Giai đoạn này NHNN công bố tỷ giá giao dịch bình quân trên thị trường ngoại tệ liên ngân hàng; thực hiện mở rộng quyền giao dịch ngoại tệ, từng bước thực hiện tự do hóa các giao dịch trên tài khoản vãng lai và tài khoản vốn thích ứng với yêu cầu hội nhập.
Ngày 26/2/1999, NHNN thay đổi cách công bố tỷ giá phù hợp với yêu cầu thị trường thông qua hai quyết định số 64/1999/QĐ-NHNN về việc công bố tỷ giá hối đoái của đồng Việt Nam so với ngoại tệ. Hàng ngày NHNN công bố tỷ giá giao dịch bình quân trên thị trường ngoại tệ liên ngân hàng của đồng Việt Nam với đồng đôla Mỹ thay cho việc công bố tỷ giá chính thức. Quyết định số 65/1999/QĐ-NHNN về việc quy định nguyên tắc xác định tỷ giá mua bán giao ngay của đồng Việt Nam đối với đôla Mỹ tối đa không vượt quá biên độ ±0,1% do NHNN quy định so với tỷ giá NHNN công bố hàng ngày. Có thể nói, các biện pháp tổng hợp này đã phát huy hiệu quả tích cực và có thể rút ra bài học kinh nghiệm: Chỉ có thể can thiệp vào hoạt động kinh tế bằng những biện pháp kinh tế có tính toán đến lợi ích nhiều chiều, thỏa đáng cho mỗi bên.
Năm 1999 NHNN thực hiện giảm lãi suất cho vay VND để kích cầu ở mức 10,2%/năm, nhưng lãi suất tiền gửi USD kỳ hạn 3 tháng trở xuống cao hơn lãi suất tiền gửi VND đã thu hút một lượng lớn USD vào ngân hàng, và tăng dự trữ ngoại tệ quốc gia, cải thiện cán cân thương mại, cán cân vãng lai. Ngày 5/8/2000, NHNN điều hành lãi suất VND thông qua lãi suất cơ bản, lãi suất cho vay USD dựa trên lãi suất Sibor kỳ hạn 3 tháng. Sang năm 2001, NHNN thực hiện cắt giảm lãi suất cơ bản VND từ 8,7%/ năm (tháng 3/2001) xuống 7,2%/năm (tháng 10/2001), lãi suất tiền gửi ngoại tệ không thay đổi nhưng tăng tỷ lệ dự trữ bắt buộc từ 8% lên 15%.
Ngày 1/6/2001 NHNN thực hiện tự do hoá lãi suất cho vay ngoại tệ theo sát lãi suất thị trường quốc tế. Do những hạn chế của cơ chế tỷ giá con rắn tiền tệ trong một biên độ rộng (crawling band), NHNN đã có những bước điều chỉnh căn bản trong tỷ giá. Đây là một sự thay đổi về cơ chế tỷ giá cho phù hợp với quy luật thị trường. Việc chuyển đổi sang cơ chế điều hành tỷ giá mới, tỷ giá biến động theo chênh lệch lãi suất giữa USD - VND và theo xu hướng tăng cùng với biện pháp quản lý ngoại hối ngày càng thông thoáng đã đem lại những bước phát triển đáng được ghi nhận trong các chỉ báo tiền tệ.
Trong khoảng thời gian này, tỷ giá danh nghĩa thực sự đã được điều chỉnh khá sát theo chênh lệch lạm phát trong nước và thế giới. Đây là bước tiến đáng ghi nhận trong điều hành tỷ giá.