Tư tưởng Trần Nhân Tông ra đời không phải ngẫu nhiên mà nó có cội nguồn từ dòng chảy của lịch sử là sự kế thừa, kết hợp và dung hòa của ba Thiền phái trước đó là Tỳ Ni Đa Lưu chi, Thiền phái Vô Ngôn Thông và Thiền phái Thảo Đường; là sự kế thừa trực tiếp tư tưởng của Trần Thái Tông và Tuệ trung Thượng sĩ; sự dung hợp của “Tam giáo” dựa trên nền tảng văn hóa truyền thống đạo đức của dân tộc ta.
Vần đề quan trọng và cốt yếu của Thiền là cái tâm, ông coi tâm là thể hoàn toàn tĩnh lặng. Trần Nhân tông đã kế thừa quan niệm về “Tâm ấn” của Tỳ Ni Đa Lưu Chi, “Tâm địa” của Vô Ngôn Thông, “Tâm hư không” của Trần Thái Tông, “Tâm thể” của Tuệ trung Thượng sĩ”.
Mặc dù vẫn là vấn đề cốt yếu nhưng tâm lại có nhiều quan niệm khác nhau là do nó được xem xét, nhấn mạnh ở những mặt những khuynh hướng khác nhau. Tâm ấn của phái Tỳ Ni Đa Lưu Chi là cái tâm được khuôn dấu và ấn chứng, nó là sự chuyển giao trực tiếp tri thức từ thầy sang trò. Nó tràn đầy thái hư, không thừa, không thiếu, không đi không tới, không được không mất, chẳng thường chẳng đoạn, vốn không ở chỗ sinh, cũng không ở chỗ diệt... Vì phải đối diện với cái duyên hư vọng mà phải đặt ra như vậy. Như vậy “Tâm ấn” của phái Tỳ Ni Đa Lưu Chi nhấn mạnh khía cạnh kết quả của sự tâm truyền tâm giữa thầy và trò.
“Tâm địa” của phái Vô Ngôn Thông được coi là Thân tâm, hư không, phật tính, Niết bàn,... coi tâm là gốc của vạn pháp, là căn nguyên của thế giới. Tâm địa là cái bản nhiên, thanh tịnh, viên mãn, vốn có của con người.
“Tâm hư không” của Trần Thái Tông nhấn mạnh ý nghĩa “ vô trụ”, “vô niệm” của tâm. Tâm hư không là bản thể, cội nguồn của tất cả, nó không thể dùng ngôn từ để miêu tả, không dùng tư tưởng để diễn đạt được. Nó vô danh,
vô hình, vô tính, như như, bất sinh, bất diệt, không thiện, không ác, thanh tịnh, trong trẻo, bản nhiên, viên mãn. Người ta chỉ có thể nhận thức được Tâm hư không khi dẹp bỏ được tạp niệm, bỏ dục vọng nhận ra bản tính của mình.
“Tâm thể” của Tuệ Trung Thượng Sĩ là cái tâm “Tự nhiên như nhiên”, là cái tâm thanh khiết, đồng nhất giữa “hữu”, “vô”, “thể” và “tướng”; “sắc” và “không”, “thò” và “phi”, “chân” và “tà”,... Tâm thể là cội nguồn, là bản thể của vãn pháp, vốn có của mỗi người. Đó là cái tâm bản nhiên, siêu việt, không hình, không tướng, không sinh, không diệt, không thể mô tả bằng từ ngữ cụng không thể lĩnh hội bằng tư tưởng. Tâm thể là mục đích, đối tưỡng duy nhất trong quan niệm về thiền của Tuệ Trung Thượng Sĩ.
Kế thừa và phát huy cái quan niệm trên Trần Nhân Tông đã đưa ra quan niệm về “tâm tĩnh lặng”. Tâm tĩnh lặng theo Trần Nhân Tông, cái bản thể chân như vốn sẵn có trong mỗi con người thì không phải bắt đầu từ chỗ nhận thức, đặt tên, tìm ý, mà bằng sự chứng nhận của chính cuộc sống thật của mình. Khi đạt đến “tâm tĩnh lặng” thì con người loại bỏ được tam độc là tham, sân, si và chứng được tâm thân (pháp thân, ứng thân, báo thân) của Phật, đạt được trạng thái Niết bàn. Để cắt được sự rối loạn tâm, thì không được để lục tặc làm lụy. Và nhất tâm bất loạn được thông suốt trong lòng thì mới hiểu nổi giáo lý của Phật tổ, có dừng tam nghiệp (thân, khẩu, ý) thì thân tâm mới thanh tịnh. Nhìn chung, thì quan niệm về Tâm của của Trần Nhân Tông lại chú ý đến mặt dụng hay hình tướng của tâm
Ông coi tâm tĩnh lặng là cái gốc của vạn vật, là tính sáng, là gương, là cái tiềm tàng hay là báu vật trong mỗi con người, quan niệm này của Trần Nhân Tông giống như quan điểm tâm địa của phái Vô Ngôn Thông. Ông coi Tâm tĩnh lặng là vượt qua mọi sự phân biệt, đối đãi và viên đồng tất cả, chẳng còn phân biệt “có – không”, “phàm – thánh”. Muốn nhận thức được cái tâm
tĩnh lặng phải xóa bỏ mọi vọng niệm và vượt lên trên nhị kiến đó chính là tư tưởng của Tuệ Trung Thượng Sĩ.
