Trong những năm qua, Đảng và Nhà nước ta đã đưa ra nhiều chủ trương, biện pháp giải quyết các vấn đề về môi trường. Hoạt động bảo vệ môi trường đã được các cấp, các ngành và đông đảo các tầng lớp nhân dân quan tâm và bước đầu đã thu được những kết quả đáng khích lệ. Tuy nhiên, bảo vệ môi trường ở Bắc Ninh hiện chưa đáp ứng được yêu cầu của quá trình phát triển kinh tế xã hội trong giai đoạn mới. Nhìn chung, môi trường ở Bắc Ninh vẫn tiếp tục bị ô nhiễm và suy thoái, có nơi nghiêm trọng. Việc thi hành pháp luật chưa nghiêm minh, ý thức tụ giác bảo vệ môi trường nơi công cộng chưa trở thành thói quen trong cách sống, cách suy nghĩ của đại bộ phận dân cư.
- Suy thoái tài nguyên nước ngọt: Do tác động của nước thải công
nghiệp và nước thải đô thị chưa được xử lý chảy vào, môi trường nước ở một số dòng sông nội địa trong tỉnh đã bị ô nhiễm nặng các chất ô nhiễm hữu cơ như sông Đông Côi, sông Đồng Khởi, sông Dân, sông Bùi, sông Ngũ Huyện Khê, và nhiều kênh, ngòi khác…
- Nước ngầm: Tầng chứa nước ngầm cách mặt đất rất nông chỉ khoảng
(3 - 5m) do vậy sự thẩm thấu nước thải công nghiệp, đặc biệt nước thải ở các làng nghề chưa được xử lý đang ở mức báo động. Điển hình là làng nghề Đống Cao, Đồng Kỵ, Đa Hội, Đại Bái... dân cư trong làng và các khu vực lân cận làng nghề phải mua nước về để sinh hoạt.
Suy thoái đa dạng sinh học: đa dạng sinh học đang bị suy giảm nhiều. Nguyên nhân chủ yếu là do phát triển kinh tế - xã hội làm giảm nơi cư trú, do khai thác, săn bắn quá mức và do ô nhiễm môi trường.