cƣờng công tác tuyên truyền hỗ trợ và cung cấp dịch vụ cho ngƣời nộp thuế, nâng cao năng lực hoạt động thanh tra, kiểm tra, giám sát tuân thủ pháp luật của ngƣời nộp thuế; ứng dụng công nghệ thông tin và áp dụng thuế điện tử để nâng cao hiệu lực, hiệu quả công tác quản lý thuế.
Thứ tư, xây dựng hệ thống thông tin cơ sở dữ liệu về tổ chức, cá nhân nộp thuế từ các nguồn thông tin trong và ngoài ngành thuế, phù hợp với chuẩn mực quốc tế; đáp ứng đƣợc các yêu cầu quản lý thuế, phân tích, dự báo thu NSNN, công tác chỉ đạo điều hành. Hệ thống thông tin cơ sở dữ liệu về tổ chức cá nhân nộp thuế phải đầy đủ các thông tin đáp ứng yêu cầu quản lý thuế và đƣợc cập nhật, xử lý, lƣu trữ đầy đủ, chính xác, kịp thời.