Hình 4.15: Cây phát sinh lồi các chủng virus dại
Hình 4.15 thể hiện cây phát sinh lồi (phylogenetic tree) với hệ số Bootstrap là 1.000 được chia thành 2 nhánh lớn: nhánh A và nhánh B. Trong đĩ nhánh A gồm 5 chủng virus dại và chủ yếu là các chủng vaccine sadWistar_3_var01 (LN713659, Đức), sad Batch793_3_var01 (LN713576, Đức), RB/E3-15 (EU182346_1, Trung Quốc), RABV (M13215_1, Mỹ), và 93127FRA (GU992320.1, Pháp). Các chủng phát hiện được ở Hà Tiên, Cà Mau và Trà Vinh như 1230.19-Ha Tien (MK790256.1), 20328-Ca Mau.18 (MK790254.1), 1231.19 Ca Mau (MK790257.1) và 1229.2019 Tra Vinh (MK790255.1) được nhĩm chung nhĩm với nhau và cùng nhĩm với các chủng tham chiếu phát hiện tại Campuchia như U0520629 (KM366216.1), V0808656 (KM366221.1) và V0627625 (KM366222.1); cùng thuộc nhĩm B. Do đĩ, các chủng phát hiện được trong nghiên cứu này cĩ thể cĩ quan hệ di truyền gần với các chủng virus dại ở Campuchia. Theo nghiên cứu trước đĩ của Mey et al., (2016), các chủng U0520629 (KM366216.1), V0808656 (KM366221.1) và V0627625 (KM366222.1) phân lập được tại Campuchia thuộc dịng SEA1 ở Đơng Nam Á; những chủng này cĩ quan hệ gần với các chủng virus dại phát hiện được ở Thái Lan, Lào. Dịng SEA1 được xác định trước
đĩ bởi Yamagata et al. (2007); các chủng virus thuộc dịng này chủ yếu lưu hành tại Thái Lan, Việt Nam, Campuchia và Lào. Xét về mặt địa lý cho thấy Campuchia và Lào nằm giữa Việt Nam và Thái Lan nên khả năng virus dại ở các nước này cĩ mối quan hệ di truyền cao là phù hợp. Bên cạnh đĩ, điều kiện tự nhiên ở những nước này gần như khơng cĩ sự khác biệt; việc buơn bán khơng hợp pháp chĩ hoang giữa các quốc gia này cĩ thể là nguyên nhân gĩp phần cho sự lây lan virus dại dịng SEA1 ở các quốc gia này. Hơn nữa, những nghiên cứu trước đây cho thấy nhánh B chủ yếu chứa virus dại đang lưu hành ở Việt Nam, Trung Quốc, Philippines (May et al., 2016; Ahmed et al. 2015). Do đĩ, cĩ thể kết luận các chủng phát hiện được trong nghiên cứu cĩ thể cĩ nguồn gốc từ thực địa và cĩ quan hệ di truyền gần với các chủng virus dại đang lưu hành tại các nước Đơng Nam Á như Campuchia, Lào và Thái Lan.