“Hiện tại NAPAS tham gia rất nhiều các giao dịch trong thanh toán điện tử như thanh toán online qua thẻ, chuyển tiền nhanh qua thẻ, qua số tài khoản, thực hiện giao dịch tại ATM/POS. Để khách hàng tin tưởng và tăng cường sử dụng dịch vụ thì dịch vụ cần được hoạt động thông suốt . Muốn làm được điều đó NAPAS nên tăng cường phát triển thanh toán tập trung và giảm bớt thao tác để giao dịch thanh toán được diễn ra nhanh chóng và ổn định. Các giao dịch lỗi cần được xử lý tra soát khiếu nại trong thời gian ngắn hơn giúp củng cố niềm tin của khách hàng đối với ngân hàng.
Một trong những vấn đề lớn hiện nay là hệ thống công nghệ giữa các đơn vị thành viên và NAPAS đang không được không đồng đều. Do đó hiện tượng gián đoạn, mất kết nối xảy ra khá thường xuyên nhất là vào những dịp cao điểm. Chính vì vậy NAPAS và Hiệp hội Ngân hang cần nghiên cứu phát triển chung cho toàn hệ thống ngân hang để giảm thiểu tình trạng bị lỗi kết nối, gián đoạn trong quá trính khách hàng sử dụng.
Mặt khác NAPAS và Hiệp hội thẻ Ngân hàng cũng cần quan tâm nghiên cứu, phối hợp đẩy mạnh việc phát hành thẻ tín dụng nội địa, tăng cường khuyến khích sử dụng thẻ nội địa trong thanh toán tại Việt Nam nhằm làm giảm chi phí thanh toán cho các đơn vị chấp nhận thẻ, qua đó mở rộng thêm các điểm chấp nhận thẻ và tạo cơ chế tăng thêm nguồn thu cho các ngân hàng. Với chính sách phí giảm sẽ khuyến khích cá nhân, doanh nghiệp tích cực tham gia vào giao dịch không sử dụng tiền mặt.