Điều kiện tự nhiên đã chia cắt Hà Giang thành 3 vùng rõ nét: Vùng cao núi đá phía Bắc gồm các huyện Đồng Văn, Mèo Vạc, Yên Minh, Quản Bạ; vùng cao núi đất phía Tây gồm các huyện: Xín Mần, Hoàng Su Phì; vùng thấp gồm thị xã Hà Giang, Bắc Mê, Vị Xuyên, Bắc Quang, Quang Bình. ở mỗi vùng, dù có điều địa hình, điều kiện khí hậu khác nhau nhưng đều có những lợi thế riêng để phát triển du lịch. Cao nguyên đá Đồng Văn hùng vĩ với miên man, bạt ngàn đá núi và cũng là nơi sinh sống của nhiều dân tộc thiểu số còn những nét văn hoá rất đặc sắc như: dân tộc Mông, Lô Lô. Hiện nay, tỉnh phối hợp với Viện Địa chất Việt Nam đang lập hồ sơ đề nghị UNESCO công nhận đá núi Đồng Văn là di sản thế giới về thiên nhiên địa chất. Trên cao nguyên, còn rất nhiều điểm du lịch mang đậm bản sắc vùng cao nữa.
Đi dọc quốc lộ 4C, vượt qua cổng trời Quản Bạ, nhìn xuống là thị trấn Tam Sơn, một thị trấn vùng sơn cước đẹp và thơ mộng, khí hậu quanh năm
mát mẻ và nổi bật trong lòng thị trấn là núi Cô Tiên ẩn chứa nhiều huyền tích. Đi tiếp, qua Yên Minh, qua cổng trời Sà Phìn có thể nhìn thấy khu di tích văn hoá lịch sử nhà họ Vương ở xã Sà Phìn (Đồng Văn), nơi đã đón hàng ngàn du khách đến tham quan mỗi năm. Cũng ở vùng đất địa đầu này, còn có nhiều điểm đến hấp dẫn khác: Đó là đỉnh Lũng Cú, nơi đánh dấu điểm cực Bắc trên bản đồ Tổ quốc, đây cũng là nơi sinh sống của dân tộc Lô Lô, với những làn điệu dân ca, những nét văn hoá đặc sắc từ xa xưa còn lưu giữ và đôi trống đồng cổ; đó là thị trấn Phố Bảng quanh năm khí hậu trong lành và là nơi sinh trưởng, phát triển của nhiều loài hoa thơm, quả ngọt; may mắn cho ai được lên trung tâm huyện lỵ Đồng Văn vào những đêm trăng tròn, cả thị trấn trở nên thơ mộng và huyền ảo với hàng ngàn chiếc đèn lồng đỏ hoà cùng ánh trăng, được thưởng thức những món ăn dân tộc đặc sắc như thắng cố; thịt hun khói, rượu ngô, được nghe những làn điệu dân ca do người dân địa phương biểu diễn...
Tiếp quốc lộ 4C, qua đỉnh Mã Pì Lèng hùng vĩ đến với Mèo Vạc, vùng đất có lễ hội chợ tình Khâu Vai... Nếu phía Bắc là những dãy núi đá trùng điệp thì phía Tây là nơi ngự trị của dải Tây Côn Lĩnh với những cánh rừng nguyên sinh bạt ngàn, những rừng trè Shan tuyết cổ thụ hàng trăm năm tuổi. Vùng đất này thuận lợi cho việc phát triển du lịch sinh thái. Cụ thể, tại xã Thông Nguyên (Hoàng Su Phì) đã được đầu tư xây dựng làng du lịch sinh thái PanHou. Đặc biệt, ở Xín Mần còn có bãi đá của người Việt cổ. Vùng núi thấp cũng không thiếu những điểm du lịch hấp dẫn như: Hồ Noong, thị xã Hà Giang; Căng, lòng hồ thuỷ điện Tuyên Quang (Bắc Mê); tiểu khu cách mạng Trọng Con (Bắc Quang); khu du lịch suối nước nóng Thanh Hà, chùa Sùng Khánh (Vị Xuyên); còn rất nhiều làng văn hoá- du lịch của các dân tộc trên địa bàn: Làng văn hoá du lịch dân tộc Pà Thẻn, thôn Mí Bắc (Quang Bình); làng văn hoá du lịch người Tầy, thôn Tha (thị xã Hà Giang); làng văn hoá du lịch dân tộc Dao, thôn Lùng Táo (Vị Xuyên)...
Ngoài những nét riêng của từng vùng, trên địa bàn tỉnh còn có hàng trăm hang động huyền ảo và kỳ bí, trong đó có hơn 10 hang động có thể khai thác làm các điểm du lịch như: Hang Nậm Má, hang Bản Mào (Vị Xuyên); hang Khố Mỉ (Quản Bạ); hang Động Nguyệt (Đồng Văn); đặc biệt, tại Bắc Mê có hang Đán Cúm và hang Nà Chảo là những hang động mà các nhà khảo cổ xác định là nơi sinh sống của người Việt cổ cách đây hàng vạn năm...