Ngoài ra sự dung hợp, kế thừa của Trần Nhân tông còn thể hiện ở tư tưởng triết lý nhân sinh. Điều đó thể hiện qua triết học của Trần Nhân Tông về mục đích, lý tưởng sống và về vấn đề sinh tử của con người. Mục đích của triết lý Phật giáo nói chung và thiền Việt Nam nói riêng là tu dưỡng đạo đức, trí tuệ, hành động theo giới, định, tuệ để đạt tới cái tâm thanh tĩnh, trong sáng tức là đạt tới sự giác ngộ, giải thoát hay Niết bàn. Ở Trần Thái Tông, ông chủ trương “kiến tính”, xóa bỏ vọng niệm bằng sự dung hòa giữa “tiệm ngộ” và “đốn ngộ”. Còn mục đích của Tuệ Trung Thưỡng Sĩ là giúp con người xóa bỏ mọi lầm mê, thủ tiêu “nhị kiến” trở về với “tâm thể” trong sáng, bản nhiên đạt tới sự tự do, an nhiên, tự tại. Sự giải thoát hay tinh thần tự do của Tuệ Trung Thượng sĩ tự nhiên, bình dị, “trộn lẫn vào thế tục, hòa cúng với ánh sáng, chứ không trái hẳn với người đời, nhờ đó mà nối theo được hạt giống pháp, và dìu dắt được kẻ sơ cơ”. Tự do hay giải thoát với đặc tính như thế, theo Tuệ Trung Thượng sĩ, là mục đích và động lực của sống thiền. Hơn thế, để đạt đến tâm thể an nhiên, thanh tịnh, tự tại thì phải phá bỏ mọi câu nệ, ràng buộc, hình thức, lễ nghi, như “ngũ giới”, “tam quy”... Đó là tinh thần “phá chấp triệt để” trong thiền của Tuệ Trung Thượng sĩ, là cơ sở để Trần Nhân Tông tiếp nối, hoàn thiện tính chất thiền hành động, nhập thế tích cực trong tư tưởng triết học của ông. Trần Nhân Tông cho rằng, muốn đạt đến “tâm tĩnh lặng”, chân như hay Phật tính phải chứng ngộ trong chính cuộc sống của mình qua quá trình tu tập, rèn luyện, kết hợp trong đó các phương pháp tinh tuý của Nho, Lão, Phật, lấy thiền làm nòng cốt, bằng giới, định, tuệ; từ tu hạnh đầu đà đến vong nhị kiến, phá chấp và đạt đến “tâm tĩnh lặng”.
Trong vấn đề sinh tử, Trần Nhân Tông không thỏa mãn với các quan điểm của nhửng thiền sư đi trước. Ông đã trình bày vấn đề sinh tử một cách rõ ràng trong bài kệ trước khi viên tịch rằng:
“Mọi pháp đều không sinh, Mọi pháp đều không diệt. Nếu hiểu được như thế, Chư Phật thực hiện tiền;
Chẳng đi cũng chẳng lại” (Doãn Chính, 2013, tr.165)
Như thế, sinh diệt, theo Trần Nhân Tông, có tính chất “vô thường”, huyễn ảo của thế giới, nhưng bản chất của chúng là hư, là không, chẳng sinh chẳng diệt, chẳng đi chẳng lại, không có gì là ngăn cách giữa chúng, chúng là một theo lý nhân duyên và quan điểm “vô thường”, “vô ngã” của triết lý Phật giáo. Sở dĩ có sinh có tử là do tâm sai biệt, tâm vọng động của chúng sinh sinh ra mà thôi. Do vậy, con người cần nhận ra bản chất của vấn đề sinh tử và chấp nhận nó như là một lẽ tự nhiên, sống và thể hiện hết mình qua đời sống, sống tùy tục. Và, hơn nữa, theo ông, sự giác ngộ, giải thoát cần phải được thực hiện ngay trong vòng sinh tử, ngay trong đời sống.
Tính chất kế thừa, dung hợp trong triết học Trần Nhân Tông còn thể hiện ở sự kết hợp tư tưởng Thiền, Tịnh độ với tư tưởng đạo đức nhân sinh của Nho, Lão qua việc xác định ý nghĩa cuộc sống, tu luyện đạo đức, lối sống, gắn với các khái niệm, phạm trù, như “đạo nghĩa”, “thờ chúa”, “thờ cha”, “trượng phu trung hiếu”. Điều đó còn được biểu hiện trong nội dung thuyết “Thập thiện” mà Trần Nhân Tông biên soạn và thuyết giảng cho dân chúng khắp các thôn quê, thị thành. Điều đó cũng được biểu hiện qua nếp sống và lối sống cực kỳ thanh tao, giản dị, vô cùng đạo hạnh của ông khi làm vua cũng như khi xuất gia tu hành.