Quy trình lập báo cáo kiểm toán tại Uỷ Ban Nhân Dân tỉnh Thanh Hoá cơ bản tương tự như quy trình lập báo cáo kiểm toán trong đơn vị công nói chung, tuy nhiên Quy trình lập báo cáo kiểm toán ở UBND tỉnh Thanh Hóa chỉ gồm 2 phần trong khi quy trình chung bao gồm 3 phần.
- Phần thứ nhất đều là Lập dự thảo Biên bản Kiểm toán của Tổ kiểm toán tại đơn vị kiểm toán. Trên cơ sở các số liệu tổng hợp kết quả kiểm toán, kết hợp với các thông tin tổng hợp từ các số liệu liên quan, Đoàn kiểm toán sẽ tiến hành lập bản dự thảo Báo cáo kiểm toán và bản tổng hợp Báo cáo tài chính, danh mục các bút toán đề nghị được xử lý vào báo cáo tài chính và các Bảng tổng hợp trên cơ sở các qua định của chuẩn mực Kiểm toán NN, Quy định về Thuế, Quy định về tài chính và các quy định khác.
- Phần thứ hai trong quy trình chung là Bảo vệ kết quả kiểm toán được ghi trong dự thảo biên bản kiểm toán của Tổ kiểm toán tại đơn vị kiểm toán trước Trưởng đoàn hoặc xử lý các vấn đề, số liệu sau kiểm toán. Dự thảo Báo cáo kiểm toán sau khi được Kiểm toán trưởng và Tổng kiểm toán Nhà nước xét duyệt sẽ được gửi lấy ý kiến đơn vị được kiểm toán chậm nhất 30 ngày, kể từ ngày kết thúc kiểm toán tại đơn vị; đồng thời gửi Dự thảo báo cáo kiểm toán và báo cáo giải trình theo quy định cho đơn vị đầu mối thẩm định, kiểm soát để theo dõi theo quy định của Kiểm toán nhà nước. Sau khi nhận được ý kiến của đơn vị được kiểm toán, Kiểm toán trưởng chỉ đạo Trưởng đoàn đề xuất ý kiến xử lý trình Tổng Kiểm toán nhà nước xem xét, quyết định. Trường hợp không thể tiếp thu được đầy đủ các ý kiến, Kiểm toán trưởng chỉ đạo Trưởng đoàn lập báo cáo giải trình đối với từng ý kiến tham gia của đơn vị được kiểm toán, đồng thời gửi Vụ Tổng hợp trước khi tổ chức hội nghị để thông báo kết quả kiểm toán.
Trong khi đó, khi kiểm toán tại UBND tỉnh Thanh Hóa, sau khi lập dự thảo Biên bản Kiểm toán, đoàn kiểm toán sẽ tiến hành Xét duyệt, hoàn thiện dự thảo báo cáo kiểm toán, gửi lấy ý kiến của đơn vị được kiểm toán, tổ chức thông báo kết quả kiểm toán, phát hành báo cáo kiểm toán và thông báo kết quả kiểm toán. Đây là giai đoạn trao đổi thông tin 2 chiều giữa đoàn KT và đơn vị được kiểm toán, chia sẻ các am hiểu về kế toán, thuế, tài chính…thông qua các trao đổi giữa các cấp của hai bên hát sinh sau ngày khóa sổ và sau ngày kết thúc kiểm toán và chính thức phát hành ra Báo cáo kiểm toán về Báo cáo tài chính của Đơn vị.