Sự dung hợp, kế thừa của các thiền sư đi trước, sự tiếp thu truyền thống của dân tộc Việt Nam và sự hòa quyện đặc sắc của “Tam giáo”, tạo nên nét đặc trưng riêng cho triết học của Trần Nhân Tông. Từ đó triết học của ông mang lại ý nghĩa sâu sắc về mặt lý luận. Nó chính là sự phát triển và làm phong phú, sâu sắc hơn về các khái niệm, các phạm trù triết học. Về cái tâm, Trần Nhân Tông đã diễn đạt bằng nhiều khái niệm khác nhau, khá phong phú và sâu sắc như tính sáng, thể tính, lòng trong sạch yên tĩnh hay tâm tĩnh lặng, Bụt, chân như, chân không, ... Nó chính là vật báu trong mỗi con người. Về khái niệm sinh, tử, Trần Nhân Tông đã dựa theo khái niệm sinh, tử của Phật giáo ông phân tích theo hai nghĩa theo hai nghĩa, nghĩa rộng và nghĩa hẹp.Theo Trần Nhân Tông vấn đề sinh, tử hiểu theo nghĩa rộng chỉ mang tính chất hư vô thường, huyền ảo của thế giới hiện tượng, nhưng bản chất của nó
là hư không, chẳng sinh, chẳng diệt, chẳng đi, chẳng đến, không đầu, không cuối, vô thủy, vô chung. Còn theo nghĩa hẹp, Trần Nhân Tông cho rằng sinh, tử là cái có tính chất vô thường, ngắn ngủi của cuộc sống con người, nó như “hơi thở qua buồng phổi” mà thôi. Ông cho rằng cuộc đời con người chỉ là một hơi thở.
Ngoài ra tư tưởng triết học của Trần Nhân tông còn đóng góp công lao to lớn cho sự phát triển lịch sử tư tưởng Việt Nam. Ông là người thành lập Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử làm cho Phật giáo của Việt Nam có nét đặc trưng, nổi bật so với các Thiền phái chi phối xã hội lúc bấy giờ.
Cuối cùng tư tưởng của ông còn để lại giá trị về sau để các nhà tư tưởng thế hệ sau tiếp nối và kế thừa, mà trực tiếp nhất chính là vua Trần Anh Tông.
Tóm lại tư tưởng của Trần Nhân Tông mang ý nghĩa lý luận sâu sắc, nó không chỉ mang màu sắc Thiền, mà chính nó đã thống nhất một hệ tư tưởng độc lập cho toàn thể dân tộc Đại Việt.