Công tác giám sát trong lĩnh vực bảo vệ môi trường được tiến hành thường xuyên, đã có sự phối kết hợp giữa các ban ngành có liên quan của tỉnh, UBND các huyện, thành phố và chính quyền các địa phương.
Đoàn kiểm tra đã tiến hành giám sát việc thực hiện Luật, Pháp lệnh, Nghị quyết của các cấp về lĩnh vực bảo vệ môi trường tại các Sở, Ban, Ngành và các địa phương trong tỉnh; việc xây dựng và thực hiện, chiến lược chính sách, pháp luật về bảo vệ môi trường; đánh giá tác động môi trường đối với các khu công nghiệp, làng nghề; thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về bảo vệ môi trường; tài nguyên thiên nhiên của cơ quan quản lý Nhà nước các cấp trong tỉnh về bảo vệ môi trường; phân bổ và quản lý sử dụng ngân sách cho bảo vệ môi trường hàng năm; tình hình nghiên cứu, ứng dụng tiến bộ khoa học và công nghệ trong công tác bảo vệ môi trường; tình hình môi trường của các địa phương trong tỉnh; đặc biệt môi trường ở một số khu dân cư, làng nghề và một số cơ sở sản xuất gây ô nhiễm… kế hoạch triển khai xây dựng hệ thống cơ quan quản lý nhà nước về khoa học, công nghệ và môi trường ở cấp huyện theo Nghị quyết của Ban Chấp hành Trung ương Đảng lần thứ II.
Kết quả kiểm tra từ năm 2006 - 2008 cụ thể như sau:
- Tổ chức kiểm tra định kỳ đối với 101 đơn vị sản xuất, kinh doanh trên địa bàn tỉnh.
- Tham gia đoàn kiểm tra liên ngành của tỉnh, tiến hành kiểm tra 80 cơ sở kinh doanh xăng dầu trên địa bàn tỉnh.
- Tổ chức đợt thanh tra về đất đai, tài nguyên nước và môi trường đối với 322 cơ sở sản xuất trên đại bàn xã Phong Khê, Vạn An, Phú Lâm, Đình Bảng, Châu khê và Đồng Quang theo Quyết định số 64/2003/QĐ- TTG ngày 22/4/2003 của Thủ tướng Chính phủ về việc phê duyệt kế hoach xử lý triệt để các cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng, tỉnh Bắc Ninh có 5 cơ sở
phải xử lý triệt để ô nhiễm là: Bệnh viên đa khoa tỉnh, bãi rác Đồng Ngo, Công ty TMHH Kính nổi Việt Nam, Công ty TNHH Hoàng Long và làng nghề sản xuất giấy Phong Khê. Trong đó:
+ Bệnh viện Đa khoa tỉnh Bắc Ninh đã được Bộ Tài nguyên và Môi trường đầu tư xây dựng hệ thống xử lý nước thải với công suất 450m³/ngày, hiện nay công trình đã hoàn thành và đi vào hoạt động.
+ Bãi rác Đồng Ngo có tổng diện tích 2,5 ha; phần diện tích 01 ha giai đoạn 1994 -2000 đã đóng cửa hoàn toàn và trồng cây xanh che phủ. Phần diện tích 1,5 ha mở rộng hiện nay vẫn đang được khai thác và sử dụng. Để thực hiện việc đóng cửa bãi rác Đồng Ngo, công ty môi trường và công trình đo thị Bắc Ninh lập dự án đầu tư xây dựng khu xử lý chất thải tập trung với quy mô 43,5 ha tại xã Phù Lãng, huyện Quế Võ. Hiện nay, công trình đang được triển khai xây dựng.
+ Làng nghề tái chế giấy Phong Khê được UBND tỉnh giao cho Sở Tài nguyên và Môi trường xây dựng dự án cải thiện môi trường sông Ngũ Huyện Khê. Trong đó, có dự án đầu tư xây dựng hệ thống xử lý nước thải tập trung làng nghề tái chế giấy Phong Khê. Hiện nay, Sở Tài nguyên và Môi trường đã hoàn thành xong việc lựa chọn địa điểm và thiết kế cơ sở năm 2008 đã trình UBND tỉnh phê duyệt.
+ Công ty Liên doanh kính nổi Việt Nam cam kết thực hiện xử lý khí thải vào năm 2009.
+ Công ty TMHH Hoàng Long đã có văn bản chuyển đổi ngành nghề sản xuất.
+ Kiểm tra phục vụ việc trả lời đơn khiếu nại, trả lời ý kiến cử tri tại các kỳ họp Hội đồng nhân dân tỉnh đối với 21 tổ chức, cá nhân hoạt động sản xuất kinh doanh gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng, ảnh hưởng tới đời sống sinh hoạt của nhân dân xung quanh. Trong đó, đã yêu cầu đình chỉ sản xuất đối với 10 cơ sở.
Tác dụng của các đợt thể hiện phần nào ở thực tế là số lượng cơ sở bị xử phạt vi phạm hành chính về bảo vệ môi trường. Trên cơ sở đó sẽ hỗ trợ đắc lực để trình UBND tỉnh ra quyết định trong quản lý Nhà nước về bảo vệ môi trường trên phạm vi toàn tỉnh.
Tuy nhiên, sự phối hợp về quản lý môi trường giữa các cơ quan quản lý Nhà nước với các sở ban ngành còn hạn chế dẫn đến hiệu quả giám sát chưa cao.