6. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài
1.2.1.1. Phương pháp docking hệ thống hóa
Phương pháp docking hệ thống hóa quan tâm các bậc tự do của phối tử theo 3 cách tìm kiếm cấu dạng, phân mảnh, sử dụng cơ sở dữ liệu.
Phương pháp tìm kiếm cấu dạng: có tính gượng ép trong việc giải quyết
vấn đề tính linh hoạt của phối tử. Phương pháp này được thực hiện bằng cách cho tất cả các liên kết có thể xoay được trong phối tử (liên kết đơn) xoay 360o cho đến khi tất cả các cấu dạng được tạo ra và được tính toán. Hạn chế của phương pháp này là tạo ra một lượng cấu trúc lớn hơn rất nhiều với số lượng liên kết thật sự có thể xoay của phối tử, hiện tượng này gọi là sự bùng nổ kết hợp. Thực tế, cần có hạn chế sự xoay của một số liên kết trong phối tử, nên phương pháp tìm kiếm cấu dạng ít được sử dụng.
Phương pháp phân mảnh: là một trong những cách tiếp cận phổ biến để
giải quyết vấn đề tính linh hoạt của phối tử. Phương pháp này chia phối tử thành các mảnh nhỏ rồi đưa vào tâm hoạt động của thụ thể protein theo 2 cách: Cách thứ nhất là gắn các đoạn vào các vị trị thuộc tâm hoạt động của thụ thể sau đó liên kết chúng lại với nhau bằng liên kết cộng hóa trị (The place-and-join approach).Cách thứ hai là các mảnh phối tử được xem là cứng nhắc sau đó lắp một mảnh vào vị trí đầu tiên và các mảnh tiếp theo được gắn liên tục vào cho đến khi hoàn thiện phối tử ban đầu, được gọi là tiếp cận tăng dần (The incremental approach).
Các phần mềm docking phân tử sẽ liên tục tính toán các cách gắn kết của các mảnh từ đó đưa ra phối tử có cấu dạng mà khi kết hợp với protein tạo ra phức bền nhất.
Phương pháp dùng cơ sở dữ liệu: sử dụng các cơ sở dữ liệu có sẵn từ các
thư viện hợp chất về sự phù hợp được tạo trước để giải quyết vấn đề linh hoạt của phối tử. FLOG [26] là một ví dụ điển hình của chương trình docking sử dụng phương pháp dùng cơ sở dữ liệu, bằng cách tạo ra một tập hợp nhỏ 25 cơ sở dữ liệu phù hợp cho mỗi phân tử dựa trên cấu trúc hình học, sau đó tiến hành docking theo nguyên tắc docking cứng nhắc